/[MITgcm]/MITgcm/adjoint/makefile
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revision 1.5 by heimbach, Fri Jul 13 15:05:51 2001 UTC revision 1.30 by heimbach, Fri Jul 18 21:12:04 2003 UTC
# Line 2  SHELL           = /bin/tcsh Line 2  SHELL           = /bin/tcsh
2  RM               = rm -f  RM               = rm -f
3  LOC              = $(PWD)  LOC              = $(PWD)
4  TAMC             = tamc  TAMC             = tamc
5  TAF              = ~fastopt/bin/taf  ###TAMC             = /data43/ralf/tamc/tamc
6    TAF              = taf
7    ###TAF              = ~fastopt/bin/taf
8  DEST             = .  DEST             = .
9  SOURCE_CODE      = ../bin  SOURCE_CODE      = ../bin
10  ADJOINT_SCRIPT   = ../adjoint  ADJOINT_SCRIPT   = ../adjoint
11  BASE             = ..  BASE             = ..
 TAMCFLAGS        = -reverse -i4 -r4  
 TAFFLAGS         = -reverse -i4 -r4  
12  PKG             = $(BASE)/pkg  PKG             = $(BASE)/pkg
13    #
14    ADTAMCFLAGS      = -reverse -admark ad -i4 -r4
15    ADTAFFLAGS       = -reverse -admark ad -i4 -r4 \
16                            -l taf_ad.log -flow taf_ad_flow.log -nonew_arg
17    FTLTAMCFLAGS     = -forward -ftlmark g_ -i4 -r4
18    FTLTAFFLAGS      = -forward -ftlmark g_ -i4 -r4 \
19                            -l taf_ftl.log -flow taf_ftl_flow.log -nonew_arg
20    SVDTAMCFLAGS     = -reverse -forward -pure -i4 -r4
21    SVDTAFFLAGS      = -reverse -forward -pure -i4 -r4 \
22                            -flow taf_flow.log -nonew_arg
23    #
24    # further useful options: -warn_step -flow taf_flow.log
25    # NB: the svd option recommended in the TAMC manual doesn't work.
26    
27  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_loop              \  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_loop              \
28                     -input  '    xx_theta_dummy          \                     -input  '    xx_theta_dummy          \
# Line 19  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_lo Line 32  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_lo
32                                  xx_sflux_dummy          \                                  xx_sflux_dummy          \
33                                  xx_tauu_dummy           \                                  xx_tauu_dummy           \
34                                  xx_tauv_dummy           \                                  xx_tauv_dummy           \
35                                    xx_sst_dummy            \
36                                  xx_sss_dummy            \                                  xx_sss_dummy            \
37                                  xx_sst_dummy'           \                                  xx_diffkr_dummy         \
38                                    xx_kapgm_dummy          \
39                                    xx_efluxy_dummy         \
40                                    xx_efluxp_dummy'        \
41                     -output 'fc'                     -output 'fc'
42    #
43    #                   -output 'objf_vector'
44    #                   -output 'fc'
45    
46  TAMCFLAG         = $(TAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS) -admark ad  ADTAMCFLAG         = $(ADTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)
47    ADTAFFLAG          = $(ADTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)
48    
49  TAFFLAG          = $(TAFFLAGS) $(DIFF_FLAGS) -l list_uv -admark ad  FTLTAMCFLAG         = $(FTLTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)
50    FTLTAFFLAG          = $(FTLTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)
51    
52    SVDTAMCFLAG         = $(SVDTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)
53    SVDTAFFLAG          = $(SVDTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)
54    
55  # Source files for the MITgcmUV  # Source files for the MITgcmUV
56  SRC_MODEL       = \  SRC_MODEL       = \
# Line 36  SRC_MODEL      = \ Line 60  SRC_MODEL      = \
60                  $(PKG)/autodiff/diags.flow              \                  $(PKG)/autodiff/diags.flow              \
61                  $(PKG)/autodiff/cg2d.flow               \                  $(PKG)/autodiff/cg2d.flow               \
62                  $(PKG)/autodiff/debug.flow              \                  $(PKG)/autodiff/debug.flow              \
63                    $(PKG)/autodiff/do_the_model_io.flow    \
64                  $(PKG)/autodiff/dummy_in_stepping.flow  \                  $(PKG)/autodiff/dummy_in_stepping.flow  \
                 $(PKG)/autodiff/external_fields_load.flow       \  
65                  $(PKG)/autodiff/eesupp.flow             \                  $(PKG)/autodiff/eesupp.flow             \
66                  $(PKG)/autodiff/active_file.flow        \                  $(PKG)/autodiff/active_file.flow        \
67                    $(PKG)/autodiff/active_file_loc.flow    \
68                  $(PKG)/autodiff/write_state.flow        \                  $(PKG)/autodiff/write_state.flow        \
69                    $(PKG)/autodiff/ecco_check_exp.flow     \
70                  $(PKG)/autodiff/exch_ad.flow            \                  $(PKG)/autodiff/exch_ad.flow            \
71                  $(PKG)/autodiff/exch_z_ad.flow          \                  $(PKG)/autodiff/exch_z_ad.flow          \
72                  $(PKG)/autodiff/exch_uv_ad.flow         \                  $(PKG)/autodiff/exch_uv_ad.flow         \
# Line 54  SRC_MODEL      = \ Line 80  SRC_MODEL      = \
80                  $(PKG)/autodiff/open_copy_data_file.flow\                  $(PKG)/autodiff/open_copy_data_file.flow\
81                  $(PKG)/autodiff/timeave.flow            \                  $(PKG)/autodiff/timeave.flow            \
82                                                                  \                                                                  \
83                    $(SOURCE_CODE)/adams_bashforth2.f               \
84                  $(SOURCE_CODE)/calc_buoyancy.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/calc_buoyancy.f                  \
85                  $(SOURCE_CODE)/calc_common_factors.f            \                  $(SOURCE_CODE)/calc_common_factors.f            \
86                  $(SOURCE_CODE)/calc_diffusivity.f               \                  $(SOURCE_CODE)/calc_diffusivity.f               \
87                  $(SOURCE_CODE)/calc_div_ghat.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/calc_div_ghat.f                  \
88                    $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_hyd.f              \
89                  $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_surf.f             \                  $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_surf.f             \
90                  $(SOURCE_CODE)/calc_gs.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/calc_gs.f                        \
91                  $(SOURCE_CODE)/calc_gt.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/calc_gt.f                        \
92                  $(SOURCE_CODE)/calc_gtr1.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/calc_gtr1.f                      \
93                  $(SOURCE_CODE)/calc_ivdc.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/calc_ivdc.f                      \
                 $(SOURCE_CODE)/calc_mom_rhs.f                   \  
94                  $(SOURCE_CODE)/calc_phi_hyd.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/calc_phi_hyd.f                   \
95                    $(SOURCE_CODE)/calc_viscosity.f                 \
96                  $(SOURCE_CODE)/comm_stats.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/comm_stats.f                     \
97                  $(SOURCE_CODE)/convect.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/convect.f                        \
98                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment.f          \                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment.f          \
99                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment_ini.f      \                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment_ini.f      \
100                    $(SOURCE_CODE)/convective_weights.f             \
101                    $(SOURCE_CODE)/convectively_mixtracer.f         \
102                  $(SOURCE_CODE)/correction_step.f                \                  $(SOURCE_CODE)/correction_step.f                \
103                  $(SOURCE_CODE)/cycle_tracer.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/cycle_tracer.f                   \
104                    $(SOURCE_CODE)/diags_phi_hyd.f                  \
105                    $(SOURCE_CODE)/diags_phi_rlow.f                 \
106                  $(SOURCE_CODE)/different_multiple.f             \                  $(SOURCE_CODE)/different_multiple.f             \
107                  $(SOURCE_CODE)/do_fields_blocking_exchanges.f   \                  $(SOURCE_CODE)/do_fields_blocking_exchanges.f   \
108                  $(SOURCE_CODE)/do_the_model_io.f                \                  $(SOURCE_CODE)/do_stagger_fields_exchanges.f    \
109                  $(SOURCE_CODE)/dynamics.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/dynamics.f                       \
110                    $(SOURCE_CODE)/external_fields_load.f           \
111                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing.f               \                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing.f               \
112                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing_surf.f          \                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing_surf.f          \
113                  $(SOURCE_CODE)/find_alpha.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/find_alpha.f                     \
114                  $(SOURCE_CODE)/find_rho.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/find_rho.f                       \
115                    $(SOURCE_CODE)/forward_step.f                   \
116                  $(SOURCE_CODE)/freeze.f                         \                  $(SOURCE_CODE)/freeze.f                         \
117                  $(SOURCE_CODE)/get_offline_fields.f             \                                                                  \
118                    $(SOURCE_CODE)/gad_advection.f                  \
119                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_x.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_x.f                   \
120                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_y.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_y.f                   \
121                  $(SOURCE_CODE)/gad_c2_adv_r.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_c2_adv_r.f                   \
# Line 94  SRC_MODEL      = \ Line 129  SRC_MODEL      = \
129                  $(SOURCE_CODE)/gad_diff_r.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/gad_diff_r.f                     \
130                  $(SOURCE_CODE)/gad_diff_x.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/gad_diff_x.f                     \
131                  $(SOURCE_CODE)/gad_diff_y.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/gad_diff_y.f                     \
132                    $(SOURCE_CODE)/gad_dst3_adv_x.f                 \
133                    $(SOURCE_CODE)/gad_dst3_adv_y.f                 \
134                    $(SOURCE_CODE)/gad_dst3_adv_r.f                 \
135                    $(SOURCE_CODE)/gad_dst3fl_adv_x.f               \
136                    $(SOURCE_CODE)/gad_dst3fl_adv_y.f               \
137                    $(SOURCE_CODE)/gad_dst3fl_adv_r.f               \
138                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_r.f            \                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_r.f            \
139                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_x.f            \                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_x.f            \
140                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_y.f            \                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_y.f            \
# Line 102  SRC_MODEL      = \ Line 143  SRC_MODEL      = \
143                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_r.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_r.f                   \
144                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_x.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_x.f                   \
145                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_y.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_y.f                   \
146                                                                    \
147                  $(SOURCE_CODE)/grad_sigma.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/grad_sigma.f                     \
148                  $(SOURCE_CODE)/impldiff.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/impldiff.f                       \
149                    $(SOURCE_CODE)/ini_autodiff.f                   \
150                  $(SOURCE_CODE)/ini_cartesian_grid.f             \                  $(SOURCE_CODE)/ini_cartesian_grid.f             \
151                  $(SOURCE_CODE)/ini_cg2d.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_cg2d.f                       \
