/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.9.2.2 by edhill, Fri Oct 3 04:04:38 2003 UTC revision 1.126 by jmc, Tue May 19 21:34:01 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-c|-command)STRING      command to run"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29        echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34        echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
47      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
48      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
49      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
50        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
51        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
52        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
53        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
54      echo      echo
55      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
56      echo "such as:"      echo "such as:"
57        echo
58      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
59      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
60      echo      echo
61        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
62        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
63        echo
64      exit 1      exit 1
65  }  }
66    
67  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
68  build_mpack()  build_mpack()
69  {  {
70      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
71      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
72        if test ! -x $MPACK ; then
73          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
74                echo
75              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
76              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
77              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
78              exit 1              echo
79                HAVE_MPACK=f
80          fi          fi
81          echo -n "building mpack...  "          if test "x$CC" = x ; then
82          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1              export CC=cc
83            fi
84            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
85            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
86          RETVAL=$?          RETVAL=$?
87          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
88              echo              echo
89              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
90              exit 1              echo
91                HAVE_MPACK=f
92            else
93                rm -f tr_build_mpack.out
94                HAVE_MPACK=t
95                echo "done"
96          fi          fi
97        else
98            HAVE_MPACK=t
99            echo "already exist"
100      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
101  }  }
102    
103  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
104  {  {
105      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
106      #      #
107      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
108      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
109        #  using search strings s1 and text label
110    
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
113      fi      fi
114      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
115          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
116          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
117          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
118              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
119                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120              fi              fi
121              return 99              return 99
122          fi          fi
123      else      else
124          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
125          return 99          return 99
126      fi      fi
127      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
128          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
129      fi      fi
130      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
131      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
132      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
133          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
134              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
135          fi          fi
136          return 99          return 99
137      fi      fi
138        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
139            if [ $verbose -gt 0 ]; then
140                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
141            fi
142            return 99
143        fi
144        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
145        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
146            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
147            return 99
148        fi
149        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
150        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
151            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
152            return 99
153        fi
154      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
155          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
156      fi      fi
157      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
158      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
159          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
160        fi
161        if [ $verbose -gt 1 ]; then
162            cat tmp3.txt 1>&2
163      fi      fi
164      compare_lines      echo "-1" >> tmp3.txt
165      digits_of_similarity=$?      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
166        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
167        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
168      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
169          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
170              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
171          fi          fi
172          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
173      else      else
174          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
175              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
176          fi          fi
177      fi      fi
178      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
179            
180      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
181  }  }
182    
183  dashnum()  testoutput_run()
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput()  
184  {  {
185      # testoutput diretory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
186      #      #
187      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
188    # --> same processing for adjoint & forward test
189      if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
190          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
191      fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
192      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
193      if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
194          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
195      fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
196                # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
197      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
198      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
199      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
200      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
201      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          outpref=$1/results/$3
202      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
203      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
204      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
205      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?              ptrfound=0
206      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?              for jj in $ptr_mon ; do
207      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
209      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
210      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?              done
211      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?              if test $ptrfound = '1' ; then
212      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
213                    else
214      dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
215          $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
216                  # remove this ptr from the list of output variable to check
217                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
218                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
219                  fi
220                fi
221            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
222            done
223            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
224            if test $tst != 1 ; then
225              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
226                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
227              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
228            #- put it back once:
229              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
230            fi
231            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
