/[MITgcm]/MITgcm/pkg/diagnostics/diagnostics_out.F
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revision 1.36 by jmc, Tue Feb 5 20:19:18 2008 UTC revision 1.43 by jmc, Sun Jan 3 00:42:45 2010 UTC
# Line 38  C     myThid  :: my Thread Id number Line 38  C     myThid  :: my Thread Id number
38        INTEGER listId, myIter, myThid        INTEGER listId, myIter, myThid
39  CEOP  CEOP
40    
41    C     !FUNCTIONS:
42          INTEGER ILNBLNK
43          EXTERNAL ILNBLNK
44    #ifdef ALLOW_FIZHI
45          _RL   getcon
46          EXTERNAL getcon
47    #endif
48    
49  C     !LOCAL VARIABLES:  C     !LOCAL VARIABLES:
50  C     i,j,k :: loop indices  C     i,j,k :: loop indices
51  C     lm    :: loop index (averageCycle)  C     lm    :: loop index (averageCycle)
# Line 59  C              diagnostic storage qdiag Line 67  C              diagnostic storage qdiag
67        INTEGER md, ndId, ip, im        INTEGER md, ndId, ip, im
68        INTEGER mate, mVec        INTEGER mate, mVec
69        CHARACTER*10 gcode        CHARACTER*10 gcode
70        _RL undef, getcon        _RL undef
71        _RL tmpLev        _RL tmpLev
       EXTERNAL getcon  
       INTEGER ILNBLNK  
       EXTERNAL ILNBLNK  
72        INTEGER ilen        INTEGER ilen
73    
74        INTEGER ioUnit        INTEGER ioUnit
# Line 73  C              diagnostic storage qdiag Line 78  C              diagnostic storage qdiag
78        INTEGER prec, nRec        INTEGER prec, nRec
79  #ifdef ALLOW_MDSIO  #ifdef ALLOW_MDSIO
80        LOGICAL glf        LOGICAL glf
81          _RL timeRec(1)
82  #endif  #endif
83  #ifdef ALLOW_MNC  #ifdef ALLOW_MNC
84        INTEGER ii        INTEGER ll, llMx, jj, jjMx
85          INTEGER ii, klev
86        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) diag_mnc_bn        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) diag_mnc_bn
87        INTEGER CW_DIMS, NLEN        INTEGER CW_DIMS, NLEN
88        PARAMETER ( CW_DIMS = 10 )        PARAMETER ( CW_DIMS = 10 )
# Line 88  C              diagnostic storage qdiag Line 95  C              diagnostic storage qdiag
95        CHARACTER*(5) ctmp        CHARACTER*(5) ctmp
96        _RS ztmp(NrMax)        _RS ztmp(NrMax)
97  #endif  #endif
98          LOGICAL useMissingValue, useMisValForThisDiag
99          REAL*8 misvalLoc
100          REAL*8 misval_r8(2)
101          REAL*4 misval_r4(2)
102          INTEGER misvalIntLoc, misval_int(2)
103  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
104    
105  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|
106    
107        ioUnit= standardMessageUnit        ioUnit= standardMessageUnit
108          undef = UNSET_RL
109    #ifdef ALLOW_FIZHI
110    c     IF ( useFIZHI ) undef = getcon('UNDEF')
111        undef = getcon('UNDEF')        undef = getcon('UNDEF')
112    #endif
113        WRITE(suff,'(I10.10)') myIter        WRITE(suff,'(I10.10)') myIter
114        ilen = ILNBLNK(fnames(listId))        ilen = ILNBLNK(fnames(listId))
115        WRITE( fn, '(A,A,A)' ) fnames(listId)(1:ilen),'.',suff(1:10)        WRITE( fn, '(A,A,A)' ) fnames(listId)(1:ilen),'.',suff(1:10)
116    
117  #ifdef ALLOW_MNC  #ifdef ALLOW_MNC
118    C-- this is a trick to reverse the order of the loops on md (= field)
119    C   and lm (= averagePeriod): binary output: lm loop inside md loop ;
120    C                                 mnc ouput: md loop inside lm loop.
121        IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN        IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN
122          DO i = 1,MAX_LEN_FNAM          jjMx = averageCycle(listId)
123            diag_mnc_bn(i:i) = ' '          llMx = 1
124          ENDDO        ELSE
125          DO i = 1,NLEN          jjMx = 1
126            dn_blnk(i:i) = ' '          llMx = averageCycle(listId)
127          ENDDO        ENDIF
128          WRITE( diag_mnc_bn, '(A)' ) fnames(listId)(1:ilen)        DO jj=1,jjMx
129    
130           IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN
131    C     Handle missing value attribute (land points)
132             useMissingValue = .FALSE.
133    #ifdef DIAGNOSTICS_MISSING_VALUE
134             useMissingValue = .TRUE.
135    #endif /* DIAGNOSTICS_MISSING_VALUE */
136             IF ( misvalFlt(listId) .NE. UNSET_RL ) THEN
137              misvalLoc = misvalFlt(listId)
138             ELSE
139              misvalLoc = undef
140             ENDIF
141    C     Defaults to UNSET_I
142             misvalIntLoc = misvalInt(listId)
143             DO ii=1,2
144    C         misval_r4(ii)  = UNSET_FLOAT4
145    C         misval_r8(ii)  = UNSET_FLOAT8
146              misval_r4(ii)  = misvalLoc
147              misval_r8(ii)  = misvalLoc
148              misval_int(ii) = UNSET_I
149             ENDDO
150             DO i = 1,MAX_LEN_FNAM
151               diag_mnc_bn(i:i) = ' '
152             ENDDO
153             DO i = 1,NLEN
154               dn_blnk(i:i) = ' '
155             ENDDO
156             WRITE( diag_mnc_bn, '(A)' ) fnames(listId)(1:ilen)
157    
158  C       Update the record dimension by writing the iteration number  C       Update the record dimension by writing the iteration number
159          CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, -1, myThid)           klev = myIter + jj - jjMx
160          CALL MNC_CW_RL_W_S('D',diag_mnc_bn,0,0,'T',myTime,myThid)           tmpLev = myTime + deltaTClock*(jj -jjMx)
161          CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, 0, myThid)           CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, -1, myThid)
162          CALL MNC_CW_I_W_S('I',diag_mnc_bn,0,0,'iter',myIter,myThid)           CALL MNC_CW_RL_W_S('D',diag_mnc_bn,0,0,'T',tmpLev,myThid)
163             CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, 0, myThid)
164             CALL MNC_CW_I_W_S('I',diag_mnc_bn,0,0,'iter',klev,myThid)
165    
166  C       NOTE: at some point it would be a good idea to add a time_bounds  C       NOTE: at some point it would be a good idea to add a time_bounds
167  C       variable that has dimension (2,T) and clearly denotes the  C       variable that has dimension (2,T) and clearly denotes the
168  C       beginning and ending times for each diagnostics period  C       beginning and ending times for each diagnostics period
169    
170          dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)           dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)
171          WRITE(dn(1),'(a,i6.6)') 'Zmd', nlevels(listId)           WRITE(dn(1),'(a,i6.6)') 'Zmd', nlevels(listId)
172          dim(1) = nlevels(listId)           dim(1) = nlevels(listId)
173          ib(1)  = 1           ib(1)  = 1
174          ie(1)  = nlevels(listId)           ie(1)  = nlevels(listId)
175    
176          CALL MNC_CW_ADD_GNAME('diag_levels', 1,           CALL MNC_CW_ADD_GNAME('diag_levels', 1,
177       &       dim, dn, ib, ie, myThid)       &        dim, dn, ib, ie, myThid)
178          CALL MNC_CW_ADD_VNAME('diag_levels', 'diag_levels',           CALL MNC_CW_ADD_VNAME('diag_levels', 'diag_levels',
179       &       0,0, myThid)       &        0,0, myThid)
180          CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT('diag_levels','description',           CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT('diag_levels','description',
181       &       'Idicies of vertical levels within the source arrays',       &        'Idicies of vertical levels within the source arrays',
182       &       myThid)       &        myThid)
183    C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
184             IF (useMissingValue)
185         &       CALL MNC_CW_VATTR_MISSING('diag_levels', 0,
186         I       misval_r8, misval_r4, misval_int,
187         I       myThid )
188    
189          CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,           CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,
190       &       'diag_levels', levs(1,listId), myThid)       &        'diag_levels', levs(1,listId), myThid)
191    
192          CALL MNC_CW_DEL_VNAME('diag_levels', myThid)           CALL MNC_CW_DEL_VNAME('diag_levels', myThid)
193          CALL MNC_CW_DEL_GNAME('diag_levels', myThid)           CALL MNC_CW_DEL_GNAME('diag_levels', myThid)
194    
195  #ifdef DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  #ifdef DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK
196  C       This part has been placed in an #ifdef because, as its currently  C       This part has been placed in an #ifdef because, as its currently
# Line 152  C       as: Z[uml]td000000 where the 't' Line 206  C       as: Z[uml]td000000 where the 't'
206  C       gdiag(10)  C       gdiag(10)
207    
208  C       Now define:  Zmdxxxxxx, Zudxxxxxx, Zldxxxxxx  C       Now define:  Zmdxxxxxx, Zudxxxxxx, Zldxxxxxx
209          ctmp(1:5) = 'mul  '           ctmp(1:5) = 'mul  '
210          DO i = 1,3           DO i = 1,3
211            dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)             dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)
212            WRITE(dn(1),'(3a,i6.6)') 'Z',ctmp(i:i),'d',nlevels(listId)             WRITE(dn(1),'(3a,i6.6)') 'Z',ctmp(i:i),'d',nlevels(listId)
213            CALL MNC_CW_ADD_GNAME(dn(1), 1, dim, dn, ib, ie, myThid)             CALL MNC_CW_ADD_GNAME(dn(1), 1, dim, dn, ib, ie, myThid)
214            CALL MNC_CW_ADD_VNAME(dn(1), dn(1), 0,0, myThid)             CALL MNC_CW_ADD_VNAME(dn(1), dn(1), 0,0, myThid)
215    
216  C         The following three ztmp() loops should eventually be modified  C         The following three ztmp() loops should eventually be modified
217  C         to reflect the fractional nature of levs(j,l) -- they should  C         to reflect the fractional nature of levs(j,l) -- they should
# Line 167  C                      + ( rC(INT(FLOOR( Line 221  C                      + ( rC(INT(FLOOR(
221  C                          + rC(INT(CEIL(levs(j,l)))) )  C                          + rC(INT(CEIL(levs(j,l)))) )
222  C                        / ( levs(j,l) - FLOOR(levs(j,l)) )  C                        / ( levs(j,l) - FLOOR(levs(j,l)) )
223  C         for averaged levels.  C         for averaged levels.
224            IF (i .EQ. 1) THEN             IF (i .EQ. 1) THEN
225              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
226                ztmp(j) = rC(NINT(levs(j,listId)))                 ztmp(j) = rC(NINT(levs(j,listId)))
227              ENDDO               ENDDO
228              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
229       &           'Dimensional coordinate value at the mid point',       &            'Dimensional coordinate value at the mid point',
230       &           myThid)       &            myThid)
231            ELSEIF (i .EQ. 2) THEN             ELSEIF (i .EQ. 2) THEN
232              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
233                ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)) + 1)                 ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)) + 1)
234              ENDDO               ENDDO
235              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
236       &           'Dimensional coordinate value at the upper point',       &            'Dimensional coordinate value at the upper point',
237       &           myThid)       &            myThid)
238            ELSEIF (i .EQ. 3) THEN             ELSEIF (i .EQ. 3) THEN
239              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
240                ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)))                 ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)))
241              ENDDO               ENDDO
242              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
243       &           'Dimensional coordinate value at the lower point',       &            'Dimensional coordinate value at the lower point',
244       &           myThid)       &            myThid)
245            ENDIF             ENDIF
246            CALL MNC_CW_RS_W('D',diag_mnc_bn,0,0, dn(1), ztmp, myThid)  C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
247            CALL MNC_CW_DEL_VNAME(dn(1), myThid)             IF (useMissingValue)
248            CALL MNC_CW_DEL_GNAME(dn(1), myThid)       &          CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(dn(1), 0,
249          ENDDO       I          misval_r8, misval_r4, misval_int,
250         I          myThid )
251               CALL MNC_CW_RS_W('D',diag_mnc_bn,0,0, dn(1), ztmp, myThid)
252               CALL MNC_CW_DEL_VNAME(dn(1), myThid)
253               CALL MNC_CW_DEL_GNAME(dn(1), myThid)
254             ENDDO
255  #endif /*  DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  */  #endif /*  DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  */
256    
257        ENDIF         ENDIF
258  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
259    
260  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|
261    
262        DO md = 1,nfields(listId)         DO md = 1,nfields(listId)
263          ndId = jdiag(md,listId)          ndId = jdiag(md,listId)
264          gcode = gdiag(ndId)(1:10)          gcode = gdiag(ndId)(1:10)
265          mate = 0          mate = 0
# Line 214  C-      Check for Mate of a Vector Diagn Line 273  C-      Check for Mate of a Vector Diagn
273          ENDIF          ENDIF
274          IF ( idiag(md,listId).NE.0 .AND. gcode(5:5).NE.'D' ) THEN          IF ( idiag(md,listId).NE.0 .AND. gcode(5:5).NE.'D' ) THEN
275  C--     Start processing 1 Fld :  C--     Start processing 1 Fld :
276    #ifdef ALLOW_MNC
277             DO ll=1,llMx
278              lm = jj+ll-1
279    #else
280           DO lm=1,averageCycle(listId)           DO lm=1,averageCycle(listId)
281    #endif
282    
283            ip = ABS(idiag(md,listId)) + kdiag(ndId)*(lm-1)            ip = ABS(idiag(md,listId)) + kdiag(ndId)*(lm-1)
284            im = mdiag(md,listId)            im = mdiag(md,listId)
# Line 433  C           Time dimension Line 497  C           Time dimension
497              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'units',              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'units',
498       &             udiag(ndId),myThid)       &             udiag(ndId),myThid)
499    
500  C           Per the observations of Baylor, this has been commented out  C     Missing values only for scalar diagnostics at mass points (so far)
501  C           until we have code that can write missing_value attributes              useMisValForThisDiag = useMissingValue
502  C           in a way thats compatible with most of the more popular       &           .AND.gdiag(ndId)(1:2).EQ.'SM'
503  C           netCDF tools including ferret.  Using all-zeros completely              IF ( useMisValForThisDiag ) THEN
504  C           breaks ferret.  C     assign missing values and set flag for adding the netCDF atttibute
505                 CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(cdiag(ndId), 2,
506  C           CALL MNC_CW_ADD_VATTR_DBL(cdiag(ndId),'missing_value',       I            misval_r8, misval_r4, misval_int,
507  C           &             0.0 _d 0,myThid)       I            myThid )
508    C     and now use the missing values for masking out the land points
509              IF ( ( (writeBinaryPrec .EQ. precFloat32)               DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
510       &           .AND. (fflags(listId)(1:1) .NE. 'D')                DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)
511       &           .AND. (fflags(listId)(1:1) .NE. 'R') )                 DO k = 1,nlevels(listId)
512       &           .OR. (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'R')) THEN                  klev = NINT(levs(k,listId))
513                    DO j = 1-OLy,sNy+OLy
514                     DO i = 1-OLx,sNx+OLx
515                      IF ( maskC(i,j,klev,bi,bj) .EQ. 0. )
516         &                 qtmp1(i,j,k,bi,bj) = misvalLoc
517                     ENDDO
518                    ENDDO
519                   ENDDO
520                  ENDDO
521                 ENDDO
522                ELSE
523    C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
524    C     Note: We have to call the following subroutine for each mnc that has
525    C     been created "on the fly" by mnc_cw_add_vname and will be deleted
526    C     by mnc_cw_del_vname, because all of these variables use the same
527    C     identifier so that mnc_cw_vfmv(indv) needs to be overwritten for
528    C     each of these variables
529                 CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(cdiag(ndId), 0,
530         I            misval_r8, misval_r4, misval_int,
531         I            myThid )
532                ENDIF
533    
534                IF (  ((writeBinaryPrec .EQ. precFloat32)
535         &            .AND. (fflags(listId)(1:1) .NE. 'D'))
536         &             .OR. (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'R') ) THEN
537                CALL MNC_CW_RL_W('R',diag_mnc_bn,0,0,                CALL MNC_CW_RL_W('R',diag_mnc_bn,0,0,
538       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)
539              ELSEIF ( (writeBinaryPrec .EQ. precFloat64)              ELSEIF ( (writeBinaryPrec .EQ. precFloat64)
# Line 462  C           &             0.0 _d 0,myThi Line 550  C           &             0.0 _d 0,myThi
550            ENDIF            ENDIF
551  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
552    
553    C--      end loop on lm (or ll if ALLOW_MNC) counter
554           ENDDO           ENDDO
555  C--     end of Processing Fld # md  C--     end of Processing Fld # md
556          ENDIF          ENDIF
557           ENDDO
558    
559    #ifdef ALLOW_MNC
560    C--   end loop on jj counter
561        ENDDO        ENDDO
562    #endif
563    
564  #ifdef ALLOW_MDSIO  #ifdef ALLOW_MDSIO
565        IF (diag_mdsio) THEN        IF (diag_mdsio) THEN
# Line 474  C     all MDSIO S/R, uses instead this s Line 568  C     all MDSIO S/R, uses instead this s
568  C     meta files but with more informations in it.  C     meta files but with more informations in it.
569              glf = globalFiles              glf = globalFiles
570              nRec = nfields(listId)*averageCycle(listId)              nRec = nfields(listId)*averageCycle(listId)
571                timeRec(1) = myTime
572              CALL MDS_WR_METAFILES(fn, prec, glf, .FALSE.,              CALL MDS_WR_METAFILES(fn, prec, glf, .FALSE.,
573       &              0, 0, nlevels(listId), ' ',       &              0, 0, nlevels(listId), ' ',
574       &              nfields(listId), flds(1,listId), 1, myTime,       &              nfields(listId), flds(1,listId), 1, timeRec,
575       &              nRec, myIter, myThid)       &              nRec, myIter, myThid)
576        ENDIF        ENDIF
577  #endif /*  ALLOW_MDSIO  */  #endif /*  ALLOW_MDSIO  */
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