/[MITgcm]/MITgcm/model/src/dynamics.F
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revision 1.51 by heimbach, Wed Jun 21 20:46:31 2000 UTC revision 1.54.2.13 by jmc, Wed Jan 31 16:14:04 2001 UTC
# Line 20  C     | ===== Line 20  C     | =====
20  C     | C*P* comments indicating place holders for which code is |  C     | C*P* comments indicating place holders for which code is |
21  C     |      presently being developed.                          |  C     |      presently being developed.                          |
22  C     \==========================================================/  C     \==========================================================/
 c  
 c     changed: Patrick Heimbach heimbach@mit.edu 6-Jun-2000  
 c              - computation of ikey wrong for nTx,nTy > 1  
 c                and/or nsx,nsy > 1: act1 and act2 were  
 c                mixed up.  
   
23        IMPLICIT NONE        IMPLICIT NONE
24    
25  C     == Global variables ===  C     == Global variables ===
# Line 37  C     == Global variables === Line 31  C     == Global variables ===
31  #include "GRID.h"  #include "GRID.h"
32    
33  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
34  #include "tamc.h"  # include "tamc.h"
35  #include "tamc_keys.h"  # include "tamc_keys.h"
36    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
37    
38    #ifdef ALLOW_KPP
39    # include "KPP.h"
40  #endif  #endif
41    
42  C     == Routine arguments ==  C     == Routine arguments ==
# Line 60  C                              o rVel: Line 58  C                              o rVel:
58  C                                        lower cell faces.  C                                        lower cell faces.
59  C     maskC,maskUp             o maskC: land/water mask for tracer cells  C     maskC,maskUp             o maskC: land/water mask for tracer cells
60  C                              o maskUp: land/water mask for W points  C                              o maskUp: land/water mask for W points
61  C     aTerm, xTerm, cTerm    - Work arrays for holding separate terms in  C     fVer[STUV]               o fVer: Vertical flux term - note fVer
 C     mTerm, pTerm,            tendency equations.  
 C     fZon, fMer, fVer[STUV]   o aTerm: Advection term  
 C                              o xTerm: Mixing term  
 C                              o cTerm: Coriolis term  
 C                              o mTerm: Metric term  
 C                              o pTerm: Pressure term  
 C                              o fZon: Zonal flux term  
 C                              o fMer: Meridional flux term  
 C                              o fVer: Vertical flux term - note fVer  
62  C                                      is "pipelined" in the vertical  C                                      is "pipelined" in the vertical
63  C                                      so we need an fVer for each  C                                      so we need an fVer for each
64  C                                      variable.  C                                      variable.
65  C     rhoK, rhoKM1   - Density at current level, level above and level  C     rhoK, rhoKM1   - Density at current level, and level above
 C                      below.  
 C     rhoKP1                                                                    
 C     buoyK, buoyKM1 - Buoyancy at current level and level above.  
66  C     phiHyd         - Hydrostatic part of the potential phiHydi.  C     phiHyd         - Hydrostatic part of the potential phiHydi.
67  C                      In z coords phiHydiHyd is the hydrostatic  C                      In z coords phiHydiHyd is the hydrostatic
68  C                      pressure anomaly  C                      pressure anomaly
# Line 90  C     KappaRS          (background + spa Line 76  C     KappaRS          (background + spa
76  C     iMin, iMax     - Ranges and sub-block indices on which calculations  C     iMin, iMax     - Ranges and sub-block indices on which calculations
77  C     jMin, jMax       are applied.  C     jMin, jMax       are applied.
78  C     bi, bj  C     bi, bj
79  C     k, kUp,        - Index for layer above and below. kUp and kDown  C     k, kup,        - Index for layer above and below. kup and kDown
80  C     kDown, kM1       are switched with layer to be the appropriate  C     kDown, km1       are switched with layer to be the appropriate
81  C                      index into fVerTerm.  C                      index into fVerTerm.
82        _RS xA      (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RS xA      (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
83        _RS yA      (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RS yA      (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
# Line 101  C                      index into fVerTe Line 87  C                      index into fVerTe
87        _RL rVel    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL rVel    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
88        _RS maskC   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RS maskC   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
89        _RS maskUp  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RS maskUp  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
       _RL aTerm   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL xTerm   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL cTerm   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL mTerm   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL pTerm   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL fZon    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL fMer    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
90        _RL fVerT   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL fVerT   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
91        _RL fVerS   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL fVerS   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
92        _RL fVerU   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL fVerU   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
93        _RL fVerV   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL fVerV   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
94        _RL phiHyd  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL phiHyd  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
95        _RL rhokm1  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL rhokm1  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
       _RL rhokp1  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
96        _RL rhok    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL rhok    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
       _RL buoyKM1 (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL buoyK   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL rhotmp  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL etaSurfX(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL etaSurfY(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