232            echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
233            allargs=""
234            for xx in $listVar
235            do
236              case $xx in
237               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
238                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
239                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
240                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
241              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
242              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
243               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
244               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
248               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
250               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
254               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
259            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
260               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
267             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
279            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
285                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
286              esac
287              if test $xx = $sVar
288              then allargs="$allargs > $yy <"
289              else allargs="$allargs $yy"
290              fi
291            done
292    
293            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
294            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
295            #-- fill line (up to standard length) with dot:
296              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
297              echo $allargs $adNul
298            else
299              echo $allargs
300            fi
301    # <-- same processing for adjoint & forward test
302  }  }
303    
304  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 181  genmakemodel() Line 307  genmakemodel()
307      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
308          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
309      else      else
310          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
311                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
312            else
313                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
314            fi
315          (          (
316              cd $1;              cd $1;
317                command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
318                if test "x$ADM" = xt ; then
319                    command="$command --mods=../code_ad"
320                elif test "x$OADM" = xt ; then
321                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
322                else
323                    command="$command -mods=../code"
324                fi
325                if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
326                    command="$command -optfile=$OPTFILE"
327                fi
328                if test "x$IEEE" != x ; then
329                    command="$command -ieee"
330                fi
331                if test "x$GSL" = xt ; then
332                    command="$command -gsl"
333                fi
334                if test "x$MPI" = xt ; then
335                    command="$command -mpi"
336                fi
337                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
338                #- run multi-threaded using OpenMP:
339                    command="$command -omp"
340                fi
341                if test "x$TS" = xt ; then
342                    command="$command -ts"
343                fi
344                if test "x$PAPIS" = xt ; then
345                    command="$command -papis"
346                else
347                if test "x$PCLS" = xt ; then
348                    command="$command -pcls"
349                fi
350                fi
351              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
352              # ../../../tools/genmake -ieee -mods=../code > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
353              $GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code "--optfile="$OPTFILE > make.log 2>&1              eval $command > make.log 2>&1
354              RETVAL=$?              RETVAL=$?
355              for i in gm_state gm_optfile gm_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
356                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
357              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
358                  tail make.log                  tail make.log
359                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
360                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
361                  return 1                  return 1
362              else              else
363                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
364              fi              fi
365          )          )
366      fi      fi
# Line 209  makeclean() Line 370  makeclean()
370  {  {
371      # makeclean directory      # makeclean directory
372      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
373          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
374      else      else
375          (          (
376              cd $1;              cd $1;
377              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
378              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
379                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
380                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
381                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
382                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
383                      tail make.log                      tail make.log
384                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
385                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
386                      return 1                      return 1
387                  fi                  fi
388              fi              fi
389              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
390                exit 0
391            )
392        fi
393    }
394    
395    run_clean()
396    {
397        # run_clean directory
398        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
399            echo "run_clean skipped!"
400        else
401            (
402                cd $1;
403                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
404                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
405                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
406                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
407                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
408                find . -type l -exec rm {} \;
409                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
410                rm -rf mnc_test_*
411                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
412                echo successful 1>&2
413              exit 0              exit 0
414          )          )
415      fi      fi
# Line 250  makedependmodel() Line 432  makedependmodel()
432                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
433                  return 1                  return 1
434              else              else
435                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
436              fi              fi
437          )          )
438      fi      fi
# Line 263  makemodel() Line 445  makemodel()
445          cd $1;          cd $1;
446          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
447              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
448              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = xt ; then
449                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
450                elif test "x$OADM" = xt ; then
451                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
452                else
453                    if test "x$JOBS" = x ; then
454                        $MAKE >> make.log 2>&1
455                    else
456                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
457                    fi
458                fi
459              RETVAL=$?              RETVAL=$?
460              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
461                  tail make.log                  tail make.log
# Line 271  makemodel() Line 463  makemodel()
463                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
464                  return 1                  return 1
465              else              else
466                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
467              fi              fi
468          fi          fi
469      )      )
470  }  }
471    
472    symlink_mpifiles()
473    {
474        # Put special links so that MPI specific files are used
475        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
476        # the Makefile will link to non-mpi files by default
477    
478        dir=$1
479        code_dir=$2
480        BUILD_DIR=$dir/$3
481        CODE_DIR=$dir/$code_dir
482        
483        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
484        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
485    
486        #  Is this an MPI run?
