/[MITgcm]/MITgcm/pkg/diagnostics/diagnostics_out.F
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revision 1.17 by molod, Tue Jul 12 20:25:45 2005 UTC revision 1.45 by jmc, Thu Jan 7 23:48:01 2010 UTC
# Line 26  C     !USES: Line 26  C     !USES:
26  #include "DIAGNOSTICS_SIZE.h"  #include "DIAGNOSTICS_SIZE.h"
27  #include "DIAGNOSTICS.h"  #include "DIAGNOSTICS.h"
28    
29  #ifdef ALLOW_FIZHI        INTEGER NrMax
30  #include "fizhi_SIZE.h"        PARAMETER( NrMax = numLevels )
 #else  
       INTEGER Nrphys  
       PARAMETER (Nrphys=0)  
 #endif  
   
31    
32  C     !INPUT PARAMETERS:  C     !INPUT PARAMETERS:
33  C     listId  :: Diagnostics list number being written  C     listId  :: Diagnostics list number being written
# Line 43  C     myThid  :: my Thread Id number Line 38  C     myThid  :: my Thread Id number
38        INTEGER listId, myIter, myThid        INTEGER listId, myIter, myThid
39  CEOP  CEOP
40    
41    C     !FUNCTIONS:
42          INTEGER ILNBLNK
43          EXTERNAL ILNBLNK
44    #ifdef ALLOW_FIZHI
45          _RL   getcon
46          EXTERNAL getcon
47    #endif
48    
49  C     !LOCAL VARIABLES:  C     !LOCAL VARIABLES:
50  C     i,j,k :: loop indices  C     i,j,k :: loop indices
51    C     lm    :: loop index (averageCycle)
52  C     md    :: field number in the list "listId".  C     md    :: field number in the list "listId".
53  C     ndId  :: diagnostics  Id number (in available diagnostics list)  C     ndId  :: diagnostics  Id number (in available diagnostics list)
54  C     mate  :: counter mate Id number (in available diagnostics list)  C     mate  :: counter mate Id number (in available diagnostics list)
55  C     ip    :: diagnostics  pointer to storage array  C     ip    :: diagnostics  pointer to storage array
56  C     im    :: counter-mate pointer to storage array  C     im    :: counter-mate pointer to storage array
57        INTEGER i, j, k  C
58    C--   COMMON /LOCAL_DIAGNOSTICS_OUT/ local common block (for multi-threaded)
59    C     qtmp1 :: thread-shared temporary array (needs to be in common block):
60    C              to write a diagnostic field to file, copy it first from (big)
61    C              diagnostic storage qdiag into it.
62          COMMON /LOCAL_DIAGNOSTICS_OUT/ qtmp1
63          _RL qtmp1(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,NrMax,nSx,nSy)
64    
65          INTEGER i, j, k, lm
66        INTEGER bi, bj        INTEGER bi, bj
67        INTEGER md, ndId, ip, im        INTEGER md, ndId, ip, im
68        INTEGER mate, mVec        INTEGER mate, mVec
69        CHARACTER*8 parms1        CHARACTER*10 gcode
70        CHARACTER*3 mate_index        _RL undef
71        _RL qtmp1(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr+Nrphys,nSx,nSy)        _RL tmpLev
       _RL qtmpsrf(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,nSx,nSy)  
       _RL qtmp2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr+Nrphys,nSx,nSy)  
       _RL undef, getcon  
       EXTERNAL getcon  
       INTEGER ILNBLNK  
       EXTERNAL ILNBLNK  
72        INTEGER ilen        INTEGER ilen
       integer nlevsout,nplevs  
       parameter(nplevs = 16)  
       _RL plevs1(nplevs)  
       data plevs1/ 1000.0 _d 2, 925.0 _d 2, 850.0 _d 2, 700.0 _d 2,  
      .              600.0 _d 2, 500.0 _d 2, 400.0 _d 2, 300.0 _d 2,  
      .              250.0 _d 2, 200.0 _d 2, 150.0 _d 2, 100.0 _d 2,  
      .               70.0 _d 2,  50.0 _d 2,  30.0 _d 2,  20.0 _d 2/  
       _RL plevs2(nplevs)  
       data plevs2/ 1000.0 _d 2, 950.0 _d 2, 900.0 _d 2, 850.0 _d 2,  
      .              800.0 _d 2, 750.0 _d 2, 700.0 _d 2, 600.0 _d 2,  
      .              500.0 _d 2, 400.0 _d 2, 300.0 _d 2, 250.0 _d 2,  
      .              200.0 _d 2, 150.0 _d 2, 100.0 _d 2,  50.0 _d 2/  
       _RL qprs(sNx,sNy,nplevs)  
       _RL qinp(sNx,sNy,Nr+Nrphys)  
       _RL pkz(sNx,sNy,Nr+Nrphys)  
       _RL pksrf(sNx,sNy)  
       _RL p  
       INTEGER jpoint1,ipoint1  
       INTEGER jpoint2,ipoint2  
       _RL kappa  
       logical foundp  
       data foundp /.false./  
73    
74        INTEGER ioUnit        INTEGER ioUnit
75        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) fn        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) fn
76        CHARACTER*(MAX_LEN_MBUF) suff        CHARACTER*(MAX_LEN_MBUF) suff
77        CHARACTER*(MAX_LEN_MBUF) msgBuf        CHARACTER*(MAX_LEN_MBUF) msgBuf
78          INTEGER prec, nRec, nTimRec
79          _RL     timeRec(2)
80    #ifdef ALLOW_MDSIO
81        LOGICAL glf        LOGICAL glf
82    #endif
83  #ifdef ALLOW_MNC  #ifdef ALLOW_MNC
84        INTEGER ii        INTEGER ll, llMx, jj, jjMx
85          INTEGER ii, klev
86        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) diag_mnc_bn        CHARACTER*(MAX_LEN_FNAM) diag_mnc_bn
       CHARACTER*(5) ctmp  
87        INTEGER CW_DIMS, NLEN        INTEGER CW_DIMS, NLEN
88        PARAMETER ( CW_DIMS = 10 )        PARAMETER ( CW_DIMS = 10 )
89        PARAMETER ( NLEN    = 80 )        PARAMETER ( NLEN    = 80 )
# Line 103  C     im    :: counter-mate pointer to s Line 91  C     im    :: counter-mate pointer to s
91        CHARACTER*(NLEN) dn(CW_DIMS)        CHARACTER*(NLEN) dn(CW_DIMS)
92        CHARACTER*(NLEN) d_cw_name        CHARACTER*(NLEN) d_cw_name
93        CHARACTER*(NLEN) dn_blnk        CHARACTER*(NLEN) dn_blnk
94        _RS ztmp(Nr+Nrphys)  #ifdef DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK
95          CHARACTER*(5) ctmp
96          _RS ztmp(NrMax)
97    #endif
98          LOGICAL useMissingValue, useMisValForThisDiag
99          REAL*8 misvalLoc
100          REAL*8 misval_r8(2)
101          REAL*4 misval_r4(2)
102          INTEGER misvalIntLoc, misval_int(2)
103  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
104    
105  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|
106    
107    C---  set file properties
108        ioUnit= standardMessageUnit        ioUnit= standardMessageUnit
109          undef = UNSET_RL
110    #ifdef ALLOW_FIZHI
111    c     IF ( useFIZHI ) undef = getcon('UNDEF')
112        undef = getcon('UNDEF')        undef = getcon('UNDEF')
113        kappa = getcon('KAPPA')  #endif
       glf = globalFiles  
114        WRITE(suff,'(I10.10)') myIter        WRITE(suff,'(I10.10)') myIter
115        ilen = ILNBLNK(fnames(listId))        ilen = ILNBLNK(fnames(listId))
116        WRITE( fn, '(A,A,A)' ) fnames(listId)(1:ilen),'.',suff(1:10)        WRITE( fn, '(A,A,A)' ) fnames(listId)(1:ilen),'.',suff(1:10)
117    
118  C Initialize the qtmp1 array to all undefs -- need this for unfilled levels  C--   Set time information:
119        DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)        IF ( freq(listId).LT.0. ) THEN
120          DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  C-    Snap-shot: store a unique time (which is consistent with State-Var timing)
121            DO k = 1,nlevels(listId)          nTimRec = 1
122              DO j = 1-OLy,sNy+OLy          timeRec(1) = myTime
123                DO i = 1-OLx,sNx+OLx        ELSE
124                  qtmp1(i,j,k,bi,bj) = undef  C-    Time-average: store the 2 edges of the time-averaging interval.
125                ENDDO  C      this time is consitent with intermediate Var (i.e., non-state, e.g, flux,
126              ENDDO  C      tendencies) timing. For State-Var, this is shifted by + halt time-step.
127            ENDDO          nTimRec = 2
128          ENDDO  
129        ENDDO  C-    end of time-averaging interval:
130            timeRec(2) = myTime
131    
132    C-    begining of time-averaging interval:
133    c       timeRec(1) = myTime - freq(listId)
134    C     a) find the time of the previous multiple of output freq:
135            timeRec(1) = myTime-deltaTClock*0.5 _d 0
136            timeRec(1) = (timeRec(1)-phase(listId))/freq(listId)
137            i = INT( timeRec(1) )
138            IF ( timeRec(1).LT.0. ) i = i - 1
139            timeRec(1) = phase(listId) + freq(listId)*FLOAT(i)
140    c       if ( listId.eq.2 ) write(0,*) 'f',i,timeRec(1)/deltaTClock
141            timeRec(1) = MAX( timeRec(1), startTime )
142    
143    C     b) round off to nearest multiple of time-step:
144            timeRec(1) = (timeRec(1)-baseTime)/deltaTClock
145            i = NINT( timeRec(1) )
146    C     if just half way, NINT will return the next time-step: correct this
147            tmpLev = FLOAT(i) - 0.5 _d 0
148            IF ( timeRec(1).EQ.tmpLev ) i = i - 1
149            timeRec(1) = baseTime + deltaTClock*FLOAT(i)
150    c       if ( listId.eq.2 ) write(0,*) i,timeRec(1)/deltaTClock
151          ENDIF
152    
153  #ifdef ALLOW_MNC  #ifdef ALLOW_MNC
154    C-- this is a trick to reverse the order of the loops on md (= field)
155    C   and lm (= averagePeriod): binary output: lm loop inside md loop ;
156    C                                 mnc ouput: md loop inside lm loop.
157        IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN        IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN
158          DO i = 1,MAX_LEN_FNAM          jjMx = averageCycle(listId)
159            diag_mnc_bn(i:i) = ' '          llMx = 1
160          ENDDO        ELSE
161          DO i = 1,NLEN          jjMx = 1
162            dn_blnk(i:i) = ' '          llMx = averageCycle(listId)
163          ENDDO        ENDIF
164          WRITE( diag_mnc_bn, '(A)' ) fnames(listId)(1:ilen)        DO jj=1,jjMx
165    
166           IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN
167    C     Handle missing value attribute (land points)
168             useMissingValue = .FALSE.
169    #ifdef DIAGNOSTICS_MISSING_VALUE
170             useMissingValue = .TRUE.
171    #endif /* DIAGNOSTICS_MISSING_VALUE */
172             IF ( misvalFlt(listId) .NE. UNSET_RL ) THEN
173              misvalLoc = misvalFlt(listId)
174             ELSE
175              misvalLoc = undef
176             ENDIF
177    C     Defaults to UNSET_I
178             misvalIntLoc = misvalInt(listId)
179             DO ii=1,2
180    C         misval_r4(ii)  = UNSET_FLOAT4
181    C         misval_r8(ii)  = UNSET_FLOAT8
182              misval_r4(ii)  = misvalLoc
183              misval_r8(ii)  = misvalLoc
184              misval_int(ii) = UNSET_I
185             ENDDO
186             DO i = 1,MAX_LEN_FNAM
187               diag_mnc_bn(i:i) = ' '
188             ENDDO
189             DO i = 1,NLEN
190               dn_blnk(i:i) = ' '
191             ENDDO
192             WRITE( diag_mnc_bn, '(A)' ) fnames(listId)(1:ilen)
193    
194  C       Update the record dimension by writing the iteration number  C       Update the record dimension by writing the iteration number
195          CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, -1, myThid)           klev = myIter + jj - jjMx
196          CALL MNC_CW_RL_W_S('D',diag_mnc_bn,0,0,'T',myTime,myThid)           tmpLev = myTime + deltaTClock*(jj -jjMx)
197          CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, 0, myThid)           CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, -1, myThid)
198             CALL MNC_CW_RL_W_S('D',diag_mnc_bn,0,0,'T',tmpLev,myThid)
199          dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)           CALL MNC_CW_SET_UDIM(diag_mnc_bn, 0, myThid)
200          WRITE(dn(1),'(a,i6.6)') 'Zmd', nlevels(listId)           CALL MNC_CW_I_W_S('I',diag_mnc_bn,0,0,'iter',klev,myThid)
201          dim(1) = nlevels(listId)  
202          ib(1)  = 1  C       NOTE: at some point it would be a good idea to add a time_bounds
203          ie(1)  = nlevels(listId)  C       variable that has dimension (2,T) and clearly denotes the
204    C       beginning and ending times for each diagnostics period
205          CALL MNC_CW_ADD_GNAME('diag_levels', 1,  
206       &       dim, dn, ib, ie, myThid)           dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)
207          CALL MNC_CW_ADD_VNAME('diag_levels', 'diag_levels',           WRITE(dn(1),'(a,i6.6)') 'Zmd', nlevels(listId)
208       &       0,0, myThid)           dim(1) = nlevels(listId)
209          CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT('diag_levels','description',           ib(1)  = 1
210       &       'Idicies of vertical levels within the source arrays',           ie(1)  = nlevels(listId)
211       &       myThid)  
212                     CALL MNC_CW_ADD_GNAME('diag_levels', 1,
213          CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,       &        dim, dn, ib, ie, myThid)
214       &       'diag_levels', levs(1,listId), myThid)           CALL MNC_CW_ADD_VNAME('diag_levels', 'diag_levels',
215         &        0,0, myThid)
216             CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT('diag_levels','description',
217         &        'Idicies of vertical levels within the source arrays',
218         &        myThid)
219    C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
220             IF (useMissingValue)
221         &       CALL MNC_CW_VATTR_MISSING('diag_levels', 0,
222         I       misval_r8, misval_r4, misval_int,
223         I       myThid )
224    
225          CALL MNC_CW_DEL_VNAME('diag_levels', myThid)           CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,
226          CALL MNC_CW_DEL_GNAME('diag_levels', myThid)       &        'diag_levels', levs(1,listId), myThid)
227    
228             CALL MNC_CW_DEL_VNAME('diag_levels', myThid)
229             CALL MNC_CW_DEL_GNAME('diag_levels', myThid)
230    
231  #ifdef DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  #ifdef DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK
232  C       This part has been placed in an #ifdef because, as its currently  C       This part has been placed in an #ifdef because, as its currently
# Line 171  C       grid.  As we start using diagnos Line 235  C       grid.  As we start using diagnos
235  C       levels, land levels, etc. the different vertical coordinate  C       levels, land levels, etc. the different vertical coordinate
236  C       dimensions will have to be taken into account.  C       dimensions will have to be taken into account.
237    
238    C       20051021 JMC & EH3 : We need to extend this so that a few
239    C       variables each defined on different grids do not have the same
240    C       vertical dimension names so we should be using a pattern such
241    C       as: Z[uml]td000000 where the 't' is the type as specified by
242    C       gdiag(10)
243    
244  C       Now define:  Zmdxxxxxx, Zudxxxxxx, Zldxxxxxx  C       Now define:  Zmdxxxxxx, Zudxxxxxx, Zldxxxxxx
245          ctmp(1:5) = 'mul  '           ctmp(1:5) = 'mul  '
246          DO i = 1,3           DO i = 1,3
247            dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)             dn(1)(1:NLEN) = dn_blnk(1:NLEN)
248            WRITE(dn(1),'(3a,i6.6)') 'Z',ctmp(i:i),'d',nlevels(listId)             WRITE(dn(1),'(3a,i6.6)') 'Z',ctmp(i:i),'d',nlevels(listId)
249            CALL MNC_CW_ADD_GNAME(dn(1), 1, dim, dn, ib, ie, myThid)             CALL MNC_CW_ADD_GNAME(dn(1), 1, dim, dn, ib, ie, myThid)
250            CALL MNC_CW_ADD_VNAME(dn(1), dn(1), 0,0, myThid)             CALL MNC_CW_ADD_VNAME(dn(1), dn(1), 0,0, myThid)
251    
252  C         The following three ztmp() loops should eventually be modified  C         The following three ztmp() loops should eventually be modified
253  C         to reflect the fractional nature of levs(j,l) -- they should  C         to reflect the fractional nature of levs(j,l) -- they should
254  C         do something like:  C         do something like:
255  C            ztmp(j) = rC(INT(FLOOR(levs(j,l))))  C            ztmp(j) = rC(INT(FLOOR(levs(j,l))))
256  C                      + ( rC(INT(FLOOR(levs(j,l))))  C                      + ( rC(INT(FLOOR(levs(j,l))))
257  C                          + rC(INT(CEIL(levs(j,l)))) )  C                          + rC(INT(CEIL(levs(j,l)))) )
258  C                        / ( levs(j,l) - FLOOR(levs(j,l)) )  C                        / ( levs(j,l) - FLOOR(levs(j,l)) )
259  C         for averaged levels.  C         for averaged levels.
260            IF (i .EQ. 1) THEN             IF (i .EQ. 1) THEN
261              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
262                ztmp(j) = rC(NINT(levs(j,listId)))                 ztmp(j) = rC(NINT(levs(j,listId)))
263              ENDDO               ENDDO
264              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
265       &           'Dimensional coordinate value at the mid point',       &            'Dimensional coordinate value at the mid point',
266       &           myThid)       &            myThid)
267            ELSEIF (i .EQ. 2) THEN             ELSEIF (i .EQ. 2) THEN
268              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
269                ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)) + 1)                 ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)) + 1)
270              ENDDO               ENDDO
271              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
272       &           'Dimensional coordinate value at the upper point',       &            'Dimensional coordinate value at the upper point',
273       &           myThid)       &            myThid)
274            ELSEIF (i .EQ. 3) THEN             ELSEIF (i .EQ. 3) THEN
275              DO j = 1,nlevels(listId)               DO j = 1,nlevels(listId)
276                ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)))                 ztmp(j) = rF(NINT(levs(j,listId)))
277              ENDDO               ENDDO
278              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',               CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(dn(1),'description',
279       &           'Dimensional coordinate value at the lower point',       &            'Dimensional coordinate value at the lower point',
280       &           myThid)       &            myThid)
281            ENDIF             ENDIF
282            CALL MNC_CW_RS_W('D',diag_mnc_bn,0,0, dn(1), ztmp, myThid)  C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
283            CALL MNC_CW_DEL_VNAME(dn(1), myThid)             IF (useMissingValue)
284            CALL MNC_CW_DEL_GNAME(dn(1), myThid)       &          CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(dn(1), 0,
285          ENDDO       I          misval_r8, misval_r4, misval_int,
286         I          myThid )
287               CALL MNC_CW_RS_W('D',diag_mnc_bn,0,0, dn(1), ztmp, myThid)
288               CALL MNC_CW_DEL_VNAME(dn(1), myThid)
289               CALL MNC_CW_DEL_GNAME(dn(1), myThid)
290             ENDDO
291  #endif /*  DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  */  #endif /*  DIAG_MNC_COORD_NEEDSWORK  */
292    
293        ENDIF         ENDIF
294  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
295    
296        DO md = 1,nfields(listId)  C---+----1----+----2----+----3----+----4----+----5----+----6----+----7-|--+----|
297    
298           DO md = 1,nfields(listId)
299          ndId = jdiag(md,listId)          ndId = jdiag(md,listId)
300          parms1 = gdiag(ndId)(1:8)          gcode = gdiag(ndId)(1:10)
301          IF ( idiag(md,listId).NE.0 .AND. parms1(5:5).NE.'D' ) THEN          mate = 0
302            mVec = 0
303            IF ( gcode(5:5).EQ.'C' ) THEN
304    C-      Check for Mate of a Counter Diagnostic
305               mate = hdiag(ndId)
306            ELSEIF ( gcode(1:1).EQ.'U' .OR. gcode(1:1).EQ.'V' ) THEN
307    C-      Check for Mate of a Vector Diagnostic
308               mVec = hdiag(ndId)
309            ENDIF
310            IF ( idiag(md,listId).NE.0 .AND. gcode(5:5).NE.'D' ) THEN
311  C--     Start processing 1 Fld :  C--     Start processing 1 Fld :
312    #ifdef ALLOW_MNC
313             DO ll=1,llMx
314              lm = jj+ll-1
315    #else
316             DO lm=1,averageCycle(listId)
317    #endif
318    
319            ip = ABS(idiag(md,listId))            ip = ABS(idiag(md,listId)) + kdiag(ndId)*(lm-1)
320            im = mdiag(md,listId)            im = mdiag(md,listId)
321              IF (mate.GT.0) im = im + kdiag(mate)*(lm-1)
322              IF (mVec.GT.0) im = im + kdiag(mVec)*(lm-1)
323    
324            IF ( ndiag(ip,1,1).EQ.0 ) THEN            IF ( ndiag(ip,1,1).EQ.0 ) THEN
325  C-        Empty diagnostics case :  C-        Empty diagnostics case :
326    
# Line 234  C-        Empty diagnostics case : Line 329  C-        Empty diagnostics case :
329       &        '- WARNING - from DIAGNOSTICS_OUT at iter=', myIter       &        '- WARNING - from DIAGNOSTICS_OUT at iter=', myIter
330              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,
331       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)
332              WRITE(msgBuf,'(A,I4,3A,I3,2A)')              WRITE(msgBuf,'(A,I6,3A,I4,2A)')
333       &       '- WARNING -   diag.#',ndId, ' : ',flds(md,listId),       &       '- WARNING -   diag.#',ndId, ' : ',flds(md,listId),
334       &       ' (#',md,' ) in outp.Stream: ',fnames(listId)       &       ' (#',md,' ) in outp.Stream: ',fnames(listId)
335              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,
336       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)
337              WRITE(msgBuf,'(A,I2,A)')              IF ( averageCycle(listId).GT.1 ) THEN
338       &       '- WARNING -   has not been filled (ndiag=',               WRITE(msgBuf,'(A,2(I3,A))')
339       &       ndiag(ip,1,1), ' )'       &        '- WARNING -   has not been filled (ndiag(lm=',lm,')=',
340         &                                            ndiag(ip,1,1), ' )'
341                ELSE
342                 WRITE(msgBuf,'(A,2(I3,A))')
343         &        '- WARNING -   has not been filled (ndiag=',
344         &                                            ndiag(ip,1,1), ' )'
345                ENDIF
346              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,              CALL PRINT_MESSAGE( msgBuf, errorMessageUnit,
347       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)       &                          SQUEEZE_RIGHT, myThid)
348              WRITE(msgBuf,'(A)')              WRITE(msgBuf,'(A)')
# Line 264  C-        Empty diagnostics case : Line 365  C-        Empty diagnostics case :
365            ELSE            ELSE
366  C-        diagnostics is not empty :  C-        diagnostics is not empty :
367    
368              IF ( myThid.EQ.1 ) WRITE(ioUnit,'(A,I3,3A,I8,2A)')              IF ( debugLevel.GE.debLevA .AND. myThid.EQ.1 ) THEN
369                  WRITE(ioUnit,'(A,I6,3A,I8,2A)')
370       &         ' Computing Diagnostic # ', ndId, '  ', cdiag(ndId),       &         ' Computing Diagnostic # ', ndId, '  ', cdiag(ndId),
371       &         '     Counter:',ndiag(ip,1,1),'   Parms: ',gdiag(ndId)       &         '     Counter:',ndiag(ip,1,1),'   Parms: ',gdiag(ndId)
372                  IF ( mate.GT.0 ) THEN
373              IF ( parms1(5:5).EQ.'C' ) THEN                 WRITE(ioUnit,'(3A,I6,2A)')
 C             Check for Mate of a Counter Diagnostic  
 C             --------------------------------------  
               mate_index = parms1(6:8)  
               READ (mate_index,'(I3)') mate  
               IF ( myThid.EQ.1 ) WRITE(ioUnit,'(3A,I3,2A)')  
374       &         '       use Counter Mate for  ', cdiag(ndId),       &         '       use Counter Mate for  ', cdiag(ndId),
375       &         '     Diagnostic # ',mate, '  ', cdiag(mate)       &         '     Diagnostic # ',mate, '  ', cdiag(mate)
376                  ELSEIF ( mVec.GT.0 ) THEN
             ELSE  
               mate = 0  
   
 C             Check for Mate of a Vector Diagnostic  
 C             -------------------------------------  
               IF ( parms1(1:1).EQ.'U' .OR. parms1(1:1).EQ.'V' ) THEN  
                 mate_index = parms1(6:8)  
                 READ (mate_index,'(I3)') mVec  
377                  IF ( im.GT.0 .AND. ndiag(MAX(1,im),1,1).GT.0 ) THEN                  IF ( im.GT.0 .AND. ndiag(MAX(1,im),1,1).GT.0 ) THEN
378                   IF ( myThid.EQ.1 ) WRITE(ioUnit,'(3A,I3,3A)')                   WRITE(ioUnit,'(3A,I6,3A)')
379       &             '           Vector  Mate for  ', cdiag(ndId),       &             '           Vector  Mate for  ', cdiag(ndId),
380       &             '     Diagnostic # ',mVec, '  ', cdiag(mVec),       &             '     Diagnostic # ',mVec, '  ', cdiag(mVec),
381       &             ' exists '       &             ' exists '
382                  ELSE                  ELSE
383                   IF ( myThid.EQ.1 ) WRITE(ioUnit,'(3A,I3,3A)')                   WRITE(ioUnit,'(3A,I6,3A)')
384       &             '           Vector  Mate for  ', cdiag(ndId),       &             '           Vector  Mate for  ', cdiag(ndId),
385       &             '     Diagnostic # ',mVec, '  ', cdiag(mVec),       &             '     Diagnostic # ',mVec, '  ', cdiag(mVec),
386       &             ' not enabled'       &             ' not enabled'
# Line 299  C             -------------------------- Line 388  C             --------------------------
388                ENDIF                ENDIF
389              ENDIF              ENDIF
390    
391              DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)              IF ( fflags(listId)(2:2).EQ.'P' ) THEN
392               DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  C-       get all the levels (for vertical interpolation)
393                DO k = 1,nlevels(listId)                DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
394                  CALL GETDIAG(                 DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)
395       I                       levs(k,listId),undef,                  DO k = 1,kdiag(ndId)
396       O                       qtmp1(1-OLx,1-OLy,k,bi,bj),                    tmpLev = k
397       I                       ndId,mate,ip,im,bi,bj,myThid)                    CALL GETDIAG(
398         I                         tmpLev,undef,
399         O                         qtmp1(1-OLx,1-OLy,k,bi,bj),
400         I                         ndId,mate,ip,im,bi,bj,myThid)
401                    ENDDO
402                   ENDDO
403                ENDDO                ENDDO
404               ENDDO              ELSE
405              ENDDO  C-       get only selected levels:
406                  DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
407                   DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)
408                    DO k = 1,nlevels(listId)
409                      CALL GETDIAG(
410         I                         levs(k,listId),undef,
411         O                         qtmp1(1-OLx,1-OLy,k,bi,bj),
412         I                         ndId,mate,ip,im,bi,bj,myThid)
413                    ENDDO
414                   ENDDO
415                  ENDDO
416                ENDIF
417    
418  C-        end of empty diag / not empty block  C-        end of empty diag / not empty block
419            ENDIF            ENDIF
420    
           nlevsout = nlevels(listId)  
   
421  C-----------------------------------------------------------------------  C-----------------------------------------------------------------------
422  C             Check to see if we need to interpolate before output  C         Check to see if we need to interpolate before output
423  C-----------------------------------------------------------------------  C-----------------------------------------------------------------------
424  C  (we are still inside field exist if sequence and field do loop)            IF ( fflags(listId)(2:2).EQ.'P' ) THEN
425  C  C-        Do vertical interpolation:
426               IF ( fluidIsAir ) THEN
427           if(fflags(listId)(2:2).eq.'P') then  C jmc: for now, this can only work in an atmospheric set-up (fluidIsAir);
428                CALL DIAGNOSTICS_INTERP_VERT(
429  c If nonlinear free surf is active, need averaged pressures       I                     listId, md, ndId, ip, im, lm,
430  #ifdef NONLIN_FRSURF       U                     qtmp1,
431            if(select_rStar.GT.0)then       I                     undef, myTime, myIter, myThid )
432             call diagnostics_get_pointers('RSURF   ',ipoint1,jpoint1,             ELSE
433       .                                                           myThid)               WRITE(msgBuf,'(2A)') 'DIAGNOSTICS_OUT: ',
434             call diagnostics_get_pointers('PRESSURE',ipoint2,jpoint2,       &         'INTERP_VERT not allowed in this config'
435       .                                                           myThid)               CALL PRINT_ERROR( msgBuf , myThid )
436  C if fizhi is being  used, may need to get physics grid pressures               STOP 'ABNORMAL END: S/R DIAGNOSTICS_OUT'
437  #ifdef ALLOW_FIZHI             ENDIF
438             if(gdiag(ndId)(10:10) .EQ. 'L')then            ENDIF
            call diagnostics_get_pointers('FIZPRES ',ipoint2,jpoint2,  
      .                                                           myThid)  
            endif  
 #endif  
            if( jpoint1.ne.0 .and. jpoint2.ne.0) foundp = .true.  
   
            if(.not. foundp) then  
             WRITE(msgBuf,'(3A)') 'DIAGNOSTICS_OUT: ',  
      .    ' Have asked for pressure interpolation but have not ',  
      .    ' Activated surface and 3D pressure diagnostic, ',  
      .    ' RSURF and PRESSURE'  
             CALL PRINT_ERROR( msgBuf , myThid )  
             STOP 'ABNORMAL END: S/R DIAGNOSTICS_OUT'  
            endif  
   
            DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)  
             DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  
              call getdiag(1,undef,qtmpsrf(1-OLx,1-OLy,bi,bj),  
      .                       jpoint1,0,ipoint1,0,bi,bj,myThid)  
             ENDDO  
            ENDDO  
            DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)  
             DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  
              DO k = 1,nlevels(listId)  
               call getdiag(levs(k,listId),undef,  
      .          qtmp2(1-OLx,1-OLy,k,bi,bj),jpoint2,0,ipoint2,0,  
      .          bi,bj,myThid)  
              ENDDO  
             ENDDO  
            ENDDO  
           endif  
 #else  
 C If nonlinear free surf is off, get pressures from rC and rF arrays  
           DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)  
            DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  
             DO j = 1-OLy,sNy+OLy  
              DO i = 1-OLx,sNx+OLx  
               qtmpsrf(i,j,bi,bj) = rF(1)  
              ENDDO  
             ENDDO  
             DO j = 1-OLy,sNy+OLy  
              DO i = 1-OLx,sNx+OLx  
               DO k = 1,nlevels(listId)  
                qtmp2(i,j,k,bi,bj) = rC(k)  
               ENDDO  
              ENDDO  
             ENDDO  
            ENDDO  
           ENDDO  
 #endif  
 C Load p to the kappa into a temporary array  
           nlevsout = nplevs  
           DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)  
            DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)  
             DO j = 1,sNy  
              DO i = 1,sNx  
               pksrf(i,j) = qtmpsrf(i,j,bi,bj) ** kappa  
               DO k = 1,nlevels(listId)  
                if(gdiag(ndId)(10:10).eq.'R') then  
                 if(hFacC(i,j,nlevels(listId)-k+1,bi,bj).ne.0.) then  
                  qinp(i,j,k) =  qtmp1(i,j,nlevels(listId)-k+1,bi,bj)  
                 else  
                  qinp(i,j,k) =  undef  
                 endif  
                 pkz(i,j,k) = qtmp2(i,j,nlevels(listId)-k+1,bi,bj)**kappa  
                elseif(gdiag(ndId)(10:10).eq.'L') then  
                 qinp(i,j,k) =  qtmp1(i,j,k,bi,bj)  
                 pkz(i,j,k) = qtmp2(i,j,k,bi,bj)**kappa  
                endif  
               ENDDO  
              ENDDO  
             ENDDO  
   
             DO k = 1,nplevs  
              if(fflags(listId)(3:3).eq.'1') then  
               p = plevs1(k)  
              elseif(fflags(listId)(3:3).eq.'2')then  
               p = plevs2(k)  
              endif  
              call prestopres(qprs(1,1,k),qinp,pkz,pksrf,0.,p,sNx,sNy,  
      .                                                 nlevels(listId) )  
             ENDDO  
   
             DO j = 1,sNy  
              DO i = 1,sNx  
               DO k = 1,nlevsout  
                qtmp1(i,j,k,bi,bj) =  qprs(i,j,k)  
                if(qtmp1(i,j,k,bi,bj).eq.undef) qtmp1(i,j,k,bi,bj) = 0.  
               ENDDO  
              ENDDO  
             ENDDO  
            ENDDO  
           ENDDO  
439    
440           endif  C--    Ready to write field "md", element "lm" in averageCycle(listId)
441    
442  #ifdef ALLOW_MDSIO  C-        write to binary file, using MDSIO pkg:
443  C         Prepare for mdsio optionality            IF ( diag_mdsio ) THEN
444            IF (diag_mdsio) THEN              nRec = lm + (md-1)*averageCycle(listId)
445              IF (fflags(listId)(1:1) .EQ. ' ') THEN  C           default precision for output files
446  C             This is the old default behavior              prec = writeBinaryPrec
447                CALL MDSWRITEFIELD_NEW(fn,writeBinaryPrec,glf,'RL',  C           fFlag(1)=R(or D): force it to be 32-bit(or 64) precision
448       &             Nr+Nrphys,nlevsout,qtmp1,md,myIter,myThid)              IF ( fflags(listId)(1:1).EQ.'R' ) prec = precFloat32
449              ELSEIF (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'R') THEN              IF ( fflags(listId)(1:1).EQ.'D' ) prec = precFloat64
450  C             Force it to be 32-bit precision  C         a hack not to write meta files now: pass -nRec < 0 to MDS_WRITE S/R
451                CALL MDSWRITEFIELD_NEW(fn,precFloat32,glf,'RL',              CALL WRITE_REC_LEV_RL(
452       &             Nr+Nrphys,nlevsout,qtmp1,md,myIter,myThid)       I                            fn, prec,
453              ELSEIF (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'D') THEN       I                            NrMax, 1, nlevels(listId),
454  C             Force it to be 64-bit precision       I                            qtmp1, -nRec, myIter, myThid )
               CALL MDSWRITEFIELD_NEW(fn,precFloat64,glf,'RL',  
      &             Nr+Nrphys,nlevsout,qtmp1,md,myIter,myThid)  
             ENDIF  
455            ENDIF            ENDIF
 #endif /*  ALLOW_MDSIO  */  
456    
457  #ifdef ALLOW_MNC  #ifdef ALLOW_MNC
458            IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN            IF (useMNC .AND. diag_mnc) THEN
# Line 472  C           XY dimensions Line 478  C           XY dimensions
478              dim(2)       = sNy + 2*OLy              dim(2)       = sNy + 2*OLy
479              ib(1)        = OLx + 1              ib(1)        = OLx + 1
480              ib(2)        = OLy + 1              ib(2)        = OLy + 1
481              IF (gdiag(ndId)(2:2) .EQ. 'M') THEN              IF (gdiag(ndId)(2:2) .EQ. 'M') THEN
482                dn(1)(1:2) = 'X'                dn(1)(1:2) = 'X'
483                ie(1)      = OLx + sNx                ie(1)      = OLx + sNx
484                dn(2)(1:2) = 'Y'                dn(2)(1:2) = 'Y'
# Line 493  C           XY dimensions Line 499  C           XY dimensions
499                dn(2)(1:3) = 'Yp1'                dn(2)(1:3) = 'Yp1'
500                ie(2)      = OLy + sNy + 1                ie(2)      = OLy + sNy + 1
501              ENDIF              ENDIF
502                
503  C           Z is special since it varies  C           Z is special since it varies
504              WRITE(dn(3),'(a,i6.6)') 'Zd', nlevels(listId)              WRITE(dn(3),'(a,i6.6)') 'Zd', nlevels(listId)
505              IF ( (gdiag(ndId)(10:10) .EQ. 'R')              IF ( (gdiag(ndId)(10:10) .EQ. 'R')
# Line 508  C           Z is special since it varies Line 514  C           Z is special since it varies
514       &           .AND. (gdiag(ndId)(9:9) .EQ. 'U') ) THEN       &           .AND. (gdiag(ndId)(9:9) .EQ. 'U') ) THEN
515                WRITE(dn(3),'(a,i6.6)') 'Zud', nlevels(listId)                WRITE(dn(3),'(a,i6.6)') 'Zud', nlevels(listId)
516              ENDIF              ENDIF
517              dim(3) = Nr+Nrphys              dim(3) = NrMax
518              ib(3)  = 1              ib(3)  = 1
519              ie(3)  = nlevels(listId)              ie(3)  = nlevels(listId)
520    
# Line 518  C           Time dimension Line 524  C           Time dimension
524              ib(4)  = 1              ib(4)  = 1
525              ie(4)  = 1              ie(4)  = 1
526    
527              CALL MNC_CW_ADD_GNAME(d_cw_name, 4,              CALL MNC_CW_ADD_GNAME(d_cw_name, 4,
528       &             dim, dn, ib, ie, myThid)       &             dim, dn, ib, ie, myThid)
529              CALL MNC_CW_ADD_VNAME(cdiag(ndId), d_cw_name,              CALL MNC_CW_ADD_VNAME(cdiag(ndId), d_cw_name,
530       &             4,5, myThid)       &             4,5, myThid)
531              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'description',              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'description',
532       &             tdiag(ndId),myThid)       &             tdiag(ndId),myThid)
533              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'units',              CALL MNC_CW_ADD_VATTR_TEXT(cdiag(ndId),'units',
534       &             udiag(ndId),myThid)       &             udiag(ndId),myThid)
535    
536              IF ((fflags(listId)(1:1) .EQ. ' ')  C     Missing values only for scalar diagnostics at mass points (so far)
537       &           .OR. (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'R')) THEN              useMisValForThisDiag = useMissingValue
538         &           .AND.gdiag(ndId)(1:2).EQ.'SM'
539                IF ( useMisValForThisDiag ) THEN
540    C     assign missing values and set flag for adding the netCDF atttibute
541                 CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(cdiag(ndId), 2,
542         I            misval_r8, misval_r4, misval_int,
543         I            myThid )
544    C     and now use the missing values for masking out the land points
545                 DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
546                  DO bi = myBxLo(myThid), myBxHi(myThid)
547                   DO k = 1,nlevels(listId)
548                    klev = NINT(levs(k,listId))
549                    DO j = 1-OLy,sNy+OLy
550                     DO i = 1-OLx,sNx+OLx
551                      IF ( maskC(i,j,klev,bi,bj) .EQ. 0. )
552         &                 qtmp1(i,j,k,bi,bj) = misvalLoc
553                     ENDDO
554                    ENDDO
555                   ENDDO
556                  ENDDO
557                 ENDDO
558                ELSE
559    C     suppress the missing value attribute (iflag = 0)
560    C     Note: We have to call the following subroutine for each mnc that has
561    C     been created "on the fly" by mnc_cw_add_vname and will be deleted
562    C     by mnc_cw_del_vname, because all of these variables use the same
563    C     identifier so that mnc_cw_vfmv(indv) needs to be overwritten for
564    C     each of these variables
565                 CALL MNC_CW_VATTR_MISSING(cdiag(ndId), 0,
566         I            misval_r8, misval_r4, misval_int,
567         I            myThid )
568                ENDIF
569    
570                IF (  ((writeBinaryPrec .EQ. precFloat32)
571         &            .AND. (fflags(listId)(1:1) .NE. 'D'))
572         &             .OR. (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'R') ) THEN
573                CALL MNC_CW_RL_W('R',diag_mnc_bn,0,0,                CALL MNC_CW_RL_W('R',diag_mnc_bn,0,0,
574       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)
575              ELSEIF (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'D') THEN              ELSEIF ( (writeBinaryPrec .EQ. precFloat64)
576         &             .OR. (fflags(listId)(1:1) .EQ. 'D') ) THEN
577                CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,                CALL MNC_CW_RL_W('D',diag_mnc_bn,0,0,
578       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)       &             cdiag(ndId), qtmp1, myThid)
579              ENDIF              ENDIF
580                
581              CALL MNC_CW_DEL_VNAME(cdiag(ndId), myThid)              CALL MNC_CW_DEL_VNAME(cdiag(ndId), myThid)
582              CALL MNC_CW_DEL_GNAME(d_cw_name, myThid)              CALL MNC_CW_DEL_GNAME(d_cw_name, myThid)
583    
# Line 544  C           Time dimension Line 586  C           Time dimension
586            ENDIF            ENDIF
587  #endif /*  ALLOW_MNC  */  #endif /*  ALLOW_MNC  */
588    
589    C--      end loop on lm (or ll if ALLOW_MNC) counter
590             ENDDO
591  C--     end of Processing Fld # md  C--     end of Processing Fld # md
592          ENDIF          ENDIF
593           ENDDO
594    
595    #ifdef ALLOW_MNC
596    C--   end loop on jj counter
597        ENDDO        ENDDO
598    #endif
599    
600    #ifdef ALLOW_MDSIO
601          IF (diag_mdsio) THEN
602    C-    Note: temporary: since it's a pain to add more arguments to
603    C     all MDSIO S/R, uses instead this specific S/R to write only
604    C     meta files but with more informations in it.
605                glf = globalFiles
606                nRec = nfields(listId)*averageCycle(listId)
607                CALL MDS_WR_METAFILES(fn, prec, glf, .FALSE.,
608         &              0, 0, nlevels(listId), ' ',
609         &              nfields(listId), flds(1,listId), nTimRec, timeRec,
610         &              nRec, myIter, myThid)
611          ENDIF
612    #endif /*  ALLOW_MDSIO  */
613    
614        RETURN        RETURN
615        END        END
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