97        _RL KappaRT (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)        _RL KappaRT (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)
98        _RL KappaRS (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)        _RL KappaRS (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)
99        _RL KappaRU (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)        _RL KappaRU (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)
# Line 129  C                      index into fVerTe Line 102  C                      index into fVerTe
102        _RL sigmaY  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL sigmaY  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
103        _RL sigmaR  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL sigmaR  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
104    
105  #ifdef INCLUDE_CONVECT_CALL  C This is currently also used by IVDC and Diagnostics
106    C #ifdef INCLUDE_CONVECT_CALL
107        _RL ConvectCount (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL ConvectCount (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
108  #endif  C #endif
109    
110        INTEGER iMin, iMax        INTEGER iMin, iMax
111        INTEGER jMin, jMax        INTEGER jMin, jMax
112        INTEGER bi, bj        INTEGER bi, bj
113        INTEGER i, j        INTEGER i, j
114        INTEGER k, kM1, kUp, kDown        INTEGER k, km1, kup, kDown
       LOGICAL BOTTOM_LAYER  
115    
116  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
117        INTEGER    isbyte        INTEGER    isbyte
# Line 148  C                      index into fVerTe Line 121  C                      index into fVerTe
121        INTEGER max1, max2, max3        INTEGER max1, max2, max3
122        INTEGER iikey, kkey        INTEGER iikey, kkey
123        INTEGER maximpl        INTEGER maximpl
124  #endif  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
125    
126  C---    The algorithm...  C---    The algorithm...
127  C  C
# Line 163  C Line 136  C
136  C       "Calculation of Gs"  C       "Calculation of Gs"
137  C       ===================  C       ===================
138  C       This is where all the accelerations and tendencies (ie.  C       This is where all the accelerations and tendencies (ie.
139  C       phiHydysics, parameterizations etc...) are calculated  C       physics, parameterizations etc...) are calculated
140  C         rVel = sum_r ( div. u[n] )  C         rVel = sum_r ( div. u[n] )
141  C         rho = rho ( theta[n], salt[n] )  C         rho = rho ( theta[n], salt[n] )
142  C         b   = b(rho, theta)  C         b   = b(rho, theta)
# Line 198  C--- Line 171  C---
171  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
172  C--   dummy statement to end declaration part  C--   dummy statement to end declaration part
173        ikey = 1        ikey = 1
174  #endif  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
175    
176  C--   Set up work arrays with valid (i.e. not NaN) values  C--   Set up work arrays with valid (i.e. not NaN) values
177  C     These inital values do not alter the numerical results. They  C     These inital values do not alter the numerical results. They
# Line 211  C     uninitialised but inert locations. Line 184  C     uninitialised but inert locations.
184          yA(i,j)      = 0. _d 0          yA(i,j)      = 0. _d 0
185          uTrans(i,j)  = 0. _d 0          uTrans(i,j)  = 0. _d 0
186          vTrans(i,j)  = 0. _d 0          vTrans(i,j)  = 0. _d 0
187          aTerm(i,j)   = 0. _d 0          DO k=1,Nr
188          xTerm(i,j)   = 0. _d 0           phiHyd(i,j,k)  = 0. _d 0
         cTerm(i,j)   = 0. _d 0  
         mTerm(i,j)   = 0. _d 0  
         pTerm(i,j)   = 0. _d 0  
         fZon(i,j)    = 0. _d 0  
         fMer(i,j)    = 0. _d 0  
         DO K=1,Nr  
          phiHyd (i,j,k)  = 0. _d 0  
189           KappaRU(i,j,k) = 0. _d 0           KappaRU(i,j,k) = 0. _d 0
190           KappaRV(i,j,k) = 0. _d 0           KappaRV(i,j,k) = 0. _d 0
191           sigmaX(i,j,k) = 0. _d 0           sigmaX(i,j,k) = 0. _d 0
# Line 228  C     uninitialised but inert locations. Line 194  C     uninitialised but inert locations.
194          ENDDO          ENDDO
195          rhoKM1 (i,j) = 0. _d 0          rhoKM1 (i,j) = 0. _d 0
196          rhok   (i,j) = 0. _d 0          rhok   (i,j) = 0. _d 0
         rhoKP1 (i,j) = 0. _d 0  
         rhoTMP (i,j) = 0. _d 0  
         buoyKM1(i,j) = 0. _d 0  
         buoyK  (i,j) = 0. _d 0  
197          maskC  (i,j) = 0. _d 0          maskC  (i,j) = 0. _d 0
198         ENDDO         ENDDO
199        ENDDO        ENDDO
# Line 239  C     uninitialised but inert locations. Line 201  C     uninitialised but inert locations.
201    
202  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
203  C--   HPF directive to help TAMC  C--   HPF directive to help TAMC
204  !HPF$ INDEPENDENT  CHPF$ INDEPENDENT
205  #endif  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
206    
207        DO bj=myByLo(myThid),myByHi(myThid)        DO bj=myByLo(myThid),myByHi(myThid)
208    
209  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
210  C--    HPF directive to help TAMC  C--    HPF directive to help TAMC
211  !HPF$  INDEPENDENT, NEW (rTrans,rVel,fVerT,fVerS,fVerU,fVerV  CHPF$  INDEPENDENT, NEW (rTrans,rVel,fVerT,fVerS,fVerU,fVerV
212  !HPF$&                  ,phiHyd,  CHPF$&                  ,phiHyd,utrans,vtrans,maskc,xA,yA
213  !HPF$&                  ,utrans,vtrans,maskc,xA,yA  CHPF$&                  ,KappaRT,KappaRS,KappaRU,KappaRV
214  !HPF$&                  ,KappaRT,KappaRS,KappaRU,KappaRV  CHPF$&                  )
215  !HPF$&                  )  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
 #endif  
216    
217         DO bi=myBxLo(myThid),myBxHi(myThid)         DO bi=myBxLo(myThid),myBxHi(myThid)
218    
# Line 270  C--    HPF directive to help TAMC Line 231  C--    HPF directive to help TAMC
231            ikey = (act1 + 1) + act2*max1            ikey = (act1 + 1) + act2*max1
232       &                      + act3*max1*max2       &                      + act3*max1*max2
233       &                      + act4*max1*max2*max3       &                      + act4*max1*max2*max3
234  #endif  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
235    
236  C--     Set up work arrays that need valid initial values  C--     Set up work arrays that need valid initial values
237          DO j=1-OLy,sNy+OLy          DO j=1-OLy,sNy+OLy
# Line 286  C--     Set up work arrays that need val Line 247  C--     Set up work arrays that need val
247            fVerU (i,j,2) = 0. _d 0            fVerU (i,j,2) = 0. _d 0
248            fVerV (i,j,1) = 0. _d 0            fVerV (i,j,1) = 0. _d 0
249            fVerV (i,j,2) = 0. _d 0            fVerV (i,j,2) = 0. _d 0
           phiHyd(i,j,1) = 0. _d 0  
250           ENDDO           ENDDO
251          ENDDO          ENDDO
252    
# Line 308  C--     Set up work arrays that need val Line 268  C--     Set up work arrays that need val
268          jMax = sNy+OLy          jMax = sNy+OLy
269    
270    
271          K = 1  C--     Start of diagnostic loop
272          BOTTOM_LAYER = K .EQ. Nr          DO k=Nr,1,-1
   
