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revision 1.8 by cnh, Mon May 25 20:05:55 1998 UTC revision 1.61 by jmc, Wed Feb 7 21:48:02 2001 UTC
# Line 1  Line 1 
1  C $Header$  C $Header$
2    C $Name$
3    
4  #include "CPP_EEOPTIONS.h"  #include "CPP_OPTIONS.h"
5    
6        SUBROUTINE DYNAMICS(myTime, myIter, myThid)        SUBROUTINE DYNAMICS(myTime, myIter, myThid)
7  C     /==========================================================\  C     /==========================================================\
# Line 20  C     | ===== Line 21  C     | =====
21  C     | C*P* comments indicating place holders for which code is |  C     | C*P* comments indicating place holders for which code is |
22  C     |      presently being developed.                          |  C     |      presently being developed.                          |
23  C     \==========================================================/  C     \==========================================================/
24          IMPLICIT NONE
25    
26  C     == Global variables ===  C     == Global variables ===
27  #include "SIZE.h"  #include "SIZE.h"
# Line 27  C     == Global variables === Line 29  C     == Global variables ===
29  #include "CG2D.h"  #include "CG2D.h"
30  #include "PARAMS.h"  #include "PARAMS.h"
31  #include "DYNVARS.h"  #include "DYNVARS.h"
32    #include "GRID.h"
33    
34    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
35    # include "tamc.h"
36    # include "tamc_keys.h"
37    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
38    
39    #ifdef ALLOW_KPP
40    # include "KPP.h"
41    #endif
42    
43  C     == Routine arguments ==  C     == Routine arguments ==
44  C     myTime - Current time in simulation  C     myTime - Current time in simulation
45  C     myIter - Current iteration number in simulation  C     myIter - Current iteration number in simulation
46  C     myThid - Thread number for this instance of the routine.  C     myThid - Thread number for this instance of the routine.
       INTEGER myThid  
47        _RL myTime        _RL myTime
48        INTEGER myIter        INTEGER myIter
49          INTEGER myThid
50    
51  C     == Local variables  C     == Local variables
52  C     xA, yA                 - Per block temporaries holding face areas  C     xA, yA                 - Per block temporaries holding face areas
53  C     uTrans, vTrans, wTrans - Per block temporaries holding flow transport  C     uTrans, vTrans, rTrans - Per block temporaries holding flow
54    C                              transport
55  C                              o uTrans: Zonal transport  C                              o uTrans: Zonal transport
56  C                              o vTrans: Meridional transport  C                              o vTrans: Meridional transport
57  C                              o wTrans: Vertical transport  C                              o rTrans: Vertical transport
58  C     maskC,maskUp             o maskC: land/water mask for tracer cells  C     maskC,maskUp             o maskC: land/water mask for tracer cells
59  C                              o maskUp: land/water mask for W points  C                              o maskUp: land/water mask for W points
60  C     aTerm, xTerm, cTerm    - Work arrays for holding separate terms in  C     fVer[STUV]               o fVer: Vertical flux term - note fVer
 C     mTerm, pTerm,            tendency equations.  
 C     fZon, fMer, fVer[STUV]   o aTerm: Advection term  
 C                              o xTerm: Mixing term  
 C                              o cTerm: Coriolis term  
 C                              o mTerm: Metric term  
 C                              o pTerm: Pressure term  
 C                              o fZon: Zonal flux term  
 C                              o fMer: Meridional flux term  
 C                              o fVer: Vertical flux term - note fVer  
61  C                                      is "pipelined" in the vertical  C                                      is "pipelined" in the vertical
62  C                                      so we need an fVer for each  C                                      so we need an fVer for each
63  C                                      variable.  C                                      variable.
64  C     iMin, iMax - Ranges and sub-block indices on which calculations  C     rhoK, rhoKM1   - Density at current level, and level above