487        if test "x$MPI" = xt ; then
488            # YES: We symbolically link these files to the build
489            # dir so long as there is no real file in place
490            for ii in $MPI_FILES ; do
491                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
492                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
493                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
494                RETVAL=$?
495                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
496                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
497                        #echo Linking $name to $i
498                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
499                    fi
500                fi
501            done
502        else
503            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
504            for ii in $MPI_FILES ; do
505                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
506                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
507                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
508                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
509                    RETVAL=$?
510                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
511                        #echo Un-linking $name from $linktarg
512                        rm -f $BUILD_DIR/$name
513                    fi
514                fi
515            done
516        fi
517        
518    }
519    
520  linkdata()  linkdata()
521  {  {
522      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
523      #      #
524      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
525      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
526          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
527                cd $1 ; shift
528                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
529                for xx in $inpMPI ; do
530                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
531                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
532                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
533                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
534                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
535                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
536                        if test ! -r $yy ; then
537                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
538                            printf "$xx " 1>&2
539                        fi
540                    else
541                    # not mpi test: remove symbolic link
542                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
543                    fi
544                  fi
545                done
546                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
547                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
548                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
549                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
550                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
551                        if test ! -r eedata ; then
552                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
553                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
554                        fi
555                    else
556                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
557                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
558                    fi
559                fi
560                prevDir='NONE'
561                for ldir in $* ; do
562                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
563                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
564                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
565                        for i in $files ; do
566                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
567                                if test ! -r $i  ; then
568                                    printf ' '$i 1>&2
569                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
570                                fi
571                            fi
572                        done
573                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
574                            "../"$ldir"/"prepare_run
575                        fi
576                        printf ' ; ' 1>&2
577                    fi
578                    prevDir=$ldir
579                done
580            )
581      fi      fi
582  }  }
583    
# Line 291  runmodel() Line 585  runmodel()
585  {  {
586      # runmodel directory      # runmodel directory
587      #      #
588      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
589      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
590      (      (
591          cd $1          cd $1
592          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
593          # make output.txt          # make output.txt
594          $COMMAND          echo
595          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
596          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
597              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
598            fi
599            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
600                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
601                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
602            fi
603            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
604                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
605                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
606                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
607                    RETVAL=8
608                    ENDVAL=-1
609            else
610                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
611                  # output do not exist or is older than executable:
612                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
613                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
614                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
615                    RETVAL=$?
616                else
617                    RETVAL=0
618                    if test -f $RUNLOG ; then
619                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
620                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
621                    else
622                        touch $RUNLOG
623                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
624                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
625                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
626                    fi
627                fi
628                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
629            fi
630            rm -f run.log_tmp
631            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
632            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
633                tail $RUNLOG
634                echo successful 1>&2
635                # === Reduce the size of the testing emails!
636                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
637                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
638              return 0              return 0
639          else          else
640                tail $RUNLOG
641                echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
642                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
643                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
644              return 1              return 1
645          fi          fi
646      )      )
# Line 312  createcodelet() Line 650  createcodelet()
650  {  {
651      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
652    
653      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
654      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
655        program cmpnum  #include <stdio.h>
656        implicit none  #include <math.h>
657        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
658        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
659        best=-16    double a,b,abave,relerr;
660    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
661        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
662  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
663        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
664          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
665          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
666  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
667            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
668            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
669          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
670        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
671          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