 #ifdef DO_PIPELINED_CORRECTION_STEP  
 C--     Calculate gradient of surface pressure  
         CALL CALC_GRAD_ETA_SURF(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,  
      O       etaSurfX,etaSurfY,  
      I       myThid)  
 C--     Update fields in top level according to tendency terms  
         CALL CORRECTION_STEP(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,  
      I       etaSurfX,etaSurfY,myTime,myThid)  
   
 #ifdef ALLOW_OBCS  
         IF (openBoundaries) THEN  
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE uvel (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE vvel (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE theta(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE salt(:,:,k,bi,bj)   = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 #endif  
            CALL APPLY_OBCS1( bi, bj, K, myThid )  
         END IF  
 #endif  
   
         IF ( .NOT. BOTTOM_LAYER ) THEN  
 C--      Update fields in layer below according to tendency terms  
          CALL CORRECTION_STEP(  
      I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K+1,  
      I        etaSurfX,etaSurfY,myTime,myThid)  
 #ifdef ALLOW_OBCS  
          IF (openBoundaries) THEN  
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE uvel (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE vvel (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE theta(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE salt(:,:,k,bi,bj)   = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 #endif  
             CALL APPLY_OBCS1( bi, bj, K+1, myThid )  
          END IF  
 #endif  
         ENDIF  
 #endif  
 C--     Density of 1st level (below W(1)) reference to level 1  
 #ifdef  INCLUDE_FIND_RHO_CALL  
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE theta(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE salt (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 #endif  
         CALL FIND_RHO(  
      I     bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K, K, eosType,  
      O     rhoKm1,  
      I     myThid )  
 #endif  
   
         IF (       (.NOT. BOTTOM_LAYER)  
      &     ) THEN  
 C--      Check static stability with layer below  
 C--      and mix as needed.  
 #ifdef  INCLUDE_FIND_RHO_CALL  
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE theta(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE salt (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 #endif  
          CALL FIND_RHO(  
      I      bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K+1, K, eosType,  
      O      rhoKp1,  
      I      myThid )  
 #endif  
   
 #ifdef  INCLUDE_CONVECT_CALL  
   
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE rhoKm1(:,:)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE rhoKp1(:,:)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 #endif  
          CALL CONVECT(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K+1,rhoKm1,rhoKp1,  
      U       ConvectCount,  
      I       myTime,myIter,myThid)  
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE theta(:,:,k+1,bi,bj),theta(:,:,k,bi,bj)  
 CADJ &     = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 CADJ STORE salt (:,:,k+1,bi,bj),salt (:,:,k,bi,bj)  
 CADJ &     = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 #endif  
   
 #endif  
   
 C--      Implicit Vertical Diffusion for Convection  
          IF (ivdc_kappa.NE.0.) CALL CALC_IVDC(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K+1,rhoKm1,rhoKp1,  
      U       ConvectCount, KappaRT, KappaRS,  
      I       myTime,myIter,myThid)  
 CRG: do we need do store STORE KappaRT, KappaRS ?  
   
 C--      Recompute density after mixing  
 #ifdef  INCLUDE_FIND_RHO_CALL  
          CALL FIND_RHO(  
      I      bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K, K, eosType,  
      O      rhoKm1,  
      I      myThid )  
 #endif  
         ENDIF  
 C--     Calculate buoyancy  
         CALL CALC_BUOYANCY(  
      I      bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,rhoKm1,  
      O      buoyKm1,  
      I      myThid )  
 C--     Integrate hydrostatic balance for phiHyd with BC of  
 C--     phiHyd(z=0)=0  
         CALL CALC_PHI_HYD(  
      I      bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,buoyKm1,buoyKm1,  
      U      phiHyd,  
      I      myThid )  
         CALL GRAD_SIGMA(  
      I            bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K,  
      I            rhoKm1, rhoKm1, rhoKm1,  
      O            sigmaX, sigmaY, sigmaR,  
      I            myThid )  
   
 C--     Start of downward loop  
         DO K=2,Nr  
273    
274  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
275    C? Patrick, is this formula correct now that we change the loop range?
276    C? Do we still need this?
277           kkey = (ikey-1)*(Nr-2+1) + (k-2) + 1           kkey = (ikey-1)*(Nr-2+1) + (k-2) + 1
278  #endif  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
   