65  C     jMin, jMax   are applied.  C     phiHyd         - Hydrostatic part of the potential phiHydi.
66    C                      In z coords phiHydiHyd is the hydrostatic
67    C                      pressure anomaly
68    C                      In p coords phiHydiHyd is the geopotential
69    C                      surface height
70    C                      anomaly.
71    C     etaSurfX,      - Holds surface elevation gradient in X and Y.
72    C     etaSurfY
73    C     KappaRT,       - Total diffusion in vertical for T and S.
74    C     KappaRS          (background + spatially varying, isopycnal term).
75    C     iMin, iMax     - Ranges and sub-block indices on which calculations
76    C     jMin, jMax       are applied.
77  C     bi, bj  C     bi, bj
78  C     k, kUp, kDown, kM1 - Index for layer above and below. kUp and kDown  C     k, kup,        - Index for layer above and below. kup and kDown
79  C                          are switched with layer to be the appropriate index  C     kDown, km1       are switched with layer to be the appropriate
80  C                          into fVerTerm  C                      index into fVerTerm.
81        _RS xA    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RS xA      (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
82        _RS yA    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RS yA      (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
83        _RL uTrans(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL uTrans  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
84        _RL vTrans(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL vTrans  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
85        _RL wTrans(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL rTrans  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
86        _RS maskC (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RS maskC   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
87        _RS maskUp(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RS maskUp  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
88        _RL aTerm (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL fVerT   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
89        _RL xTerm (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL fVerS   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
90        _RL cTerm (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL fVerU   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
91        _RL mTerm (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL fVerV   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)
92        _RL pTerm (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL phiHyd  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
93        _RL fZon  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL rhokm1  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
94        _RL fMer  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL rhok    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
95        _RL fVerT (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL KappaRT (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)
96        _RL fVerS (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL KappaRS (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)
97        _RL fVerU (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL KappaRU (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)
98        _RL fVerV (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,2)        _RL KappaRV (1-Olx:sNx+Olx,1-Oly:sNy+Oly,Nr)
99        _RL pH    (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nz)        _RL sigmaX  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
100        _RL rhokm1(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL sigmaY  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
101        _RL rhokp1(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL sigmaR  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
102        _RL pSurfX(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
103        _RL pSurfY(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  C This is currently also used by IVDC and Diagnostics
104        _RL K13   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nz)  C #ifdef INCLUDE_CONVECT_CALL
105        _RL K23   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nz)        _RL ConvectCount (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
106        _RL K33   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nz)  C #endif
