/[MITgcm]/MITgcm/pkg/dic/dic_biotic_forcing.F
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revision 1.6 by stephd, Thu Feb 12 16:11:46 2004 UTC revision 1.18 by dfer, Mon Oct 29 16:49:49 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1    C $Header$
2    C $Name$
3    
4  #include "DIC_OPTIONS.h"  #include "DIC_OPTIONS.h"
5  #include "GCHEM_OPTIONS.h"  #include "GCHEM_OPTIONS.h"
6    
# Line 6  C !ROUTINE: DIC_BIOTIC_FORCING Line 9  C !ROUTINE: DIC_BIOTIC_FORCING
9    
10  C !INTERFACE: ==========================================================  C !INTERFACE: ==========================================================
11        SUBROUTINE DIC_BIOTIC_FORCING( PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_PO4,        SUBROUTINE DIC_BIOTIC_FORCING( PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_PO4,
12       &                            PTR_DOP, PTR_O2,       &                            PTR_DOP,
13    #ifdef ALLOW_O2
14         &                            PTR_O2,
15    #endif
16  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
17       &                            PTR_FE,       &                            PTR_FE,
18  #endif  #endif
# Line 44  C  PTR_FE               :: iron Line 50  C  PTR_FE               :: iron
50        _RL  PTR_ALK(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_ALK(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
51        _RL  PTR_PO4(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_PO4(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
52        _RL  PTR_DOP(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_DOP(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
53    #ifdef ALLOW_O2
54        _RL  PTR_O2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_O2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
55    #endif
56  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
57        _RL  PTR_FE(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_FE(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
58  #endif  #endif
# Line 60  C  SURA                   :: tendency of Line 68  C  SURA                   :: tendency of
68  C  SURC                   :: tendency of DIC due to air-sea exchange  C  SURC                   :: tendency of DIC due to air-sea exchange
69  C                            and virtual flux  C                            and virtual flux
70  C  SURO                   :: tendency of O2 due to air-sea exchange  C  SURO                   :: tendency of O2 due to air-sea exchange
71  C  BIO                    :: tendency of PO4 due to biological productivity,  C  GPO4                   :: tendency of PO4 due to biological productivity,
72  C                            exchange with DOP pool and reminerization  C                            exchange with DOP pool and reminerization
73  C  CAR                    :: carbonate changes due to biological  C  CAR                    :: carbonate changes due to biological
74  C                             productivity and reminerization  C                             productivity and remineralization
75  C  bioac                  :: biological productivity  C  BIOac                  :: biological productivity
76  C  pflux                  :: changes to PO4 due to flux and reminerlization  C  RDOP                   :: DOP sink due to remineralization
77  c  cflux                  :: carbonate changes due to flux and reminerlization  C  pflux                  :: changes to PO4 due to flux and remineralization
78  c  freefe                 :: iron not bound to ligand  C  CAR_S                  :: carbonate sink
79    C  cflux                  :: carbonate changes due to flux and remineralization
80    C  freefe                 :: iron not bound to ligand
81        _RL  GDIC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  GDIC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
82        _RL  GALK(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  GALK(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
83        _RL  GPO4(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  GPO4(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
84        _RL  GDOP(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  GDOP(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
       _RL  GO2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  
85        _RL  SURA(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL  SURA(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
86        _RL  SURC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL  SURC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
87        _RL  SURO(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL  SURO(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
       _RL  BIO(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  
88        _RL  CAR(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  CAR(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