          BOTTOM_LAYER = K .EQ. Nr  
   
 #ifdef DO_PIPELINED_CORRECTION_STEP  
          IF ( .NOT. BOTTOM_LAYER ) THEN  
 C--       Update fields in layer below according to tendency terms  
           CALL CORRECTION_STEP(  
      I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K+1,  
      I         etaSurfX,etaSurfY,myTime,myThid)  
 #ifdef ALLOW_OBCS  
           IF (openBoundaries) THEN  
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE uvel (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE vvel (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE theta(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE salt(:,:,k,bi,bj)   = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  
 #endif  
              CALL APPLY_OBCS1( bi, bj, K+1, myThid )  
           END IF  
 #endif  
          ENDIF  
 #endif  
279    
280  C--      Density of K level (below W(K)) reference to K level  C--       Integrate continuity vertically for vertical velocity
281  #ifdef  INCLUDE_FIND_RHO_CALL            CALL INTEGRATE_FOR_W(
282  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC       I                         bi, bj, k, uVel, vVel,
283  CADJ STORE theta(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte       O                         wVel,
284  CADJ STORE salt (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte       I                         myThid )
285  #endif  
286           CALL FIND_RHO(  #ifdef    ALLOW_OBCS
287       I      bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,  K, K, eosType,  #ifdef    ALLOW_NONHYDROSTATIC
288       O      rhoK,  C--       Calculate future values on open boundaries
289       I      myThid )            IF (useOBCS.AND.nonHydrostatic) THEN
290  #endif              CALL OBCS_APPLY_W( bi, bj, k, wVel, myThid )
291           IF (       (.NOT. BOTTOM_LAYER)            ENDIF
292       &      ) THEN  #endif    /* ALLOW_NONHYDROSTATIC */
293  C--       Check static stability with layer below and mix as needed.  #endif    /* ALLOW_OBCS */
294  C--       Density of K+1 level (below W(K+1)) reference to K level.  
295  #ifdef  INCLUDE_FIND_RHO_CALL  C--       Calculate gradients of potential density for isoneutral
296  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  C         slope terms (e.g. GM/Redi tensor or IVDC diffusivity)
297  CADJ STORE theta(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  c         IF ( k.GT.1 .AND. (useGMRedi.OR.ivdc_kappa.NE.0.) ) THEN
298  CADJ STORE salt (:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte            IF ( useGMRedi .OR. (k.GT.1 .AND. ivdc_kappa.NE.0.) ) THEN
299  #endif              CALL FIND_RHO(
300            CALL FIND_RHO(       I        bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k, k, eosType,
301       I       bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,  K+1, K, eosType,       I        theta, salt,
302       O       rhoKp1,       O        rhoK,
      I       myThid )  
 #endif  
   
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE rhok  (:,:)   = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE rhoKm1(:,:)   = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE rhoKp1(:,:)   = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 #endif  
   
 #ifdef  INCLUDE_CONVECT_CALL  
           CALL CONVECT(  
      I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K+1,rhoK,rhoKp1,  
      U        ConvectCount,  
      I        myTime,myIter,myThid)  
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 CADJ STORE theta(:,:,k+1,bi,bj),theta(:,:,k,bi,bj)  
 CADJ &     = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE salt (:,:,k+1,bi,bj),salt (:,:,k,bi,bj)  
 CADJ &     = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 #endif  
 #endif  
   
 C--      Implicit Vertical Diffusion for Convection  
          IF (ivdc_kappa.NE.0.) THEN  
             CALL CALC_IVDC(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K+1,rhoKm1,rhoKp1,  
      U       ConvectCount, KappaRT, KappaRS,  
      I       myTime,myIter,myThid)  
 CRG: do we need do store STORE KappaRT, KappaRS ?  
          END IF  
   
