/[MITgcm]/MITgcm/pkg/dic/bio_export.F
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Diff of /MITgcm/pkg/dic/bio_export.F

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revision 1.12 by stephd, Mon May 7 15:58:19 2007 UTC revision 1.25 by heimbach, Sat Oct 17 20:47:34 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1    C $Header$
2    C $Name$
3    
4  #include "DIC_OPTIONS.h"  #include "DIC_OPTIONS.h"
 #include "GCHEM_OPTIONS.h"  
5    
6  CBOP  CBOP
7  C !ROUTINE: BIO_EXPORT  C !ROUTINE: BIO_EXPORT
8    
9  C !INTERFACE: ==========================================================  C !INTERFACE: ==========================================================
10        SUBROUTINE BIO_EXPORT( PTR_PO4 ,        SUBROUTINE BIO_EXPORT( PTR_PO4 ,
11  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
12       I           PTR_FE,       I           PTR_FE,
13  #endif    #endif
14       I           bioac,       I           bioac,
15       I           bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,       I           bi,bj,imin,imax,jmin,jmax,
16       I           myIter,myTime,myThid)       I           myIter,myTime,myThid)
17    
18  c !DESCRIPTION:  c !DESCRIPTION:
19  C  Calculate biological activity and export                  C  Calculate biological activity and export
20    
21  C !USES: ===============================================================  C !USES: ===============================================================
22        IMPLICIT NONE        IMPLICIT NONE
# Line 23  C !USES: =============================== Line 25  C !USES: ===============================
25  #include "EEPARAMS.h"  #include "EEPARAMS.h"
26  #include "PARAMS.h"  #include "PARAMS.h"
27  #include "GRID.h"  #include "GRID.h"
28  #include "DIC_ABIOTIC.h"  #include "DIC_VARS.h"
 #include "DIC_BIOTIC.h"  
29  #ifdef USE_QSW  #ifdef USE_QSW
30  #include "FFIELDS.h"  #include "FFIELDS.h"
31  #endif  #endif
# Line 59  C  i,j,k                  :: loop indice Line 60  C  i,j,k                  :: loop indice
60        _RL sfac(1-OLy:sNy+OLy)        _RL sfac(1-OLy:sNy+OLy)
61        _RL lit, atten        _RL lit, atten
62        _RL nutlimit        _RL nutlimit
63          _RL tmpfe, tmppo4
64  #ifdef AD_SAFE  #ifdef AD_SAFE
65        _RL thx, thy, theps        _RL thx, thy, theps
66  #endif  #endif
# Line 67  CEOP Line 69  CEOP
69    
70  #ifndef READ_PAR  #ifndef READ_PAR
71  #ifndef USE_QSW  #ifndef USE_QSW
72          call insol(myTime,sfac,bj)          CALL INSOL(myTime,sfac,bi,bj,myThid)
73  #endif  #endif
74  #endif  #endif
75          DO j=jmin,jmax          DO j=jmin,jmax
76           DO i=imin,imax           DO i=imin,imax
77  C Fortran-90  cph: following init assumes nlev=nr
78  CRG C$TAF INIT bio_export = static, nlev  cph: set in dic_init_fixed.F (ALLOW_AUTODIFF)
79    C$TAF INIT bio_export = static, nr
80  C FORTRAN-77 dynamic memory uses adstore adresto  C FORTRAN-77 dynamic memory uses adstore adresto
81  CRG C$TAF INIT bio_export = memory  CRG C$TAF INIT bio_export = memory
 C FORTRAN-77 with know max of nlev  
 C$TAF INIT bio_export = static, 10  
82  #ifdef READ_PAR  #ifdef READ_PAR
83             lit=PAR(i,j,bi,bj)             lit=PAR(i,j,bi,bj)
84  #else  #elif (defined USE_QSW)
85  #ifdef USE_QSW             lit=-parfrac*Qsw(i,j,bi,bj)*maskC(i,j,1,bi,bj)
            lit=-0.4*Qsw(i,j,bi,bj)*maskC(i,j,1,bi,bj)  
86  #else  #else
87             lit=sfac(j)             lit=sfac(j)
88  #endif  #endif
89  #endif  
90               IF ( .NOT. QSW_underice ) THEN
91    c if using Qsw but not seaice/thsice or coupled, then
92    c ice fraction needs to be taken into account
93                  lit=lit*(1. _d 0 - FIce(i,j,bi,bj))
94               ENDIF
95    c
96             DO k=1,nlev             DO k=1,nlev
97  C$TAF STORE lit = bio_export  C$TAF STORE lit = bio_export
98               atten=(k0*drF(k)*hFacC(i,j,k,bi,bj)*.5)               atten=(k0*drF(k)*hFacC(i,j,k,bi,bj)*.5 _d 0)
99               if (k.gt.1) atten=atten+(k0*drF(k-1)               if (k.gt.1) atten=atten+(k0*drF(k-1)
100       &                         *hFacC(i,j,k-1,bi,bj)*.5)       &                         *hFacC(i,j,k-1,bi,bj)*.5 _d 0)
101               lit=lit*exp(-atten)*(1.d0-Fice(i,j,bi,bj))               lit=lit*exp(-atten)
102               if (lit.lt.0.d0.or.lit.gt.150) then               IF (lit.LT.0. _d 0.OR.lit.GT.350. _d 0) THEN
103                   print*,'QQ lit', lit                   print*,'QQ lit', lit
104               endif               ENDIF
105    
106    #ifdef DIC_NO_NEG
107                 tmppo4=max(0. _d 0, PTR_PO4(i,j,k))
108                 lit=max(0. _d 0,lit)
109    #else
110                 tmppo4=PTR_PO4(i,j,k)
111    #endif
112    
113  #ifdef ALLOW_FE  #ifdef ALLOW_FE
114    #ifdef DIC_NO_NEG
115                 tmpfe=max(0. _d 0,PTR_FE(i,j,k))
116    #else
117                 tmpfe=PTR_FE(i,j,k)
118    #endif
119  #ifdef AD_SAFE  #ifdef AD_SAFE
120               thx = PTR_PO4(i,j,k)/(PTR_PO4(i,j,k)+KPO4)               thx = tmppo4/(tmppo4+KPO4)
121               thy = PTR_FE(i,j,k)/(PTR_FE(i,j,k)+KFE)               thy = tmpfe/(tmpfe+KFE)
122               theps = 1.d-6  c            thx = PTR_PO4(i,j,k)/(PTR_PO4(i,j,k)+KPO4)
123               nutlimit= ( 1.d0 - tanh((thx-thy)/theps) ) * thx/2 +  c            thy = PTR_FE(i,j,k)/(PTR_FE(i,j,k)+KFE)
124       &                 ( 1.d0 + tanh((thx-thy)/theps) ) * thy/2               theps = 1. _d -6
125                 nutlimit= ( 1. _d 0 - tanh((thx-thy)/theps) ) * thx/2. _d 0
126         &                +( 1. _d 0 + tanh((thx-thy)/theps) ) * thy/2. _d 0
127  #else  #else
128               nutlimit=   min(PTR_PO4(i,j,k)/(PTR_PO4(i,j,k)+KPO4),               nutlimit=   min(tmppo4/(tmppo4+KPO4),
129       &                        PTR_FE(i,j,k)/(PTR_FE(i,j,k)+KFE) )       &                        tmpfe/(tmpfe+KFE) )
130  #endif  #endif
131  #else  #else
132               nutlimit=    PTR_PO4(i,j,k)/(PTR_PO4(i,j,k)+KPO4)               nutlimit=    tmppo4/(tmppo4+KPO4)
133  #endif  #endif
134    
135               bioac(i,j,k)=alpha(i,j,bi,bj)*               bioac(i,j,k)=alpha(i,j,bi,bj)*
Legend:
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changed lines
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