/[MITgcm]/MITgcm/pkg/diagnostics/diagnostics_out.F
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revision 1.17 by molod, Tue Jul 12 20:25:45 2005 UTC revision 1.46 by jmc, Fri Jan 8 19:19:44 2010 UTC
# Line 26  C     !USES: Line 26  C     !USES:
26  #include "DIAGNOSTICS_SIZE.h"  #include "DIAGNOSTICS_SIZE.h"
27  #include "DIAGNOSTICS.h"  #include "DIAGNOSTICS.h"
28    
29  #ifdef ALLOW_FIZHI        INTEGER NrMax
30  #include "fizhi_SIZE.h"        PARAMETER( NrMax = numLevels )
 #else  
       INTEGER Nrphys  
       PARAMETER (Nrphys=0)  
 #endif  
   
31    
32  C     !INPUT PARAMETERS:  C     !INPUT PARAMETERS:
33  C     listId  :: Diagnostics list number being written  C     listId  :: Diagnostics list number being written
# Line 43  C     myThid  :: my Thread Id number Line 38  C     myThid  :: my Thread Id number
38        INTEGER listId, myIter, myThid        INTEGER listId, myIter, myThid
39  CEOP  CEOP
40    
41    C     !FUNCTIONS:
42          INTEGER ILNBLNK
43          EXTERNAL ILNBLNK
44    #ifdef ALLOW_FIZHI
45          _RL   getcon
46          EXTERNAL getcon
47    #endif
48    
49  C     !LOCAL VARIABLES:  C     !LOCAL VARIABLES:
50  C     i,j,k :: loop indices  C     i,j,k :: loop indices
51    C     lm    :: loop index (averageCycle)
52  C     md    :: field number in the list "listId".  C     md    :: field number in the list "listId".
53  C     ndId  :: diagnostics  Id number (in available diagnostics list)  C     ndId  :: diagnostics  Id number (in available diagnostics list)
54  C     mate  :: counter mate Id number (in available diagnostics list)  C     mate  :: counter mate Id number (in available diagnostics list)
55  C     ip    :: diagnostics  pointer to storage array  C     ip    :: diagnostics  pointer to storage array
56  C     im    :: counter-mate pointer to storage array  C     im    :: counter-mate pointer to storage array
57        INTEGER i, j, k  C
58    C--   COMMON /LOCAL_DIAGNOSTICS_OUT/ local common block (for multi-threaded)
59    C     qtmp1 :: thread-shared temporary array (needs to be in common block):
60    C              to write a diagnostic field to file, copy it first from (big)
61    C              diagnostic storage qdiag into it.
62          COMMON /LOCAL_DIAGNOSTICS_OUT/ qtmp1
63          _RL qtmp1(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,NrMax,nSx,nSy)
64    
65          INTEGER i, j, k, lm
66        INTEGER bi, bj        INTEGER bi, bj
67        INTEGER md, ndId, ip, im        INTEGER md, ndId, ip, im
68        INTEGER mate, mVec        INTEGER mate, mVec
69        CHARACTER*8 parms1        CHARACTER*10 gcode
70        CHARACTER*3 mate_index        _RL undef
71        _RL qtmp1(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr+Nrphys,nSx,nSy)        _RL tmpLev
       _RL qtmpsrf(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,nSx,nSy)  
       _RL qtmp2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr+Nrphys,nSx,nSy)  
       _RL undef, getcon  
       EXTERNAL getcon  
       INTEGER ILNBLNK  
       EXTERNAL ILNBLNK  
72        INTEGER ilen        INTEGER ilen
       integer nlevsout,nplevs  
       parameter(nplevs = 16)  
       _RL plevs1(nplevs)  
       data plevs1/ 1000.0 _d 2, 925.0 _d 2, 850.0 _d 2, 700.0 _d 2,  
      .              600.0 _d 2, 500.0 _d 2, 400.0 _d 2, 300.0 _d 2,  
      .              250.0 _d 2, 200.0 _d 2, 150.0 _d 2, 100.0 _d 2,  
      .               70.0 _d 2,  50.0 _d 2,  30.0 _d 2,  20.0 _d 2/  
       _RL plevs2(nplevs)  
       data plevs2/ 1000.0 _d 2, 950.0 _d 2, 900.0 _d 2, 850.0 _d 2,  
      .              800.0 _d 2, 750.0 _d 2, 700.0 _d 2, 600.0 _d 2,  
      .              500.0 _d 2, 400.0 _d 2, 300.0 _d 2, 250.0 _d 2,  
      .              200.0 _d 2, 150.0 _d 2, 100.0 _d 2,  50.0 _d 2/  
       _RL qprs(sNx,sNy,nplevs)  
       _RL qinp(sNx,sNy,Nr+Nrphys)  
       _RL pkz(sNx,sNy,Nr+Nrphys)  
       _RL pksrf(sNx,sNy)  
       _RL p  
       INTEGER jpoint1,ipoint1  
       INTEGER jpoint2,ipoint2  
       _RL kappa  
       logical foundp  
       data foundp /.false./  
73    
74        INTEGER ioUnit        INTEGER ioUnit
75        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) fn        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) fn
76        CHARACTER*(MAX_LEN_MBUF) suff        CHARACTER*(MAX_LEN_MBUF) suff
77        CHARACTER*(MAX_LEN_MBUF) msgBuf        CHARACTER*(MAX_LEN_MBUF) msgBuf
78          INTEGER prec, nRec, nTimRec
79          _RL     timeRec(2)
80    #ifdef ALLOW_MDSIO
81        LOGICAL glf        LOGICAL glf
82    #endif
83  #ifdef ALLOW_MNC  #ifdef ALLOW_MNC
84        INTEGER ii        INTEGER ll, llMx, jj, jjMx
85          INTEGER ii, klev
86        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) diag_mnc_bn        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) diag_mnc_bn
       CHARACTER*(5) ctmp  
87        INTEGER CW_DIMS, NLEN        INTEGER CW_DIMS, NLEN
88        PARAMETER ( CW_DIMS = 10 )        PARAMETER ( CW_DIMS = 10 )
89        PARAMETER ( NLEN    = 80 )        PARAMETER ( NLEN    = 80 )
# Line 103  C     im    :: counter-mate pointer to s Line 91  C     im    :: counter-mate pointer to s
91        CHARACTER*(NLEN) dn(CW_DIMS)        CHARACTER*(NLEN) dn(CW_DIMS)
92        CHARACTER*(NLEN) d_cw_name        CHARACTER*(NLEN) d_cw_name
93        CHARACTER*(NLEN) dn_blnk        CHARACTER*(NLEN) dn_blnk
94        _RS ztmp(Nr+Nrphys)  #ifdef DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK
95          CHARACTER*(5) ctmp
96          _RS ztmp(NrMax)
97    #endif
98          LOGICAL useMissingValue, useMisValForThisDiag
99          REAL*8 misvalLoc
100          REAL*8 misval_r8(2)
101          REAL*4 misval_r4(2)
102          INTEGER misvalIntLoc, misval_int(2)
103  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
104    
105  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|
106    
107    C---  set file properties
108        ioUnit= standardMessageUnit        ioUnit= standardMessageUnit
109          undef = UNSET_RL
110    #ifdef ALLOW_FIZHI
111    c     IF ( useFIZHI ) undef = getcon('UNDEF')
112        undef = getcon('UNDEF')        undef = getcon('UNDEF')
113        kappa = getcon('KAPPA')  #endif
       glf = globalFiles  
114        WRITE(suff,'(I10.10)') myIter        WRITE(suff,'(I10.10)') myIter
115        ilen = ILNBLNK(fnames(listId))        ilen = ILNBLNK(fnames(listId))
116        WRITE( fn, '(A,A,A)' ) fnames(listId)(1:ilen),'.',suff(1:10)        WRITE( fn, '(A,A,A)' ) fnames(listId)(1:ilen),'.',suff(1:10)
117    
118  C Initialize the qtmp1 array to all undefs -- need this for unfilled levels  C--   Set time information:
119        DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)        IF ( freq(listId).LT.0. ) THEN
120          DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  C-    Snap-shot: store a unique time (which is consistent with State-Var timing)
121            DO k = 1,nlevels(listId)          nTimRec = 1
122              DO j = 1-OLy,sNy+OLy          timeRec(1) = myTime
123                DO i = 1-OLx,sNx+OLx        ELSE
124                  qtmp1(i,j,k,bi,bj) = undef  C-    Time-average: store the 2 edges of the time-averaging interval.
125                ENDDO  C      this time is consitent with intermediate Var (i.e., non-state, e.g, flux,
126              ENDDO  C      tendencies) timing. For State-Var, this is shifted by + halt time-step.
127            ENDDO          nTimRec = 2
128          ENDDO  
129        ENDDO  C-    end of time-averaging interval:
130            timeRec(2) = myTime
131    
132    C-    begining of time-averaging interval:
133    c       timeRec(1) = myTime - freq(listId)
134    C     a) find the time of the previous multiple of output freq:
135            timeRec(1) = myTime-deltaTClock*0.5 _d 0
136            timeRec(1) = (timeRec(1)-phase(listId))/freq(listId)
137            i = INT( timeRec(1) )
138            IF ( timeRec(1).LT.0. ) THEN
139              tmpLev = FLOAT(i)
140              IF ( timeRec(1).NE.tmpLev ) i = i - 1
141            ENDIF
142            timeRec(1) = phase(listId) + freq(listId)*FLOAT(i)
143    c       if ( listId.eq.2 ) write(0,*) 'f',i,timeRec(1)/deltaTClock
144            timeRec(1) = MAX( timeRec(1), startTime )
145    
146    C     b) round off to nearest multiple of time-step:
147            timeRec(1) = (timeRec(1)-baseTime)/deltaTClock
148            i = NINT( timeRec(1) )
149    C     if just half way, NINT will return the next time-step: correct this
150            tmpLev = FLOAT(i) - 0.5 _d 0
151            IF ( timeRec(1).EQ.tmpLev ) i = i - 1
152            timeRec(1) = baseTime + deltaTClock*FLOAT(i)
153    c       if ( listId.eq.2 ) write(0,*) i,timeRec(1)/deltaTClock
154          ENDIF
155    C--   Convert time to iteration number (debug)
156    c     DO i=1,nTimRec
157    c       timeRec(i) = timeRec(i)/deltaTClock
158    c     ENDDO
159    
160  #ifdef ALLOW_MNC  #ifdef ALLOW_MNC
161    C-- this is a trick to reverse the order of the loops on md (= field)
162    C   and lm (= averagePeriod): binary output: lm loop inside md loop ;
163    C                                 mnc ouput: md loop inside lm loop.
164        IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN        IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN
165          DO i = 1,MAX_LEN_FNAM          jjMx = averageCycle(listId)
166            diag_mnc_bn(i:i) = ' '          llMx = 1
167          ENDDO        ELSE
168          DO i = 1,NLEN          jjMx = 1
169            dn_blnk(i:i) = ' '          llMx = averageCycle(listId)
170          ENDDO        ENDIF
171          WRITE( diag_mnc_bn, '(A)' ) fnames(listId)(1:ilen)        DO jj=1,jjMx
172    
173           IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN
174    C     Handle missing value attribute (land points)
175             useMissingValue = .FALSE.
176    #ifdef DIAGNOSTICS_MISSING_VALUE
177             useMissingValue = .TRUE.
178    #endif /* DIAGNOSTICS_MISSING_VALUE */
179             IF ( misvalFlt(listId) .NE. UNSET_RL ) THEN
180              misvalLoc = misvalFlt(listId)
181             ELSE
182              misvalLoc = undef
183             ENDIF
184    C     Defaults to UNSET_I
185             misvalIntLoc = misvalInt(listId)
186             DO ii=1,2
187    C         misval_r4(ii)  = UNSET_FLOAT4
188    C         misval_r8(ii)  = UNSET_FLOAT8
189              misval_r4(ii)  = misvalLoc
190              misval_r8(ii)  = misvalLoc
191              misval_int(ii) = UNSET_I
192             ENDDO
193             DO i = 1,MAX_LEN_FNAM
194               diag_mnc_bn(i:i) = ' '
195             ENDDO
196             DO i = 1,NLEN
197               dn_blnk(i:i) = ' '
198             ENDDO
199             WRITE( diag_mnc_bn, '(A)' ) fnames(listId)(1:ilen)
200    
201  C       Update the record dimension by writing the iteration number  C       Update the record dimension by writing the iteration number
202          CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, -1, myThid)           klev = myIter + jj - jjMx
203          CALL MNC_CW_RL_W_S('D',diag_mnc_bn,0,0,'T',myTime,myThid)           tmpLev = myTime + deltaTClock*(jj -jjMx)
204          CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, 0, myThid)           CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, -1, myThid)
205             CALL MNC_CW_RL_W_S('D',diag_mnc_bn,0,0,'T',tmpLev,myThid)
206          dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)           CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, 0, myThid)
207          WRITE(dn(1),'(a,i6.6)') 'Zmd', nlevels(listId)           CALL MNC_CW_I_W_S('I',diag_mnc_bn,0,0,'iter',klev,myThid)
208          dim(1) = nlevels(listId)  
209          ib(1)  = 1  C       NOTE: at some point it would be a good idea to add a time_bounds
210          ie(1)  = nlevels(listId)  C       variable that has dimension (2,T) and clearly denotes the
211    C       beginning and ending times for each diagnostics period
212          CALL MNC_CW_ADD_GNAME('diag_levels', 1,  
213       &       dim, dn, ib, ie, myThid)           dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)
214          CALL MNC_CW_ADD_VNAME('diag_levels', 'diag_levels',           WRITE(dn(1),'(a,i6.6)') 'Zmd', nlevels(listId)
215       &       0,0, myThid)           dim(1) = nlevels(listId)
216          CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT('diag_levels','description',           ib(1)  = 1
217       &       'Idicies of vertical levels within the source arrays',           ie(1)  = nlevels(listId)
218       &       myThid)  
219                     CALL MNC_CW_ADD_GNAME('diag_levels', 1,
220          CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,       &        dim, dn, ib, ie, myThid)
221       &       'diag_levels', levs(1,listId), myThid)           CALL MNC_CW_ADD_VNAME('diag_levels', 'diag_levels',
222         &        0,0, myThid)
223             CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT('diag_levels','description',
224         &        'Idicies of vertical levels within the source arrays',
225         &        myThid)
226    C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
227             IF (useMissingValue)
228         &       CALL MNC_CW_VATTR_MISSING('diag_levels', 0,
229         I       misval_r8, misval_r4, misval_int,
230         I       myThid )
231    
232             CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,
233         &        'diag_levels', levs(1,listId), myThid)
234    
235          CALL MNC_CW_DEL_VNAME('diag_levels', myThid)           CALL MNC_CW_DEL_VNAME('diag_levels', myThid)
236          CALL MNC_CW_DEL_GNAME('diag_levels', myThid)           CALL MNC_CW_DEL_GNAME('diag_levels', myThid)
237    
238  #ifdef DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  #ifdef DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK
239  C       This part has been placed in an #ifdef because, as its currently  C       This part has been placed in an #ifdef because, as its currently
# Line 171  C       grid.  As we start using diagnos Line 242  C       grid.  As we start using diagnos
242  C       levels, land levels, etc. the different vertical coordinate  C       levels, land levels, etc. the different vertical coordinate
243  C       dimensions will have to be taken into account.  C       dimensions will have to be taken into account.
244    
245    C       20051021 JMC & EH3 : We need to extend this so that a few
246    C       variables each defined on different grids do not have the same
247    C       vertical dimension names so we should be using a pattern such
248    C       as: Z[uml]td000000 where the 't' is the type as specified by
249    C       gdiag(10)
250    
251  C       Now define:  Zmdxxxxxx, Zudxxxxxx, Zldxxxxxx  C       Now define:  Zmdxxxxxx, Zudxxxxxx, Zldxxxxxx
252          ctmp(1:5) = 'mul  '           ctmp(1:5) = 'mul  '
253          DO i = 1,3           DO i = 1,3
254            dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)             dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)
255            WRITE(dn(1),'(3a,i6.6)') 'Z',ctmp(i:i),'d',nlevels(listId)             WRITE(dn(1),'(3a,i6.6)') 'Z',ctmp(i:i),'d',nlevels(listId)
256            CALL MNC_CW_ADD_GNAME(dn(1), 1, dim, dn, ib, ie, myThid)             CALL MNC_CW_ADD_GNAME(dn(1), 1, dim, dn, ib, ie, myThid)
257            CALL MNC_CW_ADD_VNAME(dn(1), dn(1), 0,0, myThid)             CALL MNC_CW_ADD_VNAME(dn(1), dn(1), 0,0, myThid)
258    
259  C         The following three ztmp() loops should eventually be modified  C         The following three ztmp() loops should eventually be modified
260  C         to reflect the fractional nature of levs(j,l) -- they should  C         to reflect the fractional nature of levs(j,l) -- they should
261  C         do something like:  C         do something like:
262  C            ztmp(j) = rC(INT(FLOOR(levs(j,l))))  C            ztmp(j) = rC(INT(FLOOR(levs(j,l))))
263  C                      + ( rC(INT(FLOOR(levs(j,l))))  C                      + ( rC(INT(FLOOR(levs(j,l))))
264  C                          + rC(INT(CEIL(levs(j,l)))) )  C                          + rC(INT(CEIL(levs(j,l)))) )
265  C                        / ( levs(j,l) - FLOOR(levs(j,l)) )  C                        / ( levs(j,l) - FLOOR(levs(j,l)) )
266  C         for averaged levels.  C         for averaged levels.
267            IF (i .EQ. 1) THEN             IF (i .EQ. 1) THEN
268              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
269                ztmp(j) = rC(NINT(levs(j,listId)))                 ztmp(j) = rC(NINT(levs(j,listId)))
270              ENDDO               ENDDO
271              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
272       &           'Dimensional coordinate value at the mid point',       &            'Dimensional coordinate value at the mid point',
273       &           myThid)       &            myThid)
274            ELSEIF (i .EQ. 2) THEN             ELSEIF (i .EQ. 2) THEN
275              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
276                ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)) + 1)                 ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)) + 1)
277              ENDDO               ENDDO
278              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
279       &           'Dimensional coordinate value at the upper point',       &            'Dimensional coordinate value at the upper point',
280       &           myThid)       &            myThid)
281            ELSEIF (i .EQ. 3) THEN             ELSEIF (i .EQ. 3) THEN
282              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
283                ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)))                 ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)))
284              ENDDO               ENDDO
285              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
286       &           'Dimensional coordinate value at the lower point',       &            'Dimensional coordinate value at the lower point',
287       &           myThid)       &            myThid)
288            ENDIF             ENDIF
289            CALL MNC_CW_RS_W('D',diag_mnc_bn,0,0, dn(1), ztmp, myThid)  C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
290            CALL MNC_CW_DEL_VNAME(dn(1), myThid)             IF (useMissingValue)
291            CALL MNC_CW_DEL_GNAME(dn(1), myThid)       &          CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(dn(1), 0,
292          ENDDO       I          misval_r8, misval_r4, misval_int,
293         I          myThid )
294               CALL MNC_CW_RS_W('D',diag_mnc_bn,0,0, dn(1), ztmp, myThid)
295               CALL MNC_CW_DEL_VNAME(dn(1), myThid)
296               CALL MNC_CW_DEL_GNAME(dn(1), myThid)
297             ENDDO
298  #endif /*  DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  */  #endif /*  DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  */
299    
300        ENDIF         ENDIF
301  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
302    
303        DO md = 1,nfields(listId)  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|
304    
305           DO md = 1,nfields(listId)
306          ndId = jdiag(md,listId)          ndId = jdiag(md,listId)
307          parms1 = gdiag(ndId)(1:8)          gcode = gdiag(ndId)(1:10)
308          IF ( idiag(md,listId).NE.0 .AND. parms1(5:5).NE.'D' ) THEN          mate = 0
309            mVec = 0
310            IF ( gcode(5:5).EQ.'C' ) THEN
311    C-      Check for Mate of a Counter Diagnostic
312               mate = hdiag(ndId)
313            ELSEIF ( gcode(1:1).EQ.'U' .OR. gcode(1:1).EQ.'V' ) THEN
314    C-      Check for Mate of a Vector Diagnostic
315               mVec = hdiag(ndId)
316            ENDIF
317            IF ( idiag(md,listId).NE.0 .AND. gcode(5:5).NE.'D' ) THEN
318  C--     Start processing 1 Fld :  C--     Start processing 1 Fld :
319    #ifdef ALLOW_MNC
320             DO ll=1,llMx
321              lm = jj+ll-1
322    #else
323             DO lm=1,averageCycle(listId)
324    #endif
325    
326            ip = ABS(idiag(md,listId))            ip = ABS(idiag(md,listId)) + kdiag(ndId)*(lm-1)
327            im = mdiag(md,listId)            im = mdiag(md,listId)
328              IF (mate.GT.0) im = im + kdiag(mate)*(lm-1)
329              IF (mVec.GT.0) im = im + kdiag(mVec)*(lm-1)
330    
331            IF ( ndiag(ip,1,1).EQ.0 ) THEN            IF ( ndiag(ip,1,1).EQ.0 ) THEN
332  C-        Empty diagnostics case :  C-        Empty diagnostics case :
333    
# Line 234  C-        Empty diagnostics case : Line 336  C-        Empty diagnostics case :
336       &        '- WARNING - from DIAGNOSTICS_OUT at iter=', myIter       &        '- WARNING - from DIAGNOSTICS_OUT at iter=', myIter
337              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,
338       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)
339              WRITE(msgBuf,'(A,I4,3A,I3,2A)')              WRITE(msgBuf,'(A,I6,3A,I4,2A)')
340       &       '- WARNING -   diag.#',ndId, ' : ',flds(md,listId),       &       '- WARNING -   diag.#',ndId, ' : ',flds(md,listId),
341       &       ' (#',md,' ) in outp.Stream: ',fnames(listId)       &       ' (#',md,' ) in outp.Stream: ',fnames(listId)
342              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,
343       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)
344              WRITE(msgBuf,'(A,I2,A)')              IF ( averageCycle(listId).GT.1 ) THEN
345       &       '- WARNING -   has not been filled (ndiag=',               WRITE(msgBuf,'(A,2(I3,A))')
346       &       ndiag(ip,1,1), ' )'       &        '- WARNING -   has not been filled (ndiag(lm=',lm,')=',
347         &                                            ndiag(ip,1,1), ' )'
348                ELSE
349                 WRITE(msgBuf,'(A,2(I3,A))')
350         &        '- WARNING -   has not been filled (ndiag=',
351         &                                            ndiag(ip,1,1), ' )'
352                ENDIF
353              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,
354       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)
355              WRITE(msgBuf,'(A)')              WRITE(msgBuf,'(A)')
# Line 264  C-        Empty diagnostics case : Line 372  C-        Empty diagnostics case :
372            ELSE            ELSE
373  C-        diagnostics is not empty :  C-        diagnostics is not empty :
374    
375              IF ( myThid.EQ.1 ) WRITE(ioUnit,'(A,I3,3A,I8,2A)')              IF ( debugLevel.GE.debLevA .AND. myThid.EQ.1 ) THEN
376                  WRITE(ioUnit,'(A,I6,3A,I8,2A)')
377       &         ' Computing Diagnostic # ', ndId, '  ', cdiag(ndId),       &         ' Computing Diagnostic # ', ndId, '  ', cdiag(ndId),
378       &         '     Counter:',ndiag(ip,1,1),'   Parms: ',gdiag(ndId)       &         '     Counter:',ndiag(ip,1,1),'   Parms: ',gdiag(ndId)
379                  IF ( mate.GT.0 ) THEN
380              IF ( parms1(5:5).EQ.'C' ) THEN                 WRITE(ioUnit,'(3A,I6,2A)')
 C             Check for Mate of a Counter Diagnostic  
 C             --------------------------------------  
               mate_index = parms1(6:8)  
               READ (mate_index,'(I3)') mate  
               IF ( myThid.EQ.1 ) WRITE(ioUnit,'(3A,I3,2A)')  
381       &         '       use Counter Mate for  ', cdiag(ndId),       &         '       use Counter Mate for  ', cdiag(ndId),
382       &         '     Diagnostic # ',mate, '  ', cdiag(mate)       &         '     Diagnostic # ',mate, '  ', cdiag(mate)
383                  ELSEIF ( mVec.GT.0 ) THEN
             ELSE  
               mate = 0  
   
 C             Check for Mate of a Vector Diagnostic  
 C             -------------------------------------  
               IF ( parms1(1:1).EQ.'U' .OR. parms1(1:1).EQ.'V' ) THEN  
                 mate_index = parms1(6:8)  
                 READ (mate_index,'(I3)') mVec  
384                  IF ( im.GT.0 .AND. ndiag(MAX(1,im),1,1).GT.0 ) THEN                  IF ( im.GT.0 .AND. ndiag(MAX(1,im),1,1).GT.0 ) THEN
385                   IF ( myThid.EQ.1 ) WRITE(ioUnit,'(3A,I3,3A)')                   WRITE(ioUnit,'(3A,I6,3A)')
386       &             '           Vector  Mate for  ', cdiag(ndId),       &             '           Vector  Mate for  ', cdiag(ndId),
387       &             '     Diagnostic # ',mVec, '  ', cdiag(mVec),       &             '     Diagnostic # ',mVec, '  ', cdiag(mVec),
388       &             ' exists '       &             ' exists '
389                  ELSE                  ELSE
390                   IF ( myThid.EQ.1 ) WRITE(ioUnit,'(3A,I3,3A)')                   WRITE(ioUnit,'(3A,I6,3A)')
391       &             '           Vector  Mate for  ', cdiag(ndId),       &             '           Vector  Mate for  ', cdiag(ndId),
392       &             '     Diagnostic # ',mVec, '  ', cdiag(mVec),       &             '     Diagnostic # ',mVec, '  ', cdiag(mVec),
393       &             ' not enabled'       &             ' not enabled'
# Line 299  C             -------------------------- Line 395  C             --------------------------
395                ENDIF                ENDIF
396              ENDIF              ENDIF
397    
398              DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)              IF ( fflags(listId)(2:2).EQ.'P' ) THEN
399               DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  C-       get all the levels (for vertical interpolation)
400                DO k = 1,nlevels(listId)                DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
401                  CALL GETDIAG(                 DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)
402       I                       levs(k,listId),undef,                  DO k = 1,kdiag(ndId)
403       O                       qtmp1(1-OLx,1-OLy,k,bi,bj),                    tmpLev = k
404       I                       ndId,mate,ip,im,bi,bj,myThid)                    CALL GETDIAG(
405         I                         tmpLev,undef,
406         O                         qtmp1(1-OLx,1-OLy,k,bi,bj),
407         I                         ndId,mate,ip,im,bi,bj,myThid)
408                    ENDDO
409                   ENDDO
410                ENDDO                ENDDO
411               ENDDO              ELSE
412              ENDDO  C-       get only selected levels:
413                  DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
414                   DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)
415                    DO k = 1,nlevels(listId)
416                      CALL GETDIAG(
417         I                         levs(k,listId),undef,
418         O                         qtmp1(1-OLx,1-OLy,k,bi,bj),
419         I                         ndId,mate,ip,im,bi,bj,myThid)
420                    ENDDO
421                   ENDDO
422                  ENDDO
423                ENDIF
424    
425  C-        end of empty diag / not empty block  C-        end of empty diag / not empty block
426            ENDIF            ENDIF
427    
           nlevsout = nlevels(listId)  
   
428  C-----------------------------------------------------------------------  C-----------------------------------------------------------------------
429  C             Check to see if we need to interpolate before output  C         Check to see if we need to interpolate before output
430  C-----------------------------------------------------------------------  C-----------------------------------------------------------------------
431  C  (we are still inside field exist if sequence and field do loop)            IF ( fflags(listId)(2:2).EQ.'P' ) THEN
432  C  C-        Do vertical interpolation:
433               IF ( fluidIsAir ) THEN
434           if(fflags(listId)(2:2).eq.'P') then  C jmc: for now, this can only work in an atmospheric set-up (fluidIsAir);
435                CALL DIAGNOSTICS_INTERP_VERT(
436  c If nonlinear free surf is active, need averaged pressures       I                     listId, md, ndId, ip, im, lm,
437  #ifdef NONLIN_FRSURF       U                     qtmp1,
438            if(select_rStar.GT.0)then       I                     undef, myTime, myIter, myThid )
439             call diagnostics_get_pointers('RSURF   ',ipoint1,jpoint1,             ELSE
440       .                                                           myThid)               WRITE(msgBuf,'(2A)') 'DIAGNOSTICS_OUT: ',
441             call diagnostics_get_pointers('PRESSURE',ipoint2,jpoint2,       &         'INTERP_VERT not allowed in this config'
442       .                                                           myThid)               CALL PRINT_ERROR( msgBuf , myThid )
443  C if fizhi is being  used, may need to get physics grid pressures               STOP 'ABNORMAL END: S/R DIAGNOSTICS_OUT'
444  #ifdef ALLOW_FIZHI             ENDIF
445             if(gdiag(ndId)(10:10) .EQ. 'L')then            ENDIF
            call diagnostics_get_pointers('FIZPRES ',ipoint2,jpoint2,  
      .                                                           myThid)  
            endif  
 #endif  
            if( jpoint1.ne.0 .and. jpoint2.ne.0) foundp = .true.  
   
            if(.not. foundp) then  
             WRITE(msgBuf,'(3A)') 'DIAGNOSTICS_OUT: ',  
      .    ' Have asked for pressure interpolation but have not ',  
      .    ' Activated surface and 3D pressure diagnostic, ',  
      .    ' RSURF and PRESSURE'  
             CALL PRINT_ERROR( msgBuf , myThid )  
             STOP 'ABNORMAL END: S/R DIAGNOSTICS_OUT'  
            endif  
   
            DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)  
             DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  
              call getdiag(1,undef,qtmpsrf(1-OLx,1-OLy,bi,bj),  
      .                       jpoint1,0,ipoint1,0,bi,bj,myThid)  
             ENDDO  
            ENDDO  
            DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)  
             DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  
              DO k = 1,nlevels(listId)  
               call getdiag(levs(k,listId),undef,  
      .          qtmp2(1-OLx,1-OLy,k,bi,bj),jpoint2,0,ipoint2,0,  
      .          bi,bj,myThid)  
              ENDDO  
             ENDDO  
            ENDDO  
           endif  
 #else  
 C If nonlinear free surf is off, get pressures from rC and rF arrays  
           DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)  
            DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  
             DO j = 1-OLy,sNy+OLy  
              DO i = 1-OLx,sNx+OLx  
               qtmpsrf(i,j,bi,bj) = rF(1)  
              ENDDO  
             ENDDO  
             DO j = 1-OLy,sNy+OLy  
              DO i = 1-OLx,sNx+OLx  
               DO k = 1,nlevels(listId)  
                qtmp2(i,j,k,bi,bj) = rC(k)  
               ENDDO  
              ENDDO  
             ENDDO  
            ENDDO  
           ENDDO  
 #endif  
 C Load p to the kappa into a temporary array  
           nlevsout = nplevs  
           DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)  
            DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  
             DO j = 1,sNy  
              DO i = 1,sNx  
               pksrf(i,j) = qtmpsrf(i,j,bi,bj) ** kappa  
               DO k = 1,nlevels(listId)  
                if(gdiag(ndId)(10:10).eq.'R') then  
                 if(hFacC(i,j,nlevels(listId)-k+1,bi,bj).ne.0.) then  
                  qinp(i,j,k) =  qtmp1(i,j,nlevels(listId)-k+1,bi,bj)  
                 else  
                  qinp(i,j,k) =  undef  
                 endif  
                 pkz(i,j,k) = qtmp2(i,j,nlevels(listId)-k+1,bi,bj)**kappa  
                elseif(gdiag(ndId)(10:10).eq.'L') then  
                 qinp(i,j,k) =  qtmp1(i,j,k,bi,bj)  
                 pkz(i,j,k) = qtmp2(i,j,k,bi,bj)**kappa  
                endif  
               ENDDO  
              ENDDO  
             ENDDO  
   
             DO k = 1,nplevs  
              if(fflags(listId)(3:3).eq.'1') then  
               p = plevs1(k)  
              elseif(fflags(listId)(3:3).eq.'2')then  
               p = plevs2(k)  
              endif  
              call prestopres(qprs(1,1,k),qinp,pkz,pksrf,0.,p,sNx,sNy,  
      .                                                 nlevels(listId) )  
             ENDDO  
   
             DO j = 1,sNy  
              DO i = 1,sNx  
               DO k = 1,nlevsout  
                qtmp1(i,j,k,bi,bj) =  qprs(i,j,k)  
                if(qtmp1(i,j,k,bi,bj).eq.undef) qtmp1(i,j,k,bi,bj) = 0.  
               ENDDO  
              ENDDO  
             ENDDO  
            ENDDO  
           ENDDO  
446    
447           endif  C--    Ready to write field "md", element "lm" in averageCycle(listId)
448    
449  #ifdef ALLOW_MDSIO  C-        write to binary file, using MDSIO pkg:
450  C         Prepare for mdsio optionality            IF ( diag_mdsio ) THEN
451            IF (diag_mdsio) THEN              nRec = lm + (md-1)*averageCycle(listId)
452              IF (fflags(listId)(1:1) .EQ. ' ') THEN  C           default precision for output files
453  C             This is the old default behavior              prec = writeBinaryPrec
454                CALL MDSWRITEFIELD_NEW(fn,writeBinaryPrec,glf,'RL',  C           fFlag(1)=R(or D): force it to be 32-bit(or 64) precision
455       &             Nr+Nrphys,nlevsout,qtmp1,md,myIter,myThid)              IF ( fflags(listId)(1:1).EQ.'R' ) prec = precFloat32
456              ELSEIF (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'R') THEN              IF ( fflags(listId)(1:1).EQ.'D' ) prec = precFloat64
457  C             Force it to be 32-bit precision  C         a hack not to write meta files now: pass -nRec < 0 to MDS_WRITE S/R
458                CALL MDSWRITEFIELD_NEW(fn,precFloat32,glf,'RL',              CALL WRITE_REC_LEV_RL(
459       &             Nr+Nrphys,nlevsout,qtmp1,md,myIter,myThid)       I                            fn, prec,
460              ELSEIF (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'D') THEN       I                            NrMax, 1, nlevels(listId),
461  C             Force it to be 64-bit precision       I                            qtmp1, -nRec, myIter, myThid )
               CALL MDSWRITEFIELD_NEW(fn,precFloat64,glf,'RL',  
      &             Nr+Nrphys,nlevsout,qtmp1,md,myIter,myThid)  
             ENDIF  
462            ENDIF            ENDIF
 #endif /*  ALLOW_MDSIO  */  
463    
464  #ifdef ALLOW_MNC  #ifdef ALLOW_MNC
465            IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN            IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN
# Line 472  C           XY dimensions Line 485  C           XY dimensions
485              dim(2)       = sNy + 2*OLy              dim(2)       = sNy + 2*OLy
486              ib(1)        = OLx + 1              ib(1)        = OLx + 1
487              ib(2)        = OLy + 1              ib(2)        = OLy + 1
488              IF (gdiag(ndId)(2:2) .EQ. 'M') THEN              IF (gdiag(ndId)(2:2) .EQ. 'M') THEN
489                dn(1)(1:2) = 'X'                dn(1)(1:2) = 'X'
490                ie(1)      = OLx + sNx                ie(1)      = OLx + sNx
491                dn(2)(1:2) = 'Y'                dn(2)(1:2) = 'Y'
# Line 493  C           XY dimensions Line 506  C           XY dimensions
506                dn(2)(1:3) = 'Yp1'                dn(2)(1:3) = 'Yp1'
507                ie(2)      = OLy + sNy + 1                ie(2)      = OLy + sNy + 1
508              ENDIF              ENDIF
509                
510  C           Z is special since it varies  C           Z is special since it varies
511              WRITE(dn(3),'(a,i6.6)') 'Zd', nlevels(listId)              WRITE(dn(3),'(a,i6.6)') 'Zd', nlevels(listId)
512              IF ( (gdiag(ndId)(10:10) .EQ. 'R')              IF ( (gdiag(ndId)(10:10) .EQ. 'R')
# Line 508  C           Z is special since it varies Line 521  C           Z is special since it varies
521       &           .AND. (gdiag(ndId)(9:9) .EQ. 'U') ) THEN       &           .AND. (gdiag(ndId)(9:9) .EQ. 'U') ) THEN
522                WRITE(dn(3),'(a,i6.6)') 'Zud', nlevels(listId)                WRITE(dn(3),'(a,i6.6)') 'Zud', nlevels(listId)
523              ENDIF              ENDIF
524              dim(3) = Nr+Nrphys              dim(3) = NrMax
525              ib(3)  = 1              ib(3)  = 1
526              ie(3)  = nlevels(listId)              ie(3)  = nlevels(listId)
527    
# Line 518  C           Time dimension Line 531  C           Time dimension
531              ib(4)  = 1              ib(4)  = 1
532              ie(4)  = 1              ie(4)  = 1
533    
534              CALL MNC_CW_ADD_GNAME(d_cw_name, 4,              CALL MNC_CW_ADD_GNAME(d_cw_name, 4,
535       &             dim, dn, ib, ie, myThid)       &             dim, dn, ib, ie, myThid)
536              CALL MNC_CW_ADD_VNAME(cdiag(ndId), d_cw_name,              CALL MNC_CW_ADD_VNAME(cdiag(ndId), d_cw_name,
537       &             4,5, myThid)       &             4,5, myThid)
538              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'description',              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'description',
539       &             tdiag(ndId),myThid)       &             tdiag(ndId),myThid)
540              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'units',              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'units',
541       &             udiag(ndId),myThid)       &             udiag(ndId),myThid)
542    
543              IF ((fflags(listId)(1:1) .EQ. ' ')  C     Missing values only for scalar diagnostics at mass points (so far)
544       &           .OR. (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'R')) THEN              useMisValForThisDiag = useMissingValue
545         &           .AND.gdiag(ndId)(1:2).EQ.'SM'
546                IF ( useMisValForThisDiag ) THEN
547    C     assign missing values and set flag for adding the netCDF atttibute
548                 CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(cdiag(ndId), 2,
549         I            misval_r8, misval_r4, misval_int,
550         I            myThid )
551    C     and now use the missing values for masking out the land points
552                 DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
553                  DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)
554                   DO k = 1,nlevels(listId)
555                    klev = NINT(levs(k,listId))
556                    DO j = 1-OLy,sNy+OLy
557                     DO i = 1-OLx,sNx+OLx
558                      IF ( maskC(i,j,klev,bi,bj) .EQ. 0. )
559         &                 qtmp1(i,j,k,bi,bj) = misvalLoc
560                     ENDDO
561                    ENDDO
562                   ENDDO
563                  ENDDO
564                 ENDDO
565                ELSE
566    C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
567    C     Note: We have to call the following subroutine for each mnc that has
568    C     been created "on the fly" by mnc_cw_add_vname and will be deleted
569    C     by mnc_cw_del_vname, because all of these variables use the same
570    C     identifier so that mnc_cw_vfmv(indv) needs to be overwritten for
571    C     each of these variables
572                 CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(cdiag(ndId), 0,
573         I            misval_r8, misval_r4, misval_int,
574         I            myThid )
575                ENDIF
576    
577                IF (  ((writeBinaryPrec .EQ. precFloat32)
578         &            .AND. (fflags(listId)(1:1) .NE. 'D'))
579         &             .OR. (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'R') ) THEN
580                CALL MNC_CW_RL_W('R',diag_mnc_bn,0,0,                CALL MNC_CW_RL_W('R',diag_mnc_bn,0,0,
581       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)
582              ELSEIF (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'D') THEN              ELSEIF ( (writeBinaryPrec .EQ. precFloat64)
583         &             .OR. (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'D') ) THEN
584                CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,                CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,
585       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)
586              ENDIF              ENDIF
587                
588              CALL MNC_CW_DEL_VNAME(cdiag(ndId), myThid)              CALL MNC_CW_DEL_VNAME(cdiag(ndId), myThid)
589              CALL MNC_CW_DEL_GNAME(d_cw_name, myThid)              CALL MNC_CW_DEL_GNAME(d_cw_name, myThid)
590    
# Line 544  C           Time dimension Line 593  C           Time dimension
593            ENDIF            ENDIF
594  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
595    
596    C--      end loop on lm (or ll if ALLOW_MNC) counter
597             ENDDO
598  C--     end of Processing Fld # md  C--     end of Processing Fld # md
599          ENDIF          ENDIF
600           ENDDO
601    
602    #ifdef ALLOW_MNC
603    C--   end loop on jj counter
604        ENDDO        ENDDO
605    #endif
606    
607    #ifdef ALLOW_MDSIO
608          IF (diag_mdsio) THEN
609    C-    Note: temporary: since it's a pain to add more arguments to
610    C     all MDSIO S/R, uses instead this specific S/R to write only
611    C     meta files but with more informations in it.
612                glf = globalFiles
613                nRec = nfields(listId)*averageCycle(listId)
614                CALL MDS_WR_METAFILES(fn, prec, glf, .FALSE.,
615         &              0, 0, nlevels(listId), ' ',
616         &              nfields(listId), flds(1,listId), nTimRec, timeRec,
617         &              nRec, myIter, myThid)
618          ENDIF
619    #endif /*  ALLOW_MDSIO  */
620    
621        RETURN        RETURN
622        END        END
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