 C--       Recompute density after mixing  
 #ifdef  INCLUDE_FIND_RHO_CALL  
           CALL FIND_RHO(  
      I       bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K, K, eosType,  
      O       rhoK,  
      I       myThid )  
 #endif  
          ENDIF  
 C--      Calculate buoyancy  
          CALL CALC_BUOYANCY(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,rhoK,  
      O       buoyK,  
      I       myThid )  
 C--      Integrate hydrostatic balance for phiHyd with BC of  
 C--      phiHyd(z=0)=0  
          CALL CALC_PHI_HYD(  
      I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,buoyKm1,buoyK,  
      U        phiHyd,  
303       I        myThid )       I        myThid )
304  C--      Calculate iso-neutral slopes for the GM/Redi parameterisation              IF (k.GT.1) CALL FIND_RHO(
305  #ifdef  INCLUDE_FIND_RHO_CALL       I        bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k-1, k, eosType,
306           CALL FIND_RHO(       I        theta, salt,
307       I        bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K-1, K, eosType,       O        rhoKm1,
      O        rhoTmp,  
308       I        myThid )       I        myThid )
309  #endif              CALL GRAD_SIGMA(
310           CALL GRAD_SIGMA(       I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k,
311       I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K,       I             rhoK, rhoKm1, rhoK,
      I             rhoK, rhotmp, rhoK,  
312       O             sigmaX, sigmaY, sigmaR,       O             sigmaX, sigmaY, sigmaR,
313       I             myThid )       I             myThid )
314              ENDIF
315    
316    C--       Implicit Vertical Diffusion for Convection
317    c ==> should use sigmaR !!!
318              IF (k.GT.1 .AND. ivdc_kappa.NE.0.) THEN
319                CALL CALC_IVDC(
320         I        bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k,
321         I        rhoKm1, rhoK,
322         U        ConvectCount, KappaRT, KappaRS,
323         I        myTime, myIter, myThid)
324              END IF
325    
326           DO J=jMin,jMax  C--     end of diagnostic k loop (Nr:1)
           DO I=iMin,iMax  
 #ifdef  INCLUDE_FIND_RHO_CALL  
            rhoKm1 (I,J) = rhoK(I,J)  
 #endif  
            buoyKm1(I,J) = buoyK(I,J)  
           ENDDO  
          ENDDO  
327          ENDDO          ENDDO
 C--     end of k loop  
328    
329  #ifdef ALLOW_GMREDI  #ifdef  ALLOW_OBCS
330  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  C--     Calculate future values on open boundaries
331  CADJ STORE rhoTmp(:,:)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte          IF (useOBCS) THEN
332  CADJ STORE rhok  (:,:)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte            CALL OBCS_CALC( bi, bj, myTime+deltaT,
333  CADJ STORE rhoKm1(:,:)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte       I            uVel, vVel, wVel, theta, salt,
334  #endif       I            myThid )
335          DO K=1, Nr          ENDIF
336           IF (use_GMRedi) CALL GMREDI_CALC_TENSOR(  #endif  /* ALLOW_OBCS */
337       I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K,  
338    C--     Determines forcing terms based on external fields
339    C       relaxation terms, etc.
340            CALL EXTERNAL_FORCING_SURF(
341         I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
342         I             myThid )
343    
344    #ifdef  ALLOW_GMREDI
345    C--     Calculate iso-neutral slopes for the GM/Redi parameterisation
346            IF (useGMRedi) THEN
347              DO k=1,Nr
348                CALL GMREDI_CALC_TENSOR(
349         I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k,
350       I             sigmaX, sigmaY, sigmaR,       I             sigmaX, sigmaY, sigmaR,
351       I             myThid )       I             myThid )
352          ENDDO            ENDDO
353  #endif          ENDIF
354    #endif  /* ALLOW_GMREDI */
355    
356    #ifdef  ALLOW_KPP
357    C--     Compute KPP mixing coefficients
358            IF (useKPP) THEN
359              CALL KPP_CALC(
360         I                  bi, bj, myTime, myThid )
361            ENDIF
362    #endif  /* ALLOW_KPP */
363    
364  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
365  CADJ STORE theta(:,:,:,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  CADJ STORE KappaRT(:,:,:)     = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
366  CADJ STORE salt (:,:,:,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  CADJ STORE KappaRS(:,:,:)     = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
367  CADJ STORE uvel (:,:,:,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  CADJ STORE theta(:,:,:,bi,bj) = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
368  CADJ STORE vvel (:,:,:,bi,bj)  = comlev1_2d, key = ikey, byte = isbyte  CADJ STORE salt (:,:,:,bi,bj) = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
369  #endif  CADJ STORE uvel (:,:,:,bi,bj) = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
370    CADJ STORE vvel (:,:,:,bi,bj) = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
371    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
372    
373    #ifdef ALLOW_AIM
374    C       AIM - atmospheric intermediate model, physics package code.
375    C note(jmc) : phiHyd=0 at this point but is not really used in Molteni Physics
376            IF ( useAIM ) THEN
377             CALL TIMER_START('AIM_DO_ATMOS_PHYS      [DYNAMICS]', myThid)
378             CALL AIM_DO_ATMOS_PHYSICS( phiHyd, myTime, myThid )
379             CALL TIMER_STOP ('AIM_DO_ATMOS_PHYS      [DYNAMICS]', myThid)
380            ENDIF
381    #endif /* ALLOW_AIM */
382    
 #ifdef ALLOW_KPP  
 C--     Compute KPP mixing coefficients  
         CALL TIMER_START('KPP_CALC               [DYNAMICS]', myThid)  
         CALL KPP_CALC(  
      I               bi, bj, myTime, myThid )  
         CALL TIMER_STOP ('KPP_CALC               [DYNAMICS]', myThid)  
 #endif  
383    
384  C--     Start of upward loop  C--     Start of thermodynamics loop
385          DO K = Nr, 1, -1          DO k=Nr,1,-1
386    
387    C--       km1    Points to level above k (=k-1)
388    C--       kup    Cycles through 1,2 to point to layer above
389    C--       kDown  Cycles through 2,1 to point to current layer
390    
391           kM1  =max(1,k-1)   ! Points to level above k (=k-1)            km1  = MAX(1,k-1)
392           kUp  =1+MOD(k+1,2) ! Cycles through 1,2 to point to layer above            kup  = 1+MOD(k+1,2)
393           kDown=1+MOD(k,2)   ! Cycles through 2,1 to point to current layer            kDown= 1+MOD(k,2)
394    
395           iMin = 1-OLx+2            iMin = 1-OLx+2
396           iMax = sNx+OLx-1            iMax = sNx+OLx-1
397           jMin = 1-OLy+2            jMin = 1-OLy+2
398           jMax = sNy+OLy-1            jMax = sNy+OLy-1
399    
400  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
401    CPatrick Is this formula correct?
402           kkey = (ikey-1)*(Nr-1+1) + (k-1) + 1           kkey = (ikey-1)*(Nr-1+1) + (k-1) + 1
403  #endif  CADJ STORE rvel  (:,:,kDown) = comlev1_bibj_k, key = kkey, byte = isbyte
404    CADJ STORE rTrans(:,:)       = comlev1_bibj_k, key = kkey, byte = isbyte
405  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  CADJ STORE KappaRT(:,:,:)    = comlev1_bibj_k, key = kkey, byte = isbyte
406  CADJ STORE rvel  (:,:,kDown)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  CADJ STORE KappaRS(:,:,:)    = comlev1_bibj_k, key = kkey, byte = isbyte
407  CADJ STORE rTrans(:,:)        = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
 CADJ STORE KappaRT(:,:,:)     = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE KappaRS(:,:,:)     = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 #endif  
408    
409  C--      Get temporary terms used by tendency routines  C--      Get temporary terms used by tendency routines
410           CALL CALC_COMMON_FACTORS (           CALL CALC_COMMON_FACTORS (
411       I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,kM1,kUp,kDown,       I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,km1,kup,kDown,
412       O        xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,rVel,maskC,maskUp,       O        xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,rVel,maskC,maskUp,
413       I        myThid)       I        myThid)
414    
 #ifdef ALLOW_OBCS  
         IF (openBoundaries) THEN  
          CALL APPLY_OBCS3( bi, bj, K, Kup, rTrans, rVel, myThid )  
         ENDIF  
 #endif  
   