107        _RL KapGM (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
108        INTEGER iMin, iMax        INTEGER iMin, iMax
109        INTEGER jMin, jMax        INTEGER jMin, jMax
110        INTEGER bi, bj        INTEGER bi, bj
111        INTEGER i, j        INTEGER i, j
112        INTEGER k, kM1, kUp, kDown        INTEGER k, km1, kup, kDown
113    
114    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
115          INTEGER    isbyte
116          PARAMETER( isbyte = 4 )
117    
118          INTEGER act1, act2, act3, act4
119          INTEGER max1, max2, max3
120          INTEGER iikey, kkey
121          INTEGER maximpl
122    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
123    
124    C---    The algorithm...
125    C
126    C       "Correction Step"
127    C       =================
128    C       Here we update the horizontal velocities with the surface
129    C       pressure such that the resulting flow is either consistent
130    C       with the free-surface evolution or the rigid-lid:
131    C         U[n] = U* + dt x d/dx P
132    C         V[n] = V* + dt x d/dy P
133    C
134    C       "Calculation of Gs"
135    C       ===================
136    C       This is where all the accelerations and tendencies (ie.
137    C       physics, parameterizations etc...) are calculated
138    C         rho = rho ( theta[n], salt[n] )
139    C         b   = b(rho, theta)
140    C         K31 = K31 ( rho )
141    C         Gu[n] = Gu( u[n], v[n], wVel, b, ... )
142    C         Gv[n] = Gv( u[n], v[n], wVel, b, ... )
143    C         Gt[n] = Gt( theta[n], u[n], v[n], wVel, K31, ... )
144    C         Gs[n] = Gs( salt[n], u[n], v[n], wVel, K31, ... )
145    C
146    C       "Time-stepping" or "Prediction"
147    C       ================================
148    C       The models variables are stepped forward with the appropriate
149    C       time-stepping scheme (currently we use Adams-Bashforth II)
150    C       - For momentum, the result is always *only* a "prediction"
151    C       in that the flow may be divergent and will be "corrected"
152    C       later with a surface pressure gradient.
153    C       - Normally for tracers the result is the new field at time
154    C       level [n+1} *BUT* in the case of implicit diffusion the result
155    C       is also *only* a prediction.
156    C       - We denote "predictors" with an asterisk (*).
157    C         U* = U[n] + dt x ( 3/2 Gu[n] - 1/2 Gu[n-1] )
158    C         V* = V[n] + dt x ( 3/2 Gv[n] - 1/2 Gv[n-1] )
159    C         theta[n+1] = theta[n] + dt x ( 3/2 Gt[n] - 1/2 atG[n-1] )
160    C         salt[n+1] = salt[n] + dt x ( 3/2 Gt[n] - 1/2 atG[n-1] )
161    C       With implicit diffusion:
162    C         theta* = theta[n] + dt x ( 3/2 Gt[n] - 1/2 atG[n-1] )
163    C         salt* = salt[n] + dt x ( 3/2 Gt[n] - 1/2 atG[n-1] )
164    C         (1 + dt * K * d_zz) theta[n] = theta*
165    C         (1 + dt * K * d_zz) salt[n] = salt*
166    C---
167    
168    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
169    C--   dummy statement to end declaration part
170          ikey = 1
171    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
172    
173  C--   Set up work arrays with valid (i.e. not NaN) values  C--   Set up work arrays with valid (i.e. not NaN) values
174  C     These inital values do not alter the numerical results. They  C     These inital values do not alter the numerical results. They
# Line 107  C     uninitialised but inert locations. Line 181  C     uninitialised but inert locations.
181          yA(i,j)      = 0. _d 0          yA(i,j)      = 0. _d 0
182          uTrans(i,j)  = 0. _d 0          uTrans(i,j)  = 0. _d 0
183          vTrans(i,j)  = 0. _d 0          vTrans(i,j)  = 0. _d 0
184          aTerm(i,j)   = 0. _d 0          DO k=1,Nr
185          xTerm(i,j)   = 0. _d 0           phiHyd(i,j,k)  = 0. _d 0
186          cTerm(i,j)   = 0. _d 0           KappaRU(i,j,k) = 0. _d 0
187          mTerm(i,j)   = 0. _d 0           KappaRV(i,j,k) = 0. _d 0
188          pTerm(i,j)   = 0. _d 0           sigmaX(i,j,k) = 0. _d 0
189          fZon(i,j)    = 0. _d 0           sigmaY(i,j,k) = 0. _d 0
190          fMer(i,j)    = 0. _d 0           sigmaR(i,j,k) = 0. _d 0
         DO K=1,nZ  
          pH (i,j,k)  = 0. _d 0  
          K13(i,j,k) = 0. _d 0  
          K23(i,j,k) = 0. _d 0  
          K33(i,j,k) = 0. _d 0  
191          ENDDO          ENDDO
192          rhokm1(i,j)  = 0. _d 0          rhoKM1 (i,j) = 0. _d 0
193          rhokp1(i,j)  = 0. _d 0          rhok   (i,j) = 0. _d 0
194            maskC  (i,j) = 0. _d 0
195         ENDDO         ENDDO
196        ENDDO        ENDDO
197    
198    
199    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
200    C--   HPF directive to help TAMC
201    CHPF$ INDEPENDENT
202    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
203    
204        DO bj=myByLo(myThid),myByHi(myThid)        DO bj=myByLo(myThid),myByHi(myThid)
205    
206    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
207    C--    HPF directive to help TAMC
208    CHPF$  INDEPENDENT, NEW (rTrans,fVerT,fVerS,fVerU,fVerV
209    CHPF$&                  ,phiHyd,utrans,vtrans,maskc,xA,yA
210    CHPF$&                  ,KappaRT,KappaRS,KappaRU,KappaRV
211    CHPF$&                  )
212    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
213    
214         DO bi=myBxLo(myThid),myBxHi(myThid)         DO bi=myBxLo(myThid),myBxHi(myThid)
215    
216  C--     Boundary condition on hydrostatic pressure is pH(z=0)=0  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
217              act1 = bi - myBxLo(myThid)
218              max1 = myBxHi(myThid) - myBxLo(myThid) + 1
219    
220              act2 = bj - myByLo(myThid)
221              max2 = myByHi(myThid) - myByLo(myThid) + 1
222    
223              act3 = myThid - 1
224              max3 = nTx*nTy
225    
226              act4 = ikey_dynamics - 1
227    
228              ikey = (act1 + 1) + act2*max1
229         &                      + act3*max1*max2
230         &                      + act4*max1*max2*max3
231    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
232    
233    C--     Set up work arrays that need valid initial values
234          DO j=1-OLy,sNy+OLy          DO j=1-OLy,sNy+OLy
235           DO i=1-OLx,sNx+OLx           DO i=1-OLx,sNx+OLx
236            pH(i,j,1) = 0. _d 0            rTrans(i,j)   = 0. _d 0
237            K13(i,j,1) = 0. _d 0            fVerT (i,j,1) = 0. _d 0
238            K23(i,j,1) = 0. _d 0            fVerT (i,j,2) = 0. _d 0
239            K33(i,j,1) = 0. _d 0            fVerS (i,j,1) = 0. _d 0
240            KapGM(i,j) = 0. _d 0            fVerS (i,j,2) = 0. _d 0
241              fVerU (i,j,1) = 0. _d 0
242              fVerU (i,j,2) = 0. _d 0
243              fVerV (i,j,1) = 0. _d 0
244              fVerV (i,j,2) = 0. _d 0
245           ENDDO           ENDDO
246          ENDDO          ENDDO
247    
248  C--     Set up work arrays that need valid initial values          DO k=1,Nr
249          DO j=1-OLy,sNy+OLy           DO j=1-OLy,sNy+OLy
250           DO i=1-OLx,sNx+OLx            DO i=1-OLx,sNx+OLx
251            wTrans(i,j)  = 0. _d 0  #ifdef INCLUDE_CONVECT_CALL
252            fVerT(i,j,1) = 0. _d 0             ConvectCount(i,j,k) = 0.
253            fVerT(i,j,2) = 0. _d 0  #endif
254            fVerS(i,j,1) = 0. _d 0             KappaRT(i,j,k) = 0. _d 0
255            fVerS(i,j,2) = 0. _d 0             KappaRS(i,j,k) = 0. _d 0
256            fVerU(i,j,1) = 0. _d 0            ENDDO
           fVerU(i,j,2) = 0. _d 0  
           fVerV(i,j,1) = 0. _d 0  
           fVerV(i,j,2) = 0. _d 0  
257           ENDDO           ENDDO
258          ENDDO          ENDDO
259    
# Line 159  C--     Set up work arrays that need val Line 262  C--     Set up work arrays that need val
262          jMin = 1-OLy+1          jMin = 1-OLy+1
263          jMax = sNy+OLy          jMax = sNy+OLy
264    
 C--     Calculate gradient of surface pressure  
         CALL GRAD_PSURF(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,  
      O       pSurfX,pSurfY,  
      I       myThid)  
   
 C--     Update fields in top level according to tendency terms  
         CALL TIMESTEP(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,1,pSurfX,pSurfY,myThid)  
   
 C--     Density of 1st level (below W(1)) reference to level 1  
         CALL FIND_RHO(  
      I     bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, 1, 1, 'LINEAR',  
      O     rhoKm1,  
      I     myThid )  
 C--     Integrate hydrostatic balance for pH with BC of pH(z=0)=0  
         CALL CALC_PH(  
      I      bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,1,rhoKm1,rhoKm1,  
      U      pH,  
      I      myThid )  
   
         DO K=2,Nz  
 C--     Update fields in Kth level according to tendency terms  
         CALL TIMESTEP(  
      I       bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,pSurfX,pSurfY,myThid)  
 C--     Density of K-1 level (above W(K)) reference to K level  
         CALL FIND_RHO(  
      I     bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,  K-1, K, 'LINEAR',  
      O     rhoKm1,  
      I     myThid )  
 C--     Density of K level (below W(K)) reference to K level  
         CALL FIND_RHO(  
      I     bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,  K, K, 'LINEAR',  
      O     rhoKp1,  
      I     myThid )  
 C--     Calculate iso-neutral slopes for the GM/Redi parameterisation  
         CALL CALC_ISOSLOPES(  
      I            bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, K,  
      I            rhoKm1, rhoKp1,  
      O            K13, K23, K33, KapGM,  
      I            myThid )  
 C--     Calculate static stability and mix where convectively unstable  
         CALL CONVECT(  
      I      bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,rhoKm1,rhoKp1,  
      I      myTime,myIter,myThid)  
 C--     Density of K-1 level (above W(K)) reference to K-1 level  
         CALL FIND_RHO(  
      I     bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,  K-1, K-1, 'LINEAR',  
      O     rhoKm1,  
      I     myThid )  
 C--     Density of K level (below W(K)) referenced to K level  
         CALL FIND_RHO(  
      I     bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,  K, K, 'LINEAR',  
      O     rhoKp1,  
      I     myThid )  
 C--     Integrate hydrostatic balance for pH with BC of pH(z=0)=0  
         CALL CALC_PH(  
      I      bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,K,rhoKm1,rhoKp1,  
      U      pH,  
      I      myThid )  
265    
266    C--     Start of diagnostic loop
267            DO k=Nr,1,-1
268    
269    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
270    C? Patrick, is this formula correct now that we change the loop range?
271    C? Do we still need this?
272             kkey = (ikey-1)*(Nr-2+1) + (k-2) + 1
273    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
274    
275    C--       Integrate continuity vertically for vertical velocity
276              CALL INTEGRATE_FOR_W(
277         I                         bi, bj, k, uVel, vVel,
278         O                         wVel,
279         I                         myThid )
280    
281    #ifdef    ALLOW_OBCS
282    #ifdef    ALLOW_NONHYDROSTATIC
283    C--       Apply OBC to W if in N-H mode
284              IF (useOBCS.AND.nonHydrostatic) THEN
285                CALL OBCS_APPLY_W( bi, bj, k, wVel, myThid )
286              ENDIF
287    #endif    /* ALLOW_NONHYDROSTATIC */
288    #endif    /* ALLOW_OBCS */
289    
290    C--       Calculate gradients of potential density for isoneutral
291    C         slope terms (e.g. GM/Redi tensor or IVDC diffusivity)
292    c         IF ( k.GT.1 .AND. (useGMRedi.OR.ivdc_kappa.NE.0.) ) THEN
293              IF ( useGMRedi .OR. (k.GT.1 .AND. ivdc_kappa.NE.0.) ) THEN
294                CALL FIND_RHO(
295         I        bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k, k, eosType,
296         I        theta, salt,
297         O        rhoK,
298         I        myThid )
299                IF (k.GT.1) CALL FIND_RHO(
300         I        bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k-1, k, eosType,
301         I        theta, salt,
302         O        rhoKm1,
303         I        myThid )
304                CALL GRAD_SIGMA(
305         I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k,
306         I             rhoK, rhoKm1, rhoK,
307         O             sigmaX, sigmaY, sigmaR,
308         I             myThid )
309              ENDIF
310    
311    C--       Implicit Vertical Diffusion for Convection
312    c ==> should use sigmaR !!!
313              IF (k.GT.1 .AND. ivdc_kappa.NE.0.) THEN
314                CALL CALC_IVDC(
315         I        bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k,
316         I        rhoKm1, rhoK,
317         U        ConvectCount, KappaRT, KappaRS,
318         I        myTime, myIter, myThid)
319              END IF
320    
321    C--     end of diagnostic k loop (Nr:1)
322          ENDDO          ENDDO
323    
324          DO K = Nz, 1, -1  #ifdef  ALLOW_OBCS
325           kM1  =max(1,k-1)   ! Points to level above k (=k-1)  C--     Calculate future values on open boundaries
326           kUp  =1+MOD(k+1,2) ! Cycles through 1,2 to point to layer above          IF (useOBCS) THEN
327           kDown=1+MOD(k,2)   ! Cycles through 2,1 to point to current layer            CALL OBCS_CALC( bi, bj, myTime+deltaT,
328           iMin = 1-OLx+2       I            uVel, vVel, wVel, theta, salt,
329           iMax = sNx+OLx-1       I            myThid )
330           jMin = 1-OLy+2          ENDIF
331           jMax = sNy+OLy-1  #endif  /* ALLOW_OBCS */
332    
333    C--     Determines forcing terms based on external fields
334    C       relaxation terms, etc.
335            CALL EXTERNAL_FORCING_SURF(
336         I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
337         I             myThid )
338    
339    #ifdef  ALLOW_GMREDI
340    C--     Calculate iso-neutral slopes for the GM/Redi parameterisation
341            IF (useGMRedi) THEN
342              DO k=1,Nr
343                CALL GMREDI_CALC_TENSOR(
344         I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k,
345         I             sigmaX, sigmaY, sigmaR,
346         I             myThid )
347              ENDDO
348    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
349            ELSE
350              DO k=1, Nr
351                CALL GMREDI_CALC_TENSOR_DUMMY(
352         I             bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k,
353         I             sigmaX, sigmaY, sigmaR,
354         I             myThid )
355              ENDDO
356    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
357            ENDIF
358    #endif  /* ALLOW_GMREDI */
359    
360    #ifdef  ALLOW_KPP
361    C--     Compute KPP mixing coefficients
362            IF (useKPP) THEN
363              CALL KPP_CALC(
364         I                  bi, bj, myTime, myThid )
365            ENDIF
366    #endif  /* ALLOW_KPP */
367    
368    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
369    CADJ STORE KappaRT(:,:,:)     = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
370    CADJ STORE KappaRS(:,:,:)     = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
371    CADJ STORE theta(:,:,:,bi,bj) = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
372    CADJ STORE salt (:,:,:,bi,bj) = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
373    CADJ STORE uvel (:,:,:,bi,bj) = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
374    CADJ STORE vvel (:,:,:,bi,bj) = comlev1_bibj, key = ikey, byte = isbyte
375    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
376    
377    #ifdef ALLOW_AIM
378    C       AIM - atmospheric intermediate model, physics package code.
379    C note(jmc) : phiHyd=0 at this point but is not really used in Molteni Physics
380            IF ( useAIM ) THEN
381             CALL TIMER_START('AIM_DO_ATMOS_PHYS      [DYNAMICS]', myThid)
382             CALL AIM_DO_ATMOS_PHYSICS( phiHyd, myTime, myThid )
383             CALL TIMER_STOP ('AIM_DO_ATMOS_PHYS      [DYNAMICS]', myThid)
384            ENDIF
385    #endif /* ALLOW_AIM */
386    
387    
388    C--     Start of thermodynamics loop
389            DO k=Nr,1,-1
390    
391    C--       km1    Points to level above k (=k-1)
392    C--       kup    Cycles through 1,2 to point to layer above
393    C--       kDown  Cycles through 2,1 to point to current layer
394    
395              km1  = MAX(1,k-1)
396              kup  = 1+MOD(k+1,2)
397              kDown= 1+MOD(k,2)
398    
399              iMin = 1-OLx+2
400              iMax = sNx+OLx-1
401              jMin = 1-OLy+2
402              jMax = sNy+OLy-1
403    
404    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
405    CPatrick Is this formula correct?
406             kkey = (ikey-1)*(Nr-1+1) + (k-1) + 1
407    CADJ STORE rTrans(:,:)       = comlev1_bibj_k, key = kkey, byte = isbyte
408    CADJ STORE KappaRT(:,:,:)    = comlev1_bibj_k, key = kkey, byte = isbyte
409    CADJ STORE KappaRS(:,:,:)    = comlev1_bibj_k, key = kkey, byte = isbyte
410    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
411    
412  C--      Get temporary terms used by tendency routines  C--      Get temporary terms used by tendency routines
413           CALL CALC_COMMON_FACTORS (           CALL CALC_COMMON_FACTORS (
414       I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,kM1,kUp,kDown,       I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,km1,kup,kDown,
415       O        xA,yA,uTrans,vTrans,wTrans,maskC,maskUp,       O        xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,maskC,maskUp,