152                  $(SOURCE_CODE)/ini_communication_patterns.f     \                  $(SOURCE_CODE)/ini_communication_patterns.f     \
# Line 113  SRC_MODEL      = \ Line 156  SRC_MODEL      = \
156                  $(SOURCE_CODE)/ini_fields.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/ini_fields.f                     \
157                  $(SOURCE_CODE)/ini_forcing.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/ini_forcing.f                    \
158                  $(SOURCE_CODE)/ini_grid.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_grid.f                       \
159                    $(SOURCE_CODE)/ini_linear_phisurf.f             \
160                  $(SOURCE_CODE)/ini_masks_etc.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/ini_masks_etc.f                  \
161                    $(SOURCE_CODE)/ini_mixing.f                     \
162                  $(SOURCE_CODE)/ini_p_ground.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/ini_p_ground.f                   \
163                    $(SOURCE_CODE)/ini_pressure.f                   \
164                  $(SOURCE_CODE)/ini_pnh.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/ini_pnh.f                        \
                 $(SOURCE_CODE)/ini_procs.f                      \  
165                  $(SOURCE_CODE)/ini_psurf.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/ini_psurf.f                      \
166                  $(SOURCE_CODE)/ini_salt.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_salt.f                       \
167                  $(SOURCE_CODE)/ini_spherical_polar_grid.f       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_spherical_polar_grid.f       \
# Line 127  SRC_MODEL      = \ Line 172  SRC_MODEL      = \
172                  $(SOURCE_CODE)/ini_vertical_grid.f              \                  $(SOURCE_CODE)/ini_vertical_grid.f              \
173                  $(SOURCE_CODE)/initialise_varia.f               \                  $(SOURCE_CODE)/initialise_varia.f               \
174                  $(SOURCE_CODE)/integrate_for_w.f                \                  $(SOURCE_CODE)/integrate_for_w.f                \
175                    $(SOURCE_CODE)/integr_continuity.f              \
176                  $(SOURCE_CODE)/modeldata_example.f              \                  $(SOURCE_CODE)/modeldata_example.f              \
177                                                                    \
178                    $(SOURCE_CODE)/mom_fluxform.f                   \
179                    $(SOURCE_CODE)/mom_hdissip.f                    \
180                    $(SOURCE_CODE)/mom_vecinv.f                     \
181                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_hfacz.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_hfacz.f                 \
182                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_ke.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_ke.f                    \
183                    $(SOURCE_CODE)/mom_calc_rtrans.f                \
184                    $(SOURCE_CODE)/mom_calc_strain.f                \
185                    $(SOURCE_CODE)/mom_calc_tension.f               \
186                  $(SOURCE_CODE)/mom_cdscheme.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_cdscheme.f                   \
187                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_uu.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_uu.f                   \
188                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_vu.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_vu.f                   \
189                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_wu.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_wu.f                   \
190                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_bottomdrag.f               \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_bottomdrag.f               \
191                    $(SOURCE_CODE)/mom_u_coriolis.f                 \
192                    $(SOURCE_CODE)/mom_u_coriolis_nh.f              \
193                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_del2u.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_del2u.f                    \
194                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_nh.f                \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_nh.f                \
195                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_sphere.f            \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_sphere.f            \
# Line 146  SRC_MODEL      = \ Line 201  SRC_MODEL      = \
201                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_adv_vv.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_adv_vv.f                   \
202                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_adv_wv.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_adv_wv.f                   \
203                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_bottomdrag.f               \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_bottomdrag.f               \
204                    $(SOURCE_CODE)/mom_v_coriolis.f                 \
205                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_del2v.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_del2v.f                    \
206                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_metric_nh.f                \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_metric_nh.f                \
207                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_metric_sphere.f            \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_metric_sphere.f            \
# Line 153  SRC_MODEL      = \ Line 209  SRC_MODEL      = \
209                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_sidedrag.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_sidedrag.f                 \
210                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_xviscflux.f                \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_xviscflux.f                \
211                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_yviscflux.f                \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_yviscflux.f                \
212                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_calc_absvort3.f           \
213                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_calc_hdiv.f               \
214                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_calc_ke.f                 \
215                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_calc_relvort3.f           \
216                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_coriolis.f                \
217                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_del2uv.f                  \
218                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_hdissip.f                 \
219                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_u_coriolis.f              \
220                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_u_grad_ke.f               \
221                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_u_vertshear.f             \
222                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_coriolis.f              \
223                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_grad_ke.f               \
224                    $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_vertshear.f             \
225                                                                    \
226                  $(SOURCE_CODE)/packages_init_variables.f        \                  $(SOURCE_CODE)/packages_init_variables.f        \
227                  $(SOURCE_CODE)/plot_field.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/plot_field.f                     \
228                    $(SOURCE_CODE)/pressure_for_eos.f               \
229                    $(SOURCE_CODE)/quasihydrostaticterms.f          \
230                  $(SOURCE_CODE)/solve_for_pressure.f             \                  $(SOURCE_CODE)/solve_for_pressure.f             \
231                  $(SOURCE_CODE)/state_summary.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/state_summary.f                  \
232                  $(SOURCE_CODE)/timestep.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/timestep.f                       \
233                  $(SOURCE_CODE)/the_correction_step.f            \                  $(SOURCE_CODE)/the_correction_step.f            \
234                  $(SOURCE_CODE)/the_main_loop.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/the_main_loop.f                  \
235                    $(SOURCE_CODE)/thermodynamics.f                 \
236                  $(SOURCE_CODE)/timestep_tracer.f                \                  $(SOURCE_CODE)/timestep_tracer.f                \
237                    $(SOURCE_CODE)/update_etah.f                    \
238                  $(SOURCE_CODE)/swfrac.f                         \                  $(SOURCE_CODE)/swfrac.f                         \
239                                                                  \                                                                  \
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_calc.f                       \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_diff.f                  \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_do_diags.f                   \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_init.f                       \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_open_diags.f                 \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_routines.f                   \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_s.f                \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_t.f                \  
                                                                 \  
240                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_diff.f               \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_diff.f               \
241                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_psi_b.f              \
242                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_tensor.f             \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_tensor.f             \
243                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_uvflow.f             \
244                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_wflow.f              \
245                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_diags.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_diags.f                   \
246                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_init.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_init.f                    \
247                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_rtransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_rtransport.f              \
248                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_limit.f             \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_limit.f             \
249                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_psi.f               \
250                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_xtransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_xtransport.f              \
251                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_ytransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_ytransport.f              \
252                                                                  \                                                                  \
253                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_init_variables.f            \
254                  $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_ini.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_ini.f                   \
255                  $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_forcing.f               \                  $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_forcing.f               \
256                                                                  \                                                                  \
257                  $(SOURCE_CODE)/cost_final.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/cost_final.f                     \
258                  $(SOURCE_CODE)/cost_init.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_initvaria.f                 \
259                  $(SOURCE_CODE)/cost_tile.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_tile.f                      \
260                  $(SOURCE_CODE)/cost_test.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_test.f                      \
261                  $(SOURCE_CODE)/cost_tracer.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/cost_tracer.f                    \
262                    $(SOURCE_CODE)/cost_atlantic_heat.f             \
263                    $(SOURCE_CODE)/cost_vector.f                    \
264                                                                  \                                                                  \
265    
266    #               $(PKG)/autodiff/ptracers.flow                   \
267    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_advection.f             \
268    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_convect.f               \
269    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_cycle.f                 \
270    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_fields_blocking_exchanges.f\
271    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_forcing.f               \
272    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_impldiff.f              \
273    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_init.f                  \
274    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_integrate.f             \
275    
276    
277    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_calc.f                       \
278    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_diff.f                  \
279    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_visc.f                  \
280    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_do_diags.f                   \
281    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_init.f                       \
282    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_open_diags.f                 \
283    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_routines.f                   \
284    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_s.f                \
285    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_t.f                \
286    #                                                               \
287    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_apply_ts.f             \
288    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_apply_uv.f             \
289    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s1.f            \
290    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s2.f            \
291    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s2g.f           \
292    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s4.f            \
293    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s1.f                \
294    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s2.f                \
295    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s2g.f               \
296    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s2c.f               \
297    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s4.f                \
298    
299    #                                                               \
300    #               $(SOURCE_CODE)/ini_ep.f                         \
301    #               $(SOURCE_CODE)/calc_ep_forcing.f                \
302    #               $(SOURCE_CODE)/cost_entropy.f                   \
303    #               $(SOURCE_CODE)/cost_t_misfit.f                  \
304    #               $(SOURCE_CODE)/cost_eflux_regul.f               \
305    #                                                               \
306    
307    
308  #--------------------------------------------------------  #--------------------------------------------------------
309  # rules  # rules
310  #--------------------------------------------------------  #--------------------------------------------------------
311    
312  adcode:  small_f:
313          cd $(DEST) ; cat $(SRC_MODEL) >! tamc_code_ecco.f          cd $(SOURCE_CODE); $(MAKE) depend; $(MAKE) small_f
314    
315    allcode:
316            cd $(DEST) ; cat $(SRC_MODEL) >! tamc_code.f
317    
318  admodeltamc:  admodeltamc:
319          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(TAMCFLAG) tamc_code_ecco.f       \          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(ADTAMCFLAG) tamc_code.f  \
320             >! tamc_code_ecco_ad.prot             >! tamc_code_ad.prot
321    
322  admodeltaf:  admodeltaf:
323          cd $(DEST) ; $(TAF) $(TAFFLAG) tamc_code_ecco.f          cd $(DEST) ; $(TAF) $(ADTAFFLAG) tamc_code.f
324    
325    ftlmodeltamc:
326            cd $(DEST) ; $(TAMC) $(FTLTAMCFLAG) tamc_code.f \
327               >! tamc_code_ftl.prot
328    
329    ftlmodeltaf:
330            cd $(DEST) ; $(TAF) $(FTLTAFFLAG) tamc_code.f
331    
332    svdmodeltaf:
333            cd $(DEST) ; $(TAF) $(SVDTAFFLAG) tamc_code.f
334    
335  adchange:  adchange:
336          ${ADJOINT_SCRIPT}/adjoint_ecco_sed.com \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \
337             >! tamc_code_ecco_sed_ad.f ;  \             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F ;            \
338            ${ADJOINT_SCRIPT}/adjoint_sed.com               \
339               >! tamc_code_sed_ad.f ;                      \
340          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F              \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F              \
341             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_old ;        \             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_old ;        \
342          cat tamc_code_ecco_sed_ad.f >> $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F          cat tamc_code_sed_ad.f >> $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F
343    
344    ftlchange:
345            cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_template       \
346               $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F ;              \
347            cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F                \
348               $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_old ;          \
349            cat tamc_code_ftl.f >> $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F
350    
351    bothchange:   adchange ftlchange
352    
353  adrestore:  adrestore:
354          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \
355             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F
356    
357  adtamc:  adcode admodeltamc  ftlrestore:
358            cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_template       \
359               $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F
360    
361    bothrestore: adrestore ftlrestore
362    
363    adtamc:  adrestore ftlrestore small_f allcode admodeltamc
364    
365    adtaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode admodeltaf
366    
367    ftltamc:  adrestore ftlrestore small_f allcode ftlmodeltamc
368    
369    ftltaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode ftlmodeltaf
370    
371    bothtaf:  bothrestore small_f allcode admodeltaf ftlmodeltaf
372    
373    svdtaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode svdmodeltaf
374    
 adtaf:  adcode admodeltaf  

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