415  #ifdef  INCLUDE_CALC_DIFFUSIVITY_CALL  #ifdef  INCLUDE_CALC_DIFFUSIVITY_CALL
416  C--      Calculate the total vertical diffusivity  C--      Calculate the total vertical diffusivity
417           CALL CALC_DIFFUSIVITY(           CALL CALC_DIFFUSIVITY(
418       I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,       I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
419       I        maskC,maskUp,       I        maskC,maskup,
420       O        KappaRT,KappaRS,KappaRU,KappaRV,       O        KappaRT,KappaRS,KappaRU,KappaRV,
421       I        myThid)       I        myThid)
422  #endif  #endif
423  C--      Calculate accelerations in the momentum equations  
424           IF ( momStepping ) THEN  C--      Calculate active tracer tendencies (gT,gS,...)
425            CALL CALC_MOM_RHS(  C        and step forward storing result in gTnm1, gSnm1, etc.
      I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,kM1,kUp,kDown,  
      I         xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,rVel,maskC,  
      I         phiHyd,KappaRU,KappaRV,  
      U         aTerm,xTerm,cTerm,mTerm,pTerm,  
      U         fZon, fMer, fVerU, fVerV,  
      I         myTime, myThid)  
 #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  
 #ifdef INCLUDE_CD_CODE  
          ELSE  
             DO j=1-OLy,sNy+OLy  
                DO i=1-OLx,sNx+OLx  
                   guCD(i,j,k,bi,bj) = 0.0  
                   gvCD(i,j,k,bi,bj) = 0.0  
                END DO  
             END DO  
 #endif  
 #endif  
          ENDIF  
 C--      Calculate active tracer tendencies  
426           IF ( tempStepping ) THEN           IF ( tempStepping ) THEN
427            CALL CALC_GT(             CALL CALC_GT(
428       I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, k,kM1,kUp,kDown,       I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, k,km1,kup,kDown,
429       I         xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,maskUp,maskC,       I         xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,maskUp,maskC,
430       I         KappaRT,       I         KappaRT,
431       U         aTerm,xTerm,fZon,fMer,fVerT,       U         fVerT,
432       I         myTime, myThid)       I         myTime, myThid)
433               CALL TIMESTEP_TRACER(
434         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
435         I         theta, gT,
436         U         gTnm1,
437         I         myIter, myThid)
438           ENDIF           ENDIF
439           IF ( saltStepping ) THEN           IF ( saltStepping ) THEN
440            CALL CALC_GS(             CALL CALC_GS(
441       I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, k,kM1,kUp,kDown,       I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, k,km1,kup,kDown,
442       I         xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,maskUp,maskC,       I         xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,maskUp,maskC,
443       I         KappaRS,       I         KappaRS,
444       U         aTerm,xTerm,fZon,fMer,fVerS,       U         fVerS,
445       I         myTime, myThid)       I         myTime, myThid)
446               CALL TIMESTEP_TRACER(
447         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
448         I         salt, gS,
449         U         gSnm1,
450         I         myIter, myThid)
451           ENDIF           ENDIF
452  #ifdef ALLOW_OBCS  
453  C--      Calculate future values on open boundaries  #ifdef   ALLOW_OBCS
          IF (openBoundaries) THEN  
 Caja      CALL CYCLE_OBCS( K, bi, bj, myThid )  
           CALL SET_OBCS( K, bi, bj, myTime+deltaTclock, myThid )  
          ENDIF  
 #endif  
 C--      Prediction step (step forward all model variables)  
          CALL TIMESTEP(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,  
      I       myIter, myThid)  
 #ifdef ALLOW_OBCS  
454  C--      Apply open boundary conditions  C--      Apply open boundary conditions
455           IF (openBoundaries) THEN           IF (useOBCS) THEN
456  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC             CALL OBCS_APPLY_TS( bi, bj, k, gTnm1, gSnm1, myThid )
 CADJ STORE gunm1(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE gvnm1(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 CADJ STORE gwnm1(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  
 #endif  
             CALL APPLY_OBCS2( bi, bj, K, myThid )  
457           END IF           END IF
458  #endif  #endif   /* ALLOW_OBCS */
459    
460  C--      Freeze water  C--      Freeze water
461           IF (allowFreezing) THEN           IF (allowFreezing) THEN
462  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
463  CADJ STORE gTNm1(:,:,k,bi,bj)  = comlev1_3d, key = kkey, byte = isbyte  CADJ STORE gTNm1(:,:,k,bi,bj) = comlev1_bibj_k
464  #endif  CADJ &   , key = kkey, byte = isbyte
465              CALL FREEZE( bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K, myThid )  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
466                CALL FREEZE( bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k, myThid )
467           END IF           END IF
468    
469  #ifdef DIVG_IN_DYNAMICS  C--     end of thermodynamic k loop (Nr:1)
470  C--      Diagnose barotropic divergence of predicted fields          ENDDO
          CALL CALC_DIV_GHAT(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,  
      I       xA,yA,  
      I       myThid)  
 #endif /* DIVG_IN_DYNAMICS */  
   
 C--      Cumulative diagnostic calculations (ie. time-averaging)  
 #ifdef INCLUDE_DIAGNOSTICS_INTERFACE_CODE  
          IF (taveFreq.GT.0.) THEN  
           CALL DO_TIME_AVERAGES(  
      I                           myTime, myIter, bi, bj, K, kUp, kDown,  
      I                           rVel, ConvectCount,  
      I                           myThid )  
          ENDIF  
 #endif  
   
471    
         ENDDO ! K  
472    
473  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
474    CPatrick? What about this one?
475             maximpl = 6             maximpl = 6
476             iikey = (ikey-1)*maximpl             iikey = (ikey-1)*maximpl
477  #endif  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
478    
479  C--     Implicit diffusion  C--     Implicit diffusion
480          IF (implicitDiffusion) THEN          IF (implicitDiffusion) THEN
481    
482           IF (tempStepping) THEN            IF (tempStepping) THEN
483  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
484              idkey = iikey + 1              idkey = iikey + 1
485  #endif  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
486              CALL IMPLDIFF(              CALL IMPLDIFF(
487       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
488       I         deltaTtracer, KappaRT,recip_HFacC,       I         deltaTtracer, KappaRT, recip_HFacC,
489       U         gTNm1,       U         gTNm1,
490       I         myThid )       I         myThid )
491           END IF           ENDIF
492    
493           IF (saltStepping) THEN           IF (saltStepping) THEN
494  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
495           idkey = iikey + 2           idkey = iikey + 2
496  #endif  #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
497              CALL IMPLDIFF(              CALL IMPLDIFF(
498       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
499       I         deltaTtracer, KappaRS,recip_HFacC,       I         deltaTtracer, KappaRS, recip_HFacC,
500       U         gSNm1,       U         gSNm1,
501       I         myThid )       I         myThid )
502             ENDIF
503    
504    #ifdef   ALLOW_OBCS
505    C--      Apply open boundary conditions
506             IF (useOBCS) THEN
507               DO K=1,Nr
508                 CALL OBCS_APPLY_TS( bi, bj, k, gTnm1, gSnm1, myThid )
509               ENDDO
510           END IF           END IF
511    #endif   /* ALLOW_OBCS */
512    
513          ENDIF ! implicitDiffusion  C--     End If implicitDiffusion
514            ENDIF
515    
 C--     Implicit viscosity  
         IF (implicitViscosity) THEN  
516    
517           IF (momStepping) THEN  
518  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  C--     Start of dynamics loop
519           idkey = iikey + 3          DO k=1,Nr
520  #endif  
521    C--       km1    Points to level above k (=k-1)
522    C--       kup    Cycles through 1,2 to point to layer above
523    C--       kDown  Cycles through 2,1 to point to current layer
524    
525              km1  = MAX(1,k-1)
526              kup  = 1+MOD(k+1,2)
527              kDown= 1+MOD(k,2)
528    
529              iMin = 1-OLx+2
530              iMax = sNx+OLx-1
531              jMin = 1-OLy+2
532              jMax = sNy+OLy-1
533    
534    C--      Integrate hydrostatic balance for phiHyd with BC of
535    C        phiHyd(z=0)=0
536    C        distinguishe between Stagger and Non Stagger time stepping
537             IF (staggerTimeStep) THEN
538               CALL CALC_PHI_HYD(
539         I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
540         I        gTnm1, gSnm1,
541         U        phiHyd,
542         I        myThid )
543             ELSE
544               CALL CALC_PHI_HYD(
545         I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
546         I        theta, salt,
547         U        phiHyd,
548         I        myThid )
549             ENDIF
550    
551    C--      Calculate accelerations in the momentum equations (gU, gV, ...)
552    C        and step forward storing the result in gUnm1, gVnm1, etc...
553             IF ( momStepping ) THEN
554               CALL CALC_MOM_RHS(
555         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,kup,kDown,
556         I         phiHyd,KappaRU,KappaRV,
557         U         fVerU, fVerV,
558         I         myTime, myThid)
559               CALL TIMESTEP(
560         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,phiHyd,
561         I         myIter, myThid)
562    
563    #ifdef   ALLOW_OBCS
564    C--      Apply open boundary conditions
565             IF (useOBCS) THEN
566               CALL OBCS_APPLY_UV( bi, bj, k, gUnm1, gVnm1, myThid )
567             END IF
568    #endif   /* ALLOW_OBCS */
569    
570    #ifdef   ALLOW_AUTODIFF_TAMC
571    #ifdef   INCLUDE_CD_CODE
572             ELSE
573               DO j=1-OLy,sNy+OLy
574                 DO i=1-OLx,sNx+OLx
575                   guCD(i,j,k,bi,bj) = 0.0
576                   gvCD(i,j,k,bi,bj) = 0.0
577                 END DO
578               END DO
579    #endif   /* INCLUDE_CD_CODE */
580    #endif   /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
581             ENDIF
582    
583    
584    C--     end of dynamics k loop (1:Nr)
585            ENDDO
586    
587    
588    
589    C--     Implicit viscosity
590            IF (implicitViscosity.AND.momStepping) THEN
591    #ifdef    ALLOW_AUTODIFF_TAMC
592              idkey = iikey + 3
593    #endif    /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
594            CALL IMPLDIFF(            CALL IMPLDIFF(
595       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
596       I         deltaTmom, KappaRU,recip_HFacW,       I         deltaTmom, KappaRU,recip_HFacW,
597       U         gUNm1,       U         gUNm1,
598       I         myThid )       I         myThid )
599  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef    ALLOW_AUTODIFF_TAMC
600           idkey = iikey + 4            idkey = iikey + 4
601  #endif  #endif    /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
602            CALL IMPLDIFF(            CALL IMPLDIFF(
603       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
604       I         deltaTmom, KappaRV,recip_HFacS,       I         deltaTmom, KappaRV,recip_HFacS,
605       U         gVNm1,       U         gVNm1,
606       I         myThid )       I         myThid )
607    
608  #ifdef INCLUDE_CD_CODE  #ifdef   ALLOW_OBCS
609    C--      Apply open boundary conditions
610             IF (useOBCS) THEN
611               DO K=1,Nr
612                 CALL OBCS_APPLY_UV( bi, bj, k, gUnm1, gVnm1, myThid )
613               ENDDO
614             END IF
615    #endif   /* ALLOW_OBCS */
616    
617  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef    INCLUDE_CD_CODE
618           idkey = iikey + 5  #ifdef    ALLOW_AUTODIFF_TAMC
619  #endif            idkey = iikey + 5
620    #endif    /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
621            CALL IMPLDIFF(            CALL IMPLDIFF(
622       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
623       I         deltaTmom, KappaRU,recip_HFacW,       I         deltaTmom, KappaRU,recip_HFacW,
624       U         vVelD,       U         vVelD,
625       I         myThid )       I         myThid )
626  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef    ALLOW_AUTODIFF_TAMC
627          idkey = iikey + 6            idkey = iikey + 6
628  #endif  #endif    /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
629            CALL IMPLDIFF(            CALL IMPLDIFF(
630       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,       I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
631       I         deltaTmom, KappaRV,recip_HFacS,       I         deltaTmom, KappaRV,recip_HFacS,
632       U         uVelD,       U         uVelD,
633       I         myThid )       I         myThid )
634    #endif    /* INCLUDE_CD_CODE */
635  #endif  C--     End If implicitViscosity.AND.momStepping
636            ENDIF
          ENDIF ! momStepping  
         ENDIF ! implicitViscosity  
637    
638         ENDDO         ENDDO
639        ENDDO        ENDDO
640    
 C     write(0,*) 'dynamics: pS ',minval(cg2d_x(1:sNx,1:sNy,:,:)),  
 C    &                           maxval(cg2d_x(1:sNx,1:sNy,:,:))  
 C     write(0,*) 'dynamics: U  ',minval(uVel(1:sNx,1:sNy,1,:,:),mask=uVel(1:sNx,1:sNy,1,:,:).NE.0.),  
 C    &                           maxval(uVel(1:sNx,1:sNy,1,:,:),mask=uVel(1:sNx,1:sNy,1,:,:).NE.0.)  
 C     write(0,*) 'dynamics: V  ',minval(vVel(1:sNx,1:sNy,1,:,:),mask=vVel(1:sNx,1:sNy,1,:,:).NE.0.),  
 C    &                           maxval(vVel(1:sNx,1:sNy,1,:,:),mask=vVel(1:sNx,1:sNy,1,:,:).NE.0.)  
 C     write(0,*) 'dynamics: rVel(1) ',  
 C    &            minval(rVel(1:sNx,1:sNy,1),mask=rVel(1:sNx,1:sNy,1).NE.0.),  
 C    &            maxval(rVel(1:sNx,1:sNy,1),mask=rVel(1:sNx,1:sNy,1).NE.0.)  
 C     write(0,*) 'dynamics: rVel(2) ',  
 C    &            minval(rVel(1:sNx,1:sNy,2),mask=rVel(1:sNx,1:sNy,2).NE.0.),  
 C    &            maxval(rVel(1:sNx,1:sNy,2),mask=rVel(1:sNx,1:sNy,2).NE.0.)  
 C     write(0,*) 'dynamics: gT ',minval(gT(1:sNx,1:sNy,:,:,:)),  
 C    &                           maxval(gT(1:sNx,1:sNy,:,:,:))  
 C     write(0,*) 'dynamics: T  ',minval(Theta(1:sNx,1:sNy,:,:,:)),  
 C    &                           maxval(Theta(1:sNx,1:sNy,:,:,:))  
 C     write(0,*) 'dynamics: gS ',minval(gS(1:sNx,1:sNy,:,:,:)),  
 C    &                           maxval(gS(1:sNx,1:sNy,:,:,:))  
 C     write(0,*) 'dynamics: S  ',minval(salt(1:sNx,1:sNy,:,:,:)),  
 C    &                           maxval(salt(1:sNx,1:sNy,:,:,:))  
 C     write(0,*) 'dynamics: phiHyd ',minval(phiHyd/(Gravity*Rhonil),mask=phiHyd.NE.0.),  
 C    &                           maxval(phiHyd/(Gravity*Rhonil))  
 C     CALL PLOT_FIELD_XYZRL( gU, ' GU exiting dyanmics ' ,  
 C    &Nr, 1, myThid )  
 C     CALL PLOT_FIELD_XYZRL( gV, ' GV exiting dyanmics ' ,  
 C    &Nr, 1, myThid )  
 C     CALL PLOT_FIELD_XYZRL( gS, ' GS exiting dyanmics ' ,  
 C    &Nr, 1, myThid )  
 C     CALL PLOT_FIELD_XYZRL( gT, ' GT exiting dyanmics ' ,  
 C    &Nr, 1, myThid )  
 C     CALL PLOT_FIELD_XYZRL( phiHyd, ' phiHyd exiting dyanmics ' ,  
 C    &Nr, 1, myThid )  
   
   
641        RETURN        RETURN
642        END        END
643    
644    
645    C--      Cumulative diagnostic calculations (ie. time-averaging)
646    #ifdef INCLUDE_DIAGNOSTICS_INTERFACE_CODE
647    c        IF (taveFreq.GT.0.) THEN
648    c         CALL DO_TIME_AVERAGES(
649    c    I                           myTime, myIter, bi, bj, k, kup, kDown,
650    c    I                           ConvectCount,
651    c    I                           myThid )
652    c        ENDIF
653    #endif
654    
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