416       I        myThid)       I        myThid)
417    
418  C--      Calculate accelerations in the momentum equations  #ifdef  INCLUDE_CALC_DIFFUSIVITY_CALL
419           CALL CALC_MOM_RHS(  C--      Calculate the total vertical diffusivity
420       I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,kM1,kUp,kDown,           CALL CALC_DIFFUSIVITY(
421       I        xA,yA,uTrans,vTrans,wTrans,maskC,       I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
422       I        pH,       I        maskC,maskup,
423       U        aTerm,xTerm,cTerm,mTerm,pTerm,       O        KappaRT,KappaRS,KappaRU,KappaRV,
      U        fZon, fMer, fVerU, fVerV,  
424       I        myThid)       I        myThid)
425    #endif
426    
427    C--      Calculate active tracer tendencies (gT,gS,...)
428    C        and step forward storing result in gTnm1, gSnm1, etc.
429             IF ( tempStepping ) THEN
430               CALL CALC_GT(
431         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, k,km1,kup,kDown,
432         I         xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,maskUp,maskC,
433         I         KappaRT,
434         U         fVerT,
435         I         myTime, myThid)
436               CALL TIMESTEP_TRACER(
437         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
438         I         theta, gT,
439         U         gTnm1,
440         I         myIter, myThid)
441             ENDIF
442             IF ( saltStepping ) THEN
443               CALL CALC_GS(
444         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, k,km1,kup,kDown,
445         I         xA,yA,uTrans,vTrans,rTrans,maskUp,maskC,
446         I         KappaRS,
447         U         fVerS,
448         I         myTime, myThid)
449               CALL TIMESTEP_TRACER(
450         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
451         I         salt, gS,
452         U         gSnm1,
453         I         myIter, myThid)
454             ENDIF
455    
456    #ifdef   ALLOW_OBCS
457    C--      Apply open boundary conditions
458             IF (useOBCS) THEN
459               CALL OBCS_APPLY_TS( bi, bj, k, gTnm1, gSnm1, myThid )
460             END IF
461    #endif   /* ALLOW_OBCS */
462    
463    C--      Freeze water
464             IF (allowFreezing) THEN
465    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
466    CADJ STORE gTNm1(:,:,k,bi,bj) = comlev1_bibj_k
467    CADJ &   , key = kkey, byte = isbyte
468    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
469                CALL FREEZE( bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax, k, myThid )
470             END IF
471    
472    C--     end of thermodynamic k loop (Nr:1)
473            ENDDO
474    
475    
476    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
477    CPatrick? What about this one?
478               maximpl = 6
479               iikey = (ikey-1)*maximpl
480    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
481    
482    C--     Implicit diffusion
483            IF (implicitDiffusion) THEN
484    
485              IF (tempStepping) THEN
486    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
487                idkey = iikey + 1
488    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
489                CALL IMPLDIFF(
490         I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
491         I         deltaTtracer, KappaRT, recip_HFacC,
492         U         gTNm1,
493         I         myThid )
494             ENDIF
495    
496             IF (saltStepping) THEN
497    #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC
498             idkey = iikey + 2
499    #endif /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
500                CALL IMPLDIFF(
501         I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
502         I         deltaTtracer, KappaRS, recip_HFacC,
503         U         gSNm1,
504         I         myThid )
505             ENDIF
506    
507    #ifdef   ALLOW_OBCS
508    C--      Apply open boundary conditions
509             IF (useOBCS) THEN
510               DO K=1,Nr
511                 CALL OBCS_APPLY_TS( bi, bj, k, gTnm1, gSnm1, myThid )
512               ENDDO
513             END IF
514    #endif   /* ALLOW_OBCS */
515    
516    C--     End If implicitDiffusion
517            ENDIF
518    
519    
520    
521    C--     Start of dynamics loop
522            DO k=1,Nr
523    
524    C--       km1    Points to level above k (=k-1)
525    C--       kup    Cycles through 1,2 to point to layer above
526    C--       kDown  Cycles through 2,1 to point to current layer
527    
528              km1  = MAX(1,k-1)
529              kup  = 1+MOD(k+1,2)
530              kDown= 1+MOD(k,2)