672        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
673        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
674    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
675    70  print *,-best        }
676        end     else {
677  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
678          break; }
679      }
680      if (lncnt == 999) best=-29;
681      if (linnum != -1) best=-99;
682      printf("%d\n", -best);
683      return 0;
684    }
685    EOF
686        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
687    
688      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
689          echo "OK"          echo "OK"
690          return 0          return 0
691      else      else
692          echo          echo
693          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
694            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
695          exit 1          exit 1
696      fi      fi
697  }  }
# Line 356  formatresults() Line 703  formatresults()
703      nm=$1      nm=$1
704      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
705      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
706      printf '%3s' $@      listPrt=$@
707        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
708        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
709        printf '%3s' $listPrt
710    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
711    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
712            
713      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
714            printf ' N/O '
715        elif [ $xx = '--' ]; then
716            printf ' N/O '
717        elif [ $xx = 99 ]; then
718          printf ' N/O '          printf ' N/O '
719      else      else
720          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
721              printf ' pass'              printf ' pass'
722          else          else
723              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 372  formatresults() Line 728  formatresults()
728            
729  }  }
730    
731  show_help()  scandirs()
732  {  {
733      cat - << EOF      if [ $# -eq 1 ]; then
734  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]          for arg in * ; do
735                test -f $arg/$1 && echo $arg
736   -help|-h      Show this help message          done
737   -quiet     Reduce the amount of output      else
738   -verbose   Produce copious amounts of output          echo $*
739   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most      fi
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
740  }  }
741    
742  scandirs()  
743    check_eedata()
744  {  {
745      if [ $# -eq 0 ]; then      # check_eedata size.h eedata
746          for arg in * ; do      if [ $# -eq 2 ] ; then
747              test -d $arg/input && echo $arg        if test -f $1 -a -f $2 ; then
748          done        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
749          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
750          if test "x$nx" = x ; then
751            rx=10
752          else
753            rx=`expr $sx % $nx`
754          fi
755          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
756          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
757          if test "x$ny" = x ; then
758            ry=20
759          else
760            ry=`expr $sy % $ny`
761          fi
762          echo `expr $rx + $ry`
763      else      else
764          echo $*        echo '-1'
765          fi
766        else
767          echo '-2'
768      fi      fi
 }  
769    
770    }
771    
772  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
773    
774    
775  #  Default properties  #  Default properties
776  debug=0  debug=0
777  verbose=1  verbose=1
778  clean=0  clean=0
779  expts=''  
780  # ieee=1  IEEE=true
781    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
782        IEEE=$MITGCM_IEEE
783    fi
784    GSL=f
785    
786  CLEANUP=f  CLEANUP=f
787  QUICK=f  QUICK=f
788  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
789  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
790  NODEPEND=f  NODEPEND=f
791    POSTCLEAN=f
792    
793  BASH=  BASH=
794  OPTFILES=  OPTFILE=NONE
795  ADDRESSES=  ADDRESSES=
796  TESTDIRS=  TESTDIRS=
797    SKIPDIRS=
798  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
799  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
800  COMMAND="make output.txt"  MPACK=
801  MAKE=make  COMMAND=
802    if test "x$MAKE" = x ; then
803        MAKE=make
804    fi
805    if test "x$CC" = x ; then
806        CC=cc
807    fi
808    JOBS=
809  MPI=f  MPI=f
810    MULTI_THREAD=f
811    OUTDIR=
812    DELDIR=
813    
814    ADM=
815    OADM=
816    
817    # list of pTracers to check for monitor output
818    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
819    
820  echo -n "parsing options...  "  MATCH_CRIT=13
821    
822    printf "parsing options...  "
823    
824  ac_prev=  ac_prev=
825  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 452  for ac_option ; do Line 839  for ac_option ; do
839              usage ;;              usage ;;
840                    
841          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile | --optfile | -of | --of)
842              ac_prev=OPTFILES ;;              ac_prev=OPTFILE ;;
843          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)
844              OPTFILES=$ac_optarg ;;              OPTFILE=$ac_optarg ;;
845                    
846          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
847              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
848          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
849              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
850            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
851                ac_prev=MPACKDIR ;;
852            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
853                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
854    
855          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
856              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
857          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
858              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
859    
860            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
861                ac_prev=SKIPDIRS ;;
862            -skipdir=* | --skipdir=*)
863                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
864    
865          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
866              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
867          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 481  for ac_option ; do Line 877  for ac_option ; do
877          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
878              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
879    
880          -clean | --clean | -c | --c)          -odir | --odir)
881              CLEANUP=t ;;              ac_prev=OUTDIR ;;
882            -odir=* | --odir=*)
883                OUTDIR=$ac_optarg ;;
884    
885            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
886                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
887            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
888                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
889    
890            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
891            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
892    
893            -j) ac_prev=JOBS ;;
894            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
895    
896            -clean | --clean)
897                CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
898    
899          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
900              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 493  for ac_option ; do Line 905  for ac_option ; do
905          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
906              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
907    
908            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
909                POSTCLEAN=t ;;
910    
911          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
912    
913            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
914    
915            -adm | -ad) ADM=t ;;
916    
917            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
918    
919            -ieee) IEEE=true ;;
920            -noieee) IEEE= ;;
921            -gsl) GSL=t ;;
922    
923          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
924          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
         -clean) clean=1 ;;  
925          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
926    
927            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
928    
929            -ts) TS=t;;
930    
931            -papis) PAPIS=t;;
932    
933            -pcls) PCL=t;;
934    
935          -*)          -*)
936              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
937              usage              usage
# Line 519  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 952  if test "x$QUICK" = xt ; then
952      NODEPEND=t      NODEPEND=t
