/[MITgcm]/MITgcm/adjoint/makefile
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revision 1.12 by heimbach, Wed Sep 5 17:41:52 2001 UTC revision 1.32 by heimbach, Fri Oct 10 22:52:01 2003 UTC
# Line 2  SHELL           = /bin/tcsh Line 2  SHELL           = /bin/tcsh
2  RM               = rm -f  RM               = rm -f
3  LOC              = $(PWD)  LOC              = $(PWD)
4  TAMC             = tamc  TAMC             = tamc
5  TAF              = ~fastopt/bin/taf  ###TAMC             = /data43/ralf/tamc/tamc
6    TAF              = taf
7    ###TAF              = ~fastopt/bin/taf
8  DEST             = .  DEST             = .
9  SOURCE_CODE      = ../bin  SOURCE_CODE      = ../bin
10  ADJOINT_SCRIPT   = ../adjoint  ADJOINT_SCRIPT   = ../adjoint
11  BASE             = ..  BASE             = ..
 ADTAMCFLAGS      = -reverse -i4 -r4 -admark  ad  
 ADTAFFLAGS       = -reverse -i4 -r4 -admark  ad  
 TLTAMCFLAGS      = -forward -i4 -r4 -ftlmark g_  
 TLTAFFLAGS       = -forward -i4 -r4 -ftlmark g_  
12  PKG             = $(BASE)/pkg  PKG             = $(BASE)/pkg
13    #
14    ADTAMCFLAGS      = -reverse -admark ad -i4 -r4
15    ADTAFFLAGS       = -reverse -admark ad -i4 -r4 \
16                            -l taf_ad.log -flow taf_ad_flow.log -nonew_arg
17    FTLTAMCFLAGS     = -forward -ftlmark g_ -i4 -r4
18    FTLTAFFLAGS      = -forward -ftlmark g_ -i4 -r4 \
19                            -l taf_ftl.log -flow taf_ftl_flow.log -nonew_arg
20    SVDTAMCFLAGS     = -reverse -forward -pure -i4 -r4
21    SVDTAFFLAGS      = -reverse -forward -pure -i4 -r4 \
22                            -flow taf_flow.log -nonew_arg
23    #
24    # further useful options: -warn_step -flow taf_flow.log
25    # NB: the svd option recommended in the TAMC manual doesn't work.
26    
27  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_loop              \  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_loop              \
28                     -input  '    xx_theta_dummy          \                     -input  '    xx_theta_dummy          \
# Line 21  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_lo Line 32  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_lo
32                                  xx_sflux_dummy          \                                  xx_sflux_dummy          \
33                                  xx_tauu_dummy           \                                  xx_tauu_dummy           \
34                                  xx_tauv_dummy           \                                  xx_tauv_dummy           \
                                 xx_sss_dummy            \  
35                                  xx_sst_dummy            \                                  xx_sst_dummy            \
36                                    xx_sss_dummy            \
37                                  xx_diffkr_dummy         \                                  xx_diffkr_dummy         \
38                                  xx_kapgm_dummy'         \                                  xx_kapgm_dummy          \
39                                    xx_efluxy_dummy         \
40                                    xx_efluxp_dummy'        \
41                     -output 'fc'                     -output 'fc'
42    #
43    #                   -output 'objf_state_final'
44    #                   -output 'objf_vector'
45    #                   -output 'fc'
46    
47  ADTAMCFLAG         = $(ADTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)  ADTAMCFLAG         = $(ADTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)
48  ADTAFFLAG          = $(ADTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)  ADTAFFLAG          = $(ADTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)
49    
50  TLTAMCFLAG         = $(TLTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)  FTLTAMCFLAG         = $(FTLTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)
51  TLTAFFLAG          = $(TLTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)  FTLTAFFLAG          = $(FTLTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)
52    
53    SVDTAMCFLAG         = $(SVDTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)
54    SVDTAFFLAG          = $(SVDTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)
55    
56  # Source files for the MITgcmUV  # Source files for the MITgcmUV
57  SRC_MODEL       = \  SRC_MODEL       = \
58                  $(PKG)/autodiff/read_write.flow \                  $(PKG)/autodiff/diags.flow              \
59                    $(PKG)/autodiff/read_write.flow         \
60                  $(PKG)/autodiff/read_write_fld.flow     \                  $(PKG)/autodiff/read_write_fld.flow     \
61                  $(PKG)/autodiff/read_write_rec.flow     \                  $(PKG)/autodiff/read_write_rec.flow     \
                 $(PKG)/autodiff/diags.flow              \  
62                  $(PKG)/autodiff/cg2d.flow               \                  $(PKG)/autodiff/cg2d.flow               \
63                  $(PKG)/autodiff/debug.flow              \                  $(PKG)/autodiff/do_the_model_io.flow    \
64                  $(PKG)/autodiff/dummy_in_stepping.flow  \                  $(PKG)/autodiff/dummy_in_stepping.flow  \
65                  $(PKG)/autodiff/external_fields_load.flow       \                  $(PKG)/autodiff/initialisation.flow     \
66                  $(PKG)/autodiff/eesupp.flow             \                  $(PKG)/autodiff/checkpoint.flow         \
67                  $(PKG)/autodiff/active_file.flow        \                  $(PKG)/autodiff/print_message.flow      \
68                    $(PKG)/autodiff/open_copy_data_file.flow\
69                  $(PKG)/autodiff/write_state.flow        \                  $(PKG)/autodiff/write_state.flow        \
70                  $(PKG)/autodiff/ecco_check_exp.flow     \                                                          \
71                                                                    \
72                  $(PKG)/autodiff/exch_ad.flow            \                  $(PKG)/autodiff/exch_ad.flow            \
