--- MITgcm/tools/genmake2	2013/07/24 00:33:53	1.253
+++ MITgcm/tools/genmake2	2013/08/07 16:20:03	1.254
@@ -1,6 +1,6 @@
 #! /usr/bin/env bash
 #
-# $Header: /home/ubuntu/mnt/e9_copy/MITgcm/tools/genmake2,v 1.253 2013/07/24 00:33:53 jmc Exp $
+# $Header: /home/ubuntu/mnt/e9_copy/MITgcm/tools/genmake2,v 1.254 2013/08/07 16:20:03 heimbach Exp $
 # $Name:  $
 #
 # Makefile generator for MITgcm UV codes
@@ -3118,13 +3118,13 @@
 	@-rm -f ad_config.template
 	\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(EXE_AD)
 
-ad_input_code.$FS: \$(AD_FILES) \$(AD_FLOW_FILES)
+ad_input_code.$FS: \$(F77_SRC_FILES) \$(AD_FLOW_FILES)
 	@$BASH\$(TOOLSDIR)/convert_cpp_cmd2defines "Adjoint version" -bAD_CONFIG_H -DALLOW_ADJOINT_RUN -UALLOW_TANGENTLINEAR_RUN > ad_config.template
 	cmp ad_config.template AD_CONFIG.h || cat ad_config.template > AD_CONFIG.h
 	@-rm -f ad_config.template
 	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(F77_PP_SRC_FILES)
 	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(FLOWFILES)
-	cat \$(FLOWFILES) \$(AD_FILES) | sed -f \$(TOOLSDIR)/remove_comments_sed > ad_input_code.$FS
+	cat \$(FLOWFILES) \$(F77_PP_SRC_FILES) | sed -f \$(TOOLSDIR)/remove_comments_sed > ad_input_code.$FS
 
 ad_taf_output.$FS: ad_input_code.$FS
 	\$(TAF) \$(AD_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) ad_input_code.$FS
@@ -3136,8 +3136,8 @@
 	ls -l ad_input_code_ad.$FS
 	cat ad_input_code_ad.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ad_taf_output.$FS
 
-\$(EXE_AD): \$(SPECIAL_FILES) \$(F77_SRC_FILES) \$(C_SRC_FILES) \$(H_SRC_FILES) \$(F90_SRC_FILES) ad_taf_output.o \$(OBJFILES) \$(EMBEDDED_FILES)
-	\$(LINK) -o \${EXE_AD} \$(FFLAGS) \$(FOPTIM) \$(OBJFILES) ad_taf_output.o \$(LIBS)
+\$(EXE_AD): \$(SPECIAL_FILES) \$(F77_SRC_FILES) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(H_SRC_FILES) \$(F90_SRC_FILES) ad_taf_output.o \$(EMBEDDED_FILES)
+	\$(LINK) -o \${EXE_AD} \$(FFLAGS) \$(FOPTIM) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) ad_taf_output.o \$(LIBS)
 
 ad_tamc_output.$FS: ad_input_code.$FS
 	\$(TAMC) \$(AD_TAMC_FLAGS) \$(TAMC_EXTRA) ad_input_code.$FS
@@ -3166,26 +3166,26 @@
 	@-rm -f ad_config.template
 	\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(EXE_FTL)
 
-ftl_input_code.$FS: \$(AD_FILES)
+ftl_input_code.$FS: \$(F77_SRC_FILES)
 	@$BASH\$(TOOLSDIR)/convert_cpp_cmd2defines "TangLin version" -bAD_CONFIG_H -UALLOW_ADJOINT_RUN -DALLOW_TANGENTLINEAR_RUN > ad_config.template
 	cmp ad_config.template AD_CONFIG.h || cat ad_config.template > AD_CONFIG.h
 	@-rm -f ad_config.template
 	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(F77_PP_SRC_FILES)
 	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(AD_FLOW_FILES)
-	cat \$(AD_FLOW_FILES) \$(AD_FILES) | sed -f \$(TOOLSDIR)/remove_comments_sed > ftl_input_code.$FS
+	cat \$(AD_FLOW_FILES) \$(F77_PP_SRC_FILES) | sed -f \$(TOOLSDIR)/remove_comments_sed > ftl_input_code.$FS
 
 ftl_taf_output.$FS: ftl_input_code.$FS
 	\$(TAF) \$(FTL_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) ftl_input_code.$FS
-	ls -l ftl_input_code_ftl.$FS
-	cat ftl_input_code_ftl.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ftl_taf_output.$FS
+	ls -l ftl_input_code_tl.$FS
+	cat ftl_input_code_tl.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ftl_taf_output.$FS
 
 ftltafonly:
 	\$(TAF) \$(FTL_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) ftl_input_code.$FS
-	ls -l ftl_input_code_ftl.$FS
-	cat ftl_input_code_ftl.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ftl_taf_output.$FS
+	ls -l ftl_input_code_tl.$FS
+	cat ftl_input_code_tl.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ftl_taf_output.$FS
 
-\$(EXE_FTL): \$(SPECIAL_FILES) \$(F77_SRC_FILES) \$(C_SRC_FILES) \$(H_SRC_FILES) \$(F90_SRC_FILES) ftl_taf_output.o \$(OBJFILES) \$(EMBEDDED_FILES)
-	\$(LINK) -o \${EXE_FTL} \$(FFLAGS) \$(FOPTIM) \$(OBJFILES) ftl_taf_output.o \$(LIBS)
+\$(EXE_FTL): ftl_taf_output.o \$(C_SRC_FILES:.c=.o)
+	\$(LINK) -o \${EXE_FTL} \$(FFLAGS) \$(FOPTIM) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) ftl_taf_output.o \$(LIBS)
 
 ftl_tamc_output.$FS: ftl_input_code.$FS
 	\$(TAMC) \$(FTL_TAMC_FLAGS) \$(TAMC_EXTRA) ftl_input_code.$FS