953  fi  fi
954    
955    #- setting for forward or ADM testing
956    if test "x$ADM" = xt ; then
957        code_dir=code_ad
958        inputdir=input_ad
959        ref_outp="output_adm.txt"
960        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
961    elif test "x$OADM" = xt ; then
962        code_dir=code_oad
963        inputdir=input_oad
964        ref_outp="output_oadm.txt"
965        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
966    else
967        code_dir=code
968        inputdir=input
969        ref_outp="output.txt"
970        EXECUTABLE="mitgcmuv"
971    fi
972    
973  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
974      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
975    else
976        #- expand group of experiments:
977        LIST=" "
978        for xx in $TESTDIRS
979        do
980          case $xx in
981            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
982                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
983                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
984                    ;;
985            'tutorials')
986                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
987            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
988          esac
989        done
990    fi
991    #echo 'LIST='${LIST}'<'
992    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
993    TESTDIRS=" "
994    count=0
995    for xx in $LIST
996    do
997        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
998        if test $yy = 0 ; then
999            if test -d $xx ; then
1000                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1001                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1002            else count=1 ;
1003                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1004            fi
1005        else
1006            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1007            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1008            fi
1009        fi
1010    done
1011    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1012    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1013    
1014    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1015        OPTFILE=$MITGCM_OF
1016  fi  fi
1017    
1018  if test "x$OPTFILES" = x ; then  RUNLOG="run.log"
1019      OPTFILES=$MITGCM_OF  OUTPUTFILE=$ref_outp
1020    if test "x$COMMAND" = x ; then
1021        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1022  fi  fi
1023  if test "x$OPTFILES" = x ; then  if test "x$MPI" = xt ; then
1024      echo "Error: please specify an optfile using either the command-line or"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
     echo "  the MITGCM_OF environment variable.  Also, examples are located "  
     echo "  in \$ROOTDIR/tools/build_options"  
     exit 1  
1025  fi  fi
1026    
1027  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1028    
1029    # set the Default List of output variables to be checked:
1030    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1031    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1032    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1033    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1034        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1035        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1036        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1037        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1038        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1039    else
1040        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1041        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1042        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1043    fi
1044    
1045  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1046  createcodelet  createcodelet
1047    
1048  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1049  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1050        echo "skipping mpack build"
1051    else
1052        build_mpack
1053    fi
1054    
1055  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1056    CMDLINE=$0
1057    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1058        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1059                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1060    done
1061    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1062  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1063  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1064  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1065  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1066    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1067        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1068    else
1069        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1070        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1071    fi
1072  DNUM=0  DNUM=0
1073  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1074  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 555  done Line 1078  done
1078  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1079  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1080  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1081      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1082      exit 1      exit 1
1083  fi  fi
1084  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1085  date > $SUMMARY  start_date=`date`
1086  cat << EOF >> $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1087                  T           S           U           V  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1088  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1089  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
1090  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  of_path=
1091  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1092        if test -r $OPTFILE ; then
1093  EOF          # get the path
1094            path=${OPTFILE%/*}
1095  NDIR=0          if test "x$path" = x ; then
1096                of_path=`pwd`
1097  #  For each optfile...          else
1098  for OPTFILE in $OPTFILES ; do              of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
1099            fi
1100      OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          file=${OPTFILE##*/}
1101      if test ! -r $OPTFILE ; then          OPTFILE=$of_path/$file
1102          echo "Error: can't read optfile \"$OPTFILE\""          cp $OPTFILE $DRESULTS
1103            echo >> $SUMMARY
1104            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1105        else
1106            echo | tee $SUMMARY
1107            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1108          exit 1          exit 1
1109      fi      fi
1110      echo  else
1111      echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1112        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
1113        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
1114    fi
1115    echo
1116    echo >> $SUMMARY
1117    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1118        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1119        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1120        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1121           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1122    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1123        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1124        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1125        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1126        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1127        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1128            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1129            line_1="$line_1        m  s"
1130            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1131            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1132            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1133        done
1134        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1135        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1136        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1137        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1138        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1139        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1140    else
1141        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1142      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1143        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1144        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1145        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1146        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1147        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1148    G D M    C  G
1149    E p a R  o  r
1150    N n k u  s  a
1151    2 d e n  t  d
1152    
1153    EOF
1154    fi
1155    
1156    #  ...and each test directory...