89        _RL  bioac(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  BIOac(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
90          _RL  RDOP(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
91        _RL  pflux(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  pflux(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
92          _RL  exportflux(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
93          _RL  CAR_S(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
94        _RL  cflux(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  cflux(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
95    #ifdef ALLOW_O2
96          _RL  GO2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
97    #endif
98  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
99        _RL  GFE(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  GFE(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
100        _RL  freefe(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  freefe(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
101  #endif  #endif
102         INTEGER I,J,k         INTEGER I,J,k
103           INTEGER nCALCITEstep
104  CEOP  CEOP
105           jmin=1
106           jmax=sNy
107           imin=1
108           imax=sNx
109    
110         DO k=1,Nr         DO k=1,Nr
111           DO j=1-OLy,sNy+OLy           DO j=1-OLy,sNy+OLy
112            DO i=1-OLx,sNx+OLx            DO i=1-OLx,sNx+OLx
113             GDIC(i,j,k)=0.d0             RDOP(i,j,k) =0. _d 0
114             GALK(i,j,k)=0.d0             GDIC(i,j,k) =0. _d 0
115             GPO4(i,j,k)=0.d0             GALK(i,j,k) =0. _d 0
116             GDOP(i,j,k)=0.d0             GPO4(i,j,k) =0. _d 0
117             GO2(i,j,k)=0.d0             GDOP(i,j,k) =0. _d 0
118             SURA(i,j)=0.d0             CAR(i,j,k)  =0. _d 0
119             SURC(i,j)=0.d0             BIOac(i,j,k)   =0. _d 0
120             CAR(i,j,k)=0.d0             pflux(i,j,k)   =0. _d 0
121             BIO(i,j,k)=0.d0             exportflux(i,j,k)=0. _d 0
122             bioac(i,j,k)=0.d0             cflux(i,j,k)   =0. _d 0
123             pflux(i,j,k)=0.d0             CAR_S(i,j,k)   =0. _d 0
124             cflux(i,j,k)=0.d0  #ifdef ALLOW_O2
125               GO2(i,j,k)     =0. _d 0
126    #endif
127  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
128             GFE(i,j,k)=0.d0             GFE(i,j,k)     =0. _d 0
129             freefe(i,j,k)=0.d0             freefe(i,j,k)  =0. _d 0
130  #endif  #endif
131            ENDDO            ENDDO
132           ENDDO           ENDDO
133         ENDDO         ENDDO
134             DO j=1-OLy,sNy+OLy
135              DO i=1-OLx,sNx+OLx
136               SURA(i,j)   =0. _d 0
137               SURC(i,j)   =0. _d 0
138               SURO(i,j)   =0. _d 0
139              ENDDO
140             ENDDO
141    
142  c carbon air-sea interaction  c carbon air-sea interaction
143         CALL DIC_SURFFORCING( PTR_DIC, SURC,         CALL DIC_SURFFORCING( PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_PO4, SURC,
144       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
145       &                    myIter,myTime,myThid)       &                    myIter,myTime,myThid)
146    
# Line 121  c alkalinity air-sea interaction Line 149  c alkalinity air-sea interaction
149       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
150       &                    myIter,myTime,myThid)       &                    myIter,myTime,myThid)
151    
152  c carbon air-sea interaction  #ifdef ALLOW_O2
153    c oxygen air-sea interaction
154         CALL O2_SURFFORCING( PTR_O2, SURO,         CALL O2_SURFFORCING( PTR_O2, SURO,
155       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
156       &                    myIter,myTime,myThid)       &                    myIter,myTime,myThid)
157    #endif
158    
159  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
160  c find free iron  c find free iron
# Line 138  c biological activity Line 168  c biological activity
168  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
169       I           PTR_FE,       I           PTR_FE,
170  #endif  #endif
171       I           bioac,       I           BIOac,
172       I           bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,       I           bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
173       I           myIter,myTime,myThid)       I           myIter,myTime,myThid)
174    
175  c flux of po4 from layers with biological activity  c flux of po4 from layers with biological activity
176         CALL PHOS_FLUX( bioac, pflux,         CALL PHOS_FLUX( BIOac, pflux, exportflux,
177       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
178       &                    myIter,myTime,myThid)       &                    myIter,myTime,myThid)
179    
180    C- Carbonate sink
181           DO k=1,Nr
182             DO j=jmin,jmax
183              DO i=imin,imax
184                 CAR_S(i,j,k)=BIOac(i,j,k)*R_CP*rain_ratio(i,j,bi,bj)*
185         &                    (1. _d 0-DOPfraction)
186              ENDDO
187             ENDDO
188           ENDDO
189    
190  c carbonate  c carbonate
191          CALL CAR_FLUX( bioac, cflux,  #ifdef CAR_DISS
192    c dissolution only below saturation horizon
193    c code following methid by Karsten Friis
194             nCALCITEstep = 3600
195             IF(myIter .lt. (nIter0+5) .or.
196         &               mod(myIter,nCALCITEstep) .eq. 0)THEN
197               CALL CALCITE_SATURATION(PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_PO4,
198         I                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
199         I                    myIter,myTime,myThid)
200            ENDIF
201    c
202            CALL CAR_FLUX_OMEGA_TOP( BIOac, cflux,
203         &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
204         &                    myIter,myTime,myThid)
205    #else
206    c old OCMIP way
207            CALL CAR_FLUX( CAR_S, cflux,
208       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,       &                    bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
209       &                    myIter,myTime,myThid)       &                    myIter,myTime,myThid)
210    #endif
211    
212  c add all tendencies for PO4, DOP, ALK, DIC  c add all tendencies for PO4, DOP, ALK, DIC
213         DO k=1,Nr         DO k=1,Nr
214           DO j=1-OLy,sNy+OLy           DO j=jmin,jmax
215            DO i=1-OLx,sNx+OLx            DO i=imin,imax
216             bio(i,j,k)=-bioac(i,j,k)+pflux(i,j,k)             RDOP(i,j,k)= maskC(i,j,k,bi,bj)*KDOPRemin*PTR_DOP(i,j,k)
217       &         + maskC(i,j,k,bi,bj)*Kdopremin*PTR_DOP(i,j,k)  
218             car(i,j,k)=-bioac(i,j,k)* R_cp*rain_ratio(i,j,bi,bj)*             GPO4(i,j,k)=-BIOac(i,j,k)+pflux(i,j,k) + RDOP(i,j,k)
219       &                (1.0-DOPfraction)+cflux(i,j,k)  
220             GPO4(i,j,k)=bio(i,j,k)             car(i,j,k) = cflux(i,j,k) - CAR_S(i,j,k)
221             GDOP(i,j,k)=+bioac(i,j,k)*DOPfraction  
222       &         - maskC(i,j,k,bi,bj)*Kdopremin*PTR_DOP(i,j,k)             GDOP(i,j,k)=+BIOac(i,j,k)*DOPfraction - RDOP(i,j,k)
223             GALK(i,j,k)=+2.d0*car(i,j,k)-R_NP*bio(i,j,k)  
224             GDIC(i,j,k)=car(i,j,k)+R_CP*bio(i,j,k)             GALK(i,j,k)=+2. _d 0 *car(i,j,k)-R_NP*GPO4(i,j,k)
225             if (PTR_O2(i,j,k).gt.o2crit) then  
226               GO2(i,j,k)=R_OP*bio(i,j,k)             GDIC(i,j,k)=car(i,j,k)+R_CP*GPO4(i,j,k)
227    
228    #ifdef ALLOW_O2
229               if (PTR_O2(i,j,k).GT.O2crit) then
230                 GO2(i,j,k)= R_OP*GPO4(i,j,k)
231             else             else
232               GO2(i,j,k)=0.d0               GO2(i,j,k)= 0. _d 0
233             endif             endif
234    #endif
235  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
236             GFE(i,j,k)=R_FeP*bio(i,j,k)             GFE(i,j,k) = R_FeP*GPO4(i,j,k)
237       &             -Kscav*freefe(i,j,k)       &                 -Kscav*freefe(i,j,k)
238  #endif  #endif
239             IF (K.eq.1) then            ENDDO
240             ENDDO
241           ENDDO
242    
243             DO j=jmin,jmax
244              DO i=imin,imax
245                 GALK(i,j,1)=GALK(i,j,1)+SURA(i,j)                 GALK(i,j,1)=GALK(i,j,1)+SURA(i,j)
246                 GDIC(i,j,1)=GDIC(i,j,1)+SURC(i,j)                 GDIC(i,j,1)=GDIC(i,j,1)+SURC(i,j)
247                 GO2(i,j,1)=GO2(i,j,1)+SURO(i,j)  #ifdef ALLOW_O2
248                   GO2(i,j,1) =GO2(i,j,1)+SURO(i,j)
249    #endif
250  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
251                 GFE(i,j,1)=GFE(i,j,1)+alpfe*                 GFE(i,j,1)=GFE(i,j,1)+alpfe*
252       &                    InputFe(i,j,bi,bj)/drF(1)       &                    InputFe(i,j,bi,bj)*recip_drF(1)
253         &                       *recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)
254  #endif  #endif
            ENDIF  
255            ENDDO            ENDDO
256           ENDDO           ENDDO
        ENDDO  
257    
258    
259  C update  C update
260         DO k=1,Nr         DO k=1,Nr
261           DO j=1-OLy,sNy+OLy           DO j=jmin,jmax
262            DO i=1-OLx,sNx+OLx            DO i=imin,imax
263             PTR_DIC(i,j,k)=             PTR_DIC(i,j,k)=
264       &      PTR_DIC(i,j,k)+GDIC(i,j,k)*deltaTtracer       &      PTR_DIC(i,j,k)+GDIC(i,j,k)*dTtracerLev(k)
265             PTR_ALK(i,j,k)=             PTR_ALK(i,j,k)=
266       &      PTR_ALK(i,j,k)+GALK(i,j,k)*deltaTtracer       &      PTR_ALK(i,j,k)+GALK(i,j,k)*dTtracerLev(k)
267             PTR_PO4(i,j,k)=             PTR_PO4(i,j,k)=
268       &      PTR_PO4(i,j,k)+GPO4(i,j,k)*deltaTtracer       &      PTR_PO4(i,j,k)+GPO4(i,j,k)*dTtracerLev(k)
269             PTR_DOP(i,j,k)=             PTR_DOP(i,j,k)=
270       &      PTR_DOP(i,j,k)+GDOP(i,j,k)*deltaTtracer       &      PTR_DOP(i,j,k)+GDOP(i,j,k)*dTtracerLev(k)
271    #ifdef ALLOW_O2
272             PTR_O2(i,j,k)=             PTR_O2(i,j,k)=
273       &      PTR_O2(i,j,k)+GO2(i,j,k)*deltaTtracer       &      PTR_O2(i,j,k)+GO2(i,j,k)*dTtracerLev(k)
274    #endif
275  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
276             PTR_FE(i,j,k)=             PTR_FE(i,j,k)=
277       &      PTR_FE(i,j,k)+GFE(i,j,k)*deltaTtracer       &      PTR_FE(i,j,k)+GFE(i,j,k)*dTtracerLev(k)
278  #endif  #endif
279            ENDDO            ENDDO
280           ENDDO           ENDDO
281         ENDDO         ENDDO
282    
283    #ifdef ALLOW_FE
284    #ifdef MINFE
285    c find free iron and get rid of insoluble part
286           call fe_chem(bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, PTR_FE, freefe,
287         &                myIter, mythid)
288    #endif
289    #endif
290    
291    
292  #ifdef ALLOW_TIMEAVE  #ifdef ALLOW_TIMEAVE
293  c save averages  c save averages
294          IF ( taveFreq.GT.0. ) THEN
295        DO k=1,Nr        DO k=1,Nr
296           DO j=1-OLy,sNy+OLy           DO j=jmin,jmax
297            DO i=1-OLx,sNx+OLx            DO i=imin,imax
298              BIOave(i,j,k,bi,bj)=BIOave(i,j,k,bi,bj)+              BIOave(i,j,k,bi,bj)   =BIOave(i,j,k,bi,bj)+
299       &                          BIOac(i,j,k)*deltaTclock       &                             BIOac(i,j,k)*deltaTclock
300              CARave(i,j,k,bi,bj)=CARave(i,j,k,bi,bj)+              CARave(i,j,k,bi,bj)   =CARave(i,j,k,bi,bj)+
301       &                          CAR(i,j,k)*deltaTclock       &                             CAR(i,j,k)*deltaTclock
302              if (k.eq.1) then              OmegaCave(i,j,k,bi,bj)=OmegaCave(i,j,k,bi,bj)+
303                SURave(i,j,bi,bj)=SURave(i,j,bi,bj)+       &                             OmegaC(i,j,k,bi,bj)*deltaTclock
304       &                          SURC(i,j)*deltaTclock              pfluxave(i,j,k,bi,bj) =pfluxave(i,j,k,bi,bj) +
305                SUROave(i,j,bi,bj)=SUROave(i,j,bi,bj)+       &                             pflux(i,j,k)*deltaTclock
306       &                           SURO(i,j)*deltaTclock              epfluxave(i,j,k,bi,bj)=epfluxave(i,j,k,bi,bj) +
307                pCO2ave(i,j,bi,bj)=pCO2ave(i,j,bi,bj)+       &                             exportflux(i,j,k)*deltaTclock
308       &                           pCO2(i,j,bi,bj)*deltaTclock              cfluxave(i,j,k,bi,bj) =cfluxave(i,j,k,bi,bj) +
309                pHave(i,j,bi,bj)=pHave(i,j,bi,bj)+       &                             cflux(i,j,k)*deltaTclock
310       &                           pH(i,j,bi,bj)*deltaTclock            ENDDO
311             ENDDO
312          ENDDO
313             DO j=jmin,jmax
314              DO i=imin,imax
315                  SURave(i,j,bi,bj)    =SURave(i,j,bi,bj)+
316         &                              SURC(i,j)*deltaTclock
317    #ifdef ALLOW_O2
318                  SUROave(i,j,bi,bj)   =SUROave(i,j,bi,bj)+
319         &                              SURO(i,j)*deltaTclock
320    #endif
321                  pCO2ave(i,j,bi,bj)   =pCO2ave(i,j,bi,bj)+
322         &                              pCO2(i,j,bi,bj)*deltaTclock
323                  pHave(i,j,bi,bj)     =pHave(i,j,bi,bj)+
324         &                              pH(i,j,bi,bj)*deltaTclock
325                fluxCO2ave(i,j,bi,bj)=fluxCO2ave(i,j,bi,bj)+                fluxCO2ave(i,j,bi,bj)=fluxCO2ave(i,j,bi,bj)+
326       &                           fluxCO2(i,j,bi,bj)*deltaTclock       &                           fluxCO2(i,j,bi,bj)*deltaTclock
             endif  
327            ENDDO            ENDDO
328           ENDDO           ENDDO
       ENDDO  
329        do k=1,Nr        do k=1,Nr
330         dic_timeave(bi,bj,k)=dic_timeave(bi,bj,k)+deltaTclock         dic_timeave(bi,bj,k)=dic_timeave(bi,bj,k)+deltaTclock
331        enddo        enddo
332  #endif        ENDIF
333    #endif /* ALLOW_TIMEAVE*/
334    
335    C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|
336    
337    #ifdef ALLOW_DIAGNOSTICS
338    
339          IF ( useDiagnostics ) THEN
340    
341            CALL DIAGNOSTICS_FILL(BIOac  ,'DICBIOA ',0,Nr,2,bi,bj,myThid)
342            CALL DIAGNOSTICS_FILL(CAR    ,'DICCARB ',0,Nr,2,bi,bj,myThid)
343            CALL DIAGNOSTICS_FILL(pCO2   ,'DICPCO2 ',0,1 ,1,bi,bj,myThid)
344            CALL DIAGNOSTICS_FILL(fluxCO2,'DICCFLX ',0,1 ,1,bi,bj,myThid)
345            CALL DIAGNOSTICS_FILL(pH     ,'DICPHAV ',0,1 ,1,bi,bj,myThid)
346            CALL DIAGNOSTICS_FILL(SURC   ,'DICTFLX ',0,1 ,2,bi,bj,myThid)
347    #ifdef ALLOW_O2
348            CALL DIAGNOSTICS_FILL(SURO   ,'DICOFLX ',0,1 ,2,bi,bj,myThid)
349  #endif  #endif
350  #endif  
351          ENDIF
352    
353    #endif /* ALLOW_DIAGNOSTICS */
354    
355    #endif /* DIC_BIOTIC */
356    #endif /* ALLOW_PTRACERS */
357    
358  c  c
359         RETURN         RETURN
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