531    
532              iMin = 1-OLx+2
533              iMax = sNx+OLx-1
534              jMin = 1-OLy+2
535              jMax = sNy+OLy-1
536    
537    C--      Integrate hydrostatic balance for phiHyd with BC of
538    C        phiHyd(z=0)=0
539    C        distinguishe between Stagger and Non Stagger time stepping
540             IF (staggerTimeStep) THEN
541               CALL CALC_PHI_HYD(
542         I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
543         I        gTnm1, gSnm1,
544         U        phiHyd,
545         I        myThid )
546             ELSE
547               CALL CALC_PHI_HYD(
548         I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,
549         I        theta, salt,
550         U        phiHyd,
551         I        myThid )
552             ENDIF
553    
554    C--      Calculate accelerations in the momentum equations (gU, gV, ...)
555    C        and step forward storing the result in gUnm1, gVnm1, etc...
556             IF ( momStepping ) THEN
557               CALL CALC_MOM_RHS(
558         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,kup,kDown,
559         I         phiHyd,KappaRU,KappaRV,
560         U         fVerU, fVerV,
561         I         myTime, myThid)
562               CALL TIMESTEP(
563         I         bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax,k,phiHyd,
564         I         myIter, myThid)
565    
566    #ifdef   ALLOW_OBCS
567    C--      Apply open boundary conditions
568             IF (useOBCS) THEN
569               CALL OBCS_APPLY_UV( bi, bj, k, gUnm1, gVnm1, myThid )
570             END IF
571    #endif   /* ALLOW_OBCS */
572    
573    #ifdef   ALLOW_AUTODIFF_TAMC
574    #ifdef   INCLUDE_CD_CODE
575             ELSE
576               DO j=1-OLy,sNy+OLy
577                 DO i=1-OLx,sNx+OLx
578                   guCD(i,j,k,bi,bj) = 0.0
579                   gvCD(i,j,k,bi,bj) = 0.0
580                 END DO
581               END DO
582    #endif   /* INCLUDE_CD_CODE */
583    #endif   /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
584             ENDIF
585    
 C--      Calculate active tracer tendencies  
          CALL CALC_GT(  
      I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, k,kM1,kUp,kDown,  
      I        xA,yA,uTrans,vTrans,wTrans,maskUp,  
      I        K13,K23,K33,KapGM,  
      U        aTerm,xTerm,fZon,fMer,fVerT,  
      I        myThid)  
 Cdbg     CALL CALC_GS(  
 Cdbg I        bi,bj,iMin,iMax,jMin,jMax, k,kM1,kUp,kDown,  
 Cdbg I        xA,yA,uTrans,vTrans,wTrans,maskUp,  
 Cdbg I        K13,K23,K33,KapGM,  
 Cdbg U        aTerm,xTerm,fZon,fMer,fVerS,  
 Cdbg I        myThid)  
586    
587    C--     end of dynamics k loop (1:Nr)
588          ENDDO          ENDDO
589    
590    
591    
592    C--     Implicit viscosity
593            IF (implicitViscosity.AND.momStepping) THEN
594    #ifdef    ALLOW_AUTODIFF_TAMC
595              idkey = iikey + 3
596    #endif    /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
597              CALL IMPLDIFF(
598         I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
599         I         deltaTmom, KappaRU,recip_HFacW,
600         U         gUNm1,
601         I         myThid )
602    #ifdef    ALLOW_AUTODIFF_TAMC
603              idkey = iikey + 4
604    #endif    /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
605              CALL IMPLDIFF(
606         I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
607         I         deltaTmom, KappaRV,recip_HFacS,
608         U         gVNm1,
609         I         myThid )
610    
611    #ifdef   ALLOW_OBCS
612    C--      Apply open boundary conditions
613             IF (useOBCS) THEN
614               DO K=1,Nr
615                 CALL OBCS_APPLY_UV( bi, bj, k, gUnm1, gVnm1, myThid )
616               ENDDO
617             END IF
618    #endif   /* ALLOW_OBCS */
619    
620    #ifdef    INCLUDE_CD_CODE
621    #ifdef    ALLOW_AUTODIFF_TAMC
622              idkey = iikey + 5
623    #endif    /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
624              CALL IMPLDIFF(
625         I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
626         I         deltaTmom, KappaRU,recip_HFacW,
627         U         vVelD,
628         I         myThid )
629    #ifdef    ALLOW_AUTODIFF_TAMC
630              idkey = iikey + 6
631    #endif    /* ALLOW_AUTODIFF_TAMC */
632              CALL IMPLDIFF(
633         I         bi, bj, iMin, iMax, jMin, jMax,
634         I         deltaTmom, KappaRV,recip_HFacS,
635         U         uVelD,
636         I         myThid )
637    #endif    /* INCLUDE_CD_CODE */
638    C--     End If implicitViscosity.AND.momStepping
639            ENDIF
640    
641         ENDDO         ENDDO
642        ENDDO        ENDDO
643    
 !dbg  write(0,*) 'dynamics: pS',minval(cg2d_x),maxval(cg2d_x)  
 !dbg  write(0,*) 'dynamics: U',minval(uVel(1:sNx,1:sNy,:,:,:)),  
 !dbg &                         maxval(uVel(1:sNx,1:sNy,:,:,:))  
 !dbg  write(0,*) 'dynamics: V',minval(vVel(1:sNx,1:sNy,:,:,:)),  
 !dbg &                         maxval(vVel(1:sNx,1:sNy,:,:,:))  
 !dbg  write(0,*) 'dynamics: gT',minval(gT(1:sNx,1:sNy,:,:,:)),  
 !dbg &                         maxval(gT(1:sNx,1:sNy,:,:,:))  
 !dbg  write(0,*) 'dynamics: T',minval(Theta(1:sNx,1:sNy,:,:,:)),  
 !dbg &                         maxval(Theta(1:sNx,1:sNy,:,:,:))  
 !dbg  write(0,*) 'dynamics: pH',minval(pH/(Gravity*Rhonil)),  
 !dbg &                          maxval(pH/(Gravity*Rhonil))  
   
644        RETURN        RETURN
645        END        END
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