1157    for dir in $TESTDIRS ; do
1158            
1159      #  ...and each test directory...      # set builddir & rundir:
1160      for dir in $TESTDIRS ; do      builddir="build"
1161        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1162        rundir="run"
1163        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1164            rundir=$builddir
1165        fi
1166        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1167        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1168    
1169          #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1170          if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1171              if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1172                  ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir
1173              fi              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1174              if test -r $dir/input/Makefile ; then          fi
1175                  ( cd $dir/input ; make CLEAN )          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1176              fi              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1177              continue              run_clean $dir/$rundir
         fi  
   
         #  Verify that the testdir exists and contains previous  
         #  results in the correct location--or skip this directory!  
         if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then  
             echo | tee -a $SUMMARY  
             echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir" \  
                 | tee -a $SUMMARY  
             continue  
         fi  
   
         #  Is this an MPI run?  
         if test "x$MPI" = xt ; then  
             if test ! -r $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_mpi" -o ! -r $dir"/code/SIZE.h_mpi" ; then  
                 echo | tee -a $SUMMARY  
                 echo "can't read \"$dir/code/CPP_EEOPTIONS.h_mpi\" or \"$dir/code/SIZE.h_mpi\"" \  
                     | tee -a $SUMMARY  
                 continue  
             else  
                 cmp $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_mpi" $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h"  
                 RETVAL=$?  
                 if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                     cp $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_mpi" $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h"  
                 fi  
                 cmp $dir"/code/SIZE.h_mpi" $dir"/code/SIZE.h"  
                 RETVAL=$?  
                 if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                     cp $dir"/code/SIZE.h_mpi" $dir"/code/SIZE.h"  
                 fi  
             fi  
         else  
             if test -r $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_nompi" ; then  
                 cmp $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_nompi" $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h"  
                 RETVAL=$?  
                 if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                     cp $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_nompi" $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h"  
                 fi  
             fi  
             if test -r $dir"/code/SIZE.h_nompi" ; then  
                 cmp $dir"/code/SIZE.h_nompi" $dir"/code/SIZE.h"  
                 RETVAL=$?  
                 if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                     cp $dir"/code/SIZE.h_nompi" $dir"/code/SIZE.h"  
                 fi  
             fi  
1178          fi          fi
1179            (
1180                cd $dir
1181                rm -rf tr_run.*
1182            )
1183            continue
1184        fi
1185    
1186          #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1187          CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      #  results in the correct location--or skip this directory!
1188          mkdir $CDIR      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1189          CDIR=`pwd`"/$CDIR"      if test ! -r $fout ; then
1190            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1191            continue
1192        fi
1193    
1194          #  ...configue, make, run, and compare the output.      # Check for specific files for particular type of run
         echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
         echo  
         echo "Experiment:  $dir"  
         echo  
         unset genmake makedepend make run  
         results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1195    
1196          if [ -r $dir/build ]; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1197              seperatebuilddir=1          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1198              builddir=build          continue
1199              rundir=build      fi
1200              ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1201          else          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1202              seperatebuilddir=0          continue
1203              builddir=input      fi
1204              rundir=input      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1205          fi        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1206          if test $retv != 0 ; then
1207            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1208            continue
1209          fi
1210        fi
1211    
1212          if test "x$CLEANUP" = xt ; then      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1213              makeclean $dir/$builddir      extra_runs=
1214          else      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1215              genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1216                  && makeclean $dir/$builddir \      for exd in $ex_run_dirs ; do
1217                  && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1218                  && makemodel $dir/$builddir && make=Y \          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1219                  && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \          outf="$dir/results/$refExOut"
1220                  && runmodel $dir/$builddir && run=Y \          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1221                  && results=`testoutput $dir $rundir`            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1222                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1223                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1224                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1225                    if test $retv = 0 ; then
1226                        extra_runs="$extra_runs $name"
1227                    else
1228                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1229                    fi
1230                  else
1231                    extra_runs="$extra_runs $name"
1232                  fi
1233                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1234                fi
1235              else
1236                extra_runs="$extra_runs $name"
1237              fi
1238          fi          fi
1239        done
1240    
1241        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1242        echo
1243        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1244           echo "Experiment:  $dir"
1245        else
1246           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1247        fi
1248        echo
1249        unset genmake makedepend make run
1250        results=$EMPTY_RESULTS
1251    
1252        #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1253        rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1254        mkdir $rel_CDIR
1255        CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1256        
1257        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1258            echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1259            makeclean $dir/$builddir \
1260                && run_clean $dir/$rundir
1261        else
1262            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1263                && makeclean $dir/$builddir \
1264                && run_clean $dir/$rundir \
1265                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1266                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1267                && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1268                && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1269                && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1270                && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1271        fi
1272        
1273        echo
1274            fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1275          echo          echo
1276          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1277              ${run:-N} $results          touch $CDIR"/summary.txt"
1278          echo          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $SUMMARY  
         echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1279          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1280          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1281          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1282          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1283            if test "x$ADM" = xt ; then
1284                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1285                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1286                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1287            fi
1288    
1289          (          for ex in $extra_runs ; do
1290              cd $DRESULTS              unset run
1291              tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1              results=$EMPTY_RESULTS
1292              gzip $NDIR".tar"              #  reference output file
1293          )              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1294                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1295                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1296                mkdir $rel_CDIR
1297                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1298                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1299                run_clean $dir/tr_run.$ex
1300                linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1301                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1302                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1303                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1304                fres="$fres.$ex"
1305                echo
1306                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1307                touch $CDIR"/summary.txt"
1308                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1309                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1310                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1311                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1312                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1313                if test "x$ADM" = xt ; then
1314                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1315                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1316                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1317                fi
1318                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1319                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1320                fi
1321            done
1322    
1323          if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then      #postclean $dir/$builddir
1324              echo "No mail sent"      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1325            makeclean $dir/$builddir \
1326                && run_clean $dir/$rundir
1327        fi
1328        
1329        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1330        
1331    done
1332    
1333    printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1334    echo "$start_date" >> $SUMMARY
1335    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1336    date >> $SUMMARY
1337    
1338    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1339    #  to send email using mpack.
1340    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1341        echo "No results email was sent."
1342    else
1343        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1344            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1345                && gzip $DRESULTS".tar" \
1346                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1347            RETVAL=$?
1348            if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1349                echo
1350                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1351                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1352                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1353                echo
1354          else          else
1355              $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES              echo
1356              RETVAL=$?              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1357              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              echo "  \"$ADDRESSES\""
1358                  echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
             else  
                 rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"  
             fi  
1359          fi          fi
1360            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1361            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1362        fi
1363    fi
1364    
1365          NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
           
     done  
 done  
1366    
1367  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1368        cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1369        if test -e tr_out.txt ; then
1370            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1371        fi
1372        cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1373    fi
1374    
1375  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1376        rm -rf $DRESULTS
1377    fi
1378    
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