/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.63 by jmc, Wed Jan 26 00:24:06 2005 UTC revision 1.80 by jmc, Thu Jun 8 21:39:35 2006 UTC
# Line 27  usage() Line 27  usage()
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
31        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
32      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
33      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
34      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
# Line 95  testoutput_for_prop() Line 97  testoutput_for_prop()
97      fi      fi
98      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
99          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
100          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
101          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
102              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
103                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
104              fi              fi
# Line 110  testoutput_for_prop() Line 112  testoutput_for_prop()
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
113      fi      fi
114      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
115      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
116      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
117          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
118              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119          fi          fi
120          return 99          return 99
121      fi      fi
122        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
123            if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
125            fi
126            return 99
127        fi
128        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
129        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
130            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
131            return 99
132        fi
133        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
134        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
135            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
136            return 99
137        fi
138      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
139          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
140      fi      fi
# Line 163  dashnum() Line 181  dashnum()
181    
182  testoutput_ad()  testoutput_ad()
183  {  {
184      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
185      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
186      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
187      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
188      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
189      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
190      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
# Line 286  genmakemodel() Line 304  genmakemodel()
304                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
305              else              else
306                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
307              fi              fi
308              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
309                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 294  genmakemodel() Line 311  genmakemodel()
311              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
312                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
313              fi              fi
314                if test "x$MPI" = xt ; then
315                    command="$command -mpi"
316                fi
317              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
318              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
319              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 339  makeclean() Line 359  makeclean()
359      fi      fi
360  }  }
361    
362    postclean()
363    {
364        # postclean directory
365        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
366            (
367                cd $1;
368                if test -r Makefile ; then
369                    $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1
370                fi
371                exit 0
372            )
373        fi
374    }
375    
376  makedependmodel()  makedependmodel()
377  {  {
378      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 455  linkdata() Line 489  linkdata()
489                      fi                      fi
490                  done                  done
491              else              else
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
492                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
493                  for i in $files ; do                  for i in $files ; do
494                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
495                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                          ln -sf "../input_ad/"$i $i
496                      fi                      fi
497                  done                  done
498                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
499                    for i in $files ; do
500                        if test ! -d "../input/"$i ; then
501                         if test ! -r $i  ; then
502                            ln -sf "../input/"$i $i
503                         fi
504                        fi
505                    done
506              fi              fi
507          )          )
508      fi      fi
# Line 480  runmodel() Line 516  runmodel()
516      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
517      (      (
518          cd $1          cd $1
519          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
520          # make output.txt          # make output.txt
521          echo          echo
522          rm -f run.log          rm -f run.log
523            if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
524               ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
525               RETVAL=$?
526            else
527               echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1
528               RETVAL=0
529            fi
530          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
531          # echo "pwd='"`pwd`"'"          # echo "pwd='"`pwd`"'"
         ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
532          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
533              tail run.log              tail run.log
534              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
# Line 495  runmodel() Line 536  runmodel()
536              # if test "x$ADM" = x ; then              # if test "x$ADM" = x ; then
537              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
538              # else              # else
539              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"              #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
540              # fi              # fi
541              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
542              return 0              return 0
# Line 529  int main( int argc, char** argv )  { Line 570  int main( int argc, char** argv )  {
570      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
571      if (abave > 0.0) {      if (abave > 0.0) {
572        relerr=fabs(a-b)/abave;        relerr=fabs(a-b)/abave;
573        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)lrint(log10(relerr)); }        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
574        else { linnum = -16 ; }        else { linnum = -16 ; }
575        best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
576      }      }
# Line 627  QUICK=f Line 668  QUICK=f
668  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
669  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
670  NODEPEND=f  NODEPEND=f
671    POSTCLEAN=f
672    
673  BASH=  BASH=
674  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 644  if test "x$CC" = x ; then Line 686  if test "x$CC" = x ; then
686  fi  fi
687  JOBS=  JOBS=
688  MPI=f  MPI=f
689    OUTDIR=
690  DELDIR=  DELDIR=
691    
692  ADM=  ADM=
# Line 700  for ac_option ; do Line 743  for ac_option ; do
743          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
744              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
745    
746            -odir | --odir)
747                ac_prev=OUTDIR ;;
748            -odir=* | --odir=*)
749                OUTDIR=$ac_optarg ;;
750    
751          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
752              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
753          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
# Line 709  for ac_option ; do Line 757  for ac_option ; do
757          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
758    
759          -clean | --clean)          -clean | --clean)
760              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
761    
762          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
763              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 720  for ac_option ; do Line 768  for ac_option ; do
768          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
769              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
770    
771            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
772                POSTCLEAN=t ;;
773    
774          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
775    
776          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
# Line 761  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 812  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
812      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
813  fi  fi
814    
815    if test "x$ADM" = xt ; then
816        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
817        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
818    else
819        EXECUTABLE="mitgcmuv"
820        OUTPUTFILE="output.txt"
821    fi
822    
823  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
824      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
825  fi  fi
826    
827  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
828      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
829  fi  fi
830    
831  echo "OK"  #echo "OK"
832    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
833    
834  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
835  createcodelet  createcodelet
# Line 786  MACH=`hostname` Line 846  MACH=`hostname`
846  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
847  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
848  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
849    if test "x$OUTDIR" != x ; then
850        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
851    fi
852  DNUM=0  DNUM=0
853  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
854  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 888  for dir in $TESTDIRS ; do Line 951  for dir in $TESTDIRS ; do
951      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
952          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
953      else      else
954          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
955      fi      fi
956      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
957          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
# Line 943  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1006  for dir in $TESTDIRS ; do
1006      echo "Experiment:  $dir"      echo "Experiment:  $dir"
1007      echo      echo
1008      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1009      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1010    
1011      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1012      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 975  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1038  for dir in $TESTDIRS ; do
1038          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1039    
1040          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1041                unset run
1042                results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1043                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1044                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1045                mkdir $rel_CDIR
1046                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1047              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1048              for ldir in input.$ex input ; do              for ldir in input.$ex input ; do
1049                  (                  (
# Line 994  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1063  for dir in $TESTDIRS ; do
1063              done              done
1064              ldir=build              ldir=build
1065              (              (
1066                  cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1                  cd $dir/tr_run.$ex
1067                  ls -1 Makefile *.[fFhco] mitgcmuv  2>/dev/null \                  test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .
                     | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
             ) > tr_exrun_links  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
1068              )              )
             test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
1069              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1070                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1071              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 1018  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1077  for dir in $TESTDIRS ; do
1077              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1078              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1079              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1080              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1081          done          done
1082      else      else
1083          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 1030  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1089  for dir in $TESTDIRS ; do
1089          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1090          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1091          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1092            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1093                               >> $CDIR"/summary.txt"
1094      fi      fi
1095    
1096        postclean $dir/$builddir
1097            
1098      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1099            
# Line 1072  fi Line 1135  fi
1135  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1136    
1137  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1138      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1139      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1140          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1141      fi      fi
1142      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1143  fi  fi
1144    
1145  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.63  
changed lines
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