73                  $(PKG)/autodiff/exch_z_ad.flow          \                  $(PKG)/autodiff/exch_z_ad.flow          \
74                  $(PKG)/autodiff/exch_uv_ad.flow         \                  $(PKG)/autodiff/exch_uv_ad.flow         \
75                  $(PKG)/autodiff/global_sum_ad.flow      \                  $(PKG)/autodiff/global_sum_ad.flow      \
76                  $(PKG)/autodiff/global_max_ad.flow      \                  $(PKG)/autodiff/global_max_ad.flow      \
77                  $(PKG)/autodiff/initialisation.flow     \                  $(PKG)/autodiff/active_file.flow        \
78                  $(PKG)/autodiff/mdsio.flow              \                  $(PKG)/autodiff/active_file_loc.flow    \
79                  $(PKG)/autodiff/monitor.flow            \                                                          \
80                  $(PKG)/autodiff/checkpoint.flow         \                  $(PKG)/eesupp/src/eesupp.flow           \
81                  $(PKG)/autodiff/print_message.flow      \                  $(PKG)/debug/debug_ad.flow              \
82                  $(PKG)/autodiff/open_copy_data_file.flow\                  $(PKG)/ecco/ecco_ad.flow                \
83                  $(PKG)/autodiff/timeave.flow            \                  $(PKG)/gmredi/gmredi_ad.flow            \
84                    $(PKG)/mdsio/mdsio_ad.flow              \
85                    $(PKG)/monitor/monitor_ad.flow          \
86                    $(PKG)/obcs/obcs_ad.flow                \
87                    $(PKG)/ptracers/ptracers_ad.flow        \
88                    $(PKG)/timeave/timeave_ad.flow          \
89                                                                  \                                                                  \
90                    $(SOURCE_CODE)/adams_bashforth2.f               \
91                  $(SOURCE_CODE)/calc_buoyancy.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/calc_buoyancy.f                  \
92                  $(SOURCE_CODE)/calc_common_factors.f            \                  $(SOURCE_CODE)/calc_common_factors.f            \
93                  $(SOURCE_CODE)/calc_diffusivity.f               \                  $(SOURCE_CODE)/calc_diffusivity.f               \
94                  $(SOURCE_CODE)/calc_div_ghat.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/calc_div_ghat.f                  \
95                    $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_hyd.f              \
96                  $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_surf.f             \                  $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_surf.f             \
97                  $(SOURCE_CODE)/calc_gs.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/calc_gs.f                        \
98                  $(SOURCE_CODE)/calc_gt.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/calc_gt.f                        \
# Line 71  SRC_MODEL      = \ Line 100  SRC_MODEL      = \
100                  $(SOURCE_CODE)/calc_ivdc.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/calc_ivdc.f                      \
101                  $(SOURCE_CODE)/calc_phi_hyd.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/calc_phi_hyd.f                   \
102                  $(SOURCE_CODE)/calc_viscosity.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/calc_viscosity.f                 \
                 $(SOURCE_CODE)/comm_stats.f                     \  
103                  $(SOURCE_CODE)/convect.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/convect.f                        \
104                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment.f          \                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment.f          \
105                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment_ini.f      \                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment_ini.f      \
106                    $(SOURCE_CODE)/convective_weights.f             \
107                    $(SOURCE_CODE)/convectively_mixtracer.f         \
108                  $(SOURCE_CODE)/correction_step.f                \                  $(SOURCE_CODE)/correction_step.f                \
109                  $(SOURCE_CODE)/cycle_tracer.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/cycle_tracer.f                   \
110                    $(SOURCE_CODE)/diags_phi_hyd.f                  \
111                    $(SOURCE_CODE)/diags_phi_rlow.f                 \
112                  $(SOURCE_CODE)/different_multiple.f             \                  $(SOURCE_CODE)/different_multiple.f             \
113                  $(SOURCE_CODE)/do_fields_blocking_exchanges.f   \                  $(SOURCE_CODE)/do_fields_blocking_exchanges.f   \
114                  $(SOURCE_CODE)/do_the_model_io.f                \                  $(SOURCE_CODE)/do_stagger_fields_exchanges.f    \
115                  $(SOURCE_CODE)/dynamics.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/dynamics.f                       \
116                    $(SOURCE_CODE)/external_fields_load.f           \
117                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing.f               \                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing.f               \
118                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing_surf.f          \                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing_surf.f          \
119                  $(SOURCE_CODE)/find_alpha.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/find_alpha.f                     \
120                  $(SOURCE_CODE)/find_rho.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/find_rho.f                       \
121                  $(SOURCE_CODE)/forward_step.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/forward_step.f                   \
122                  $(SOURCE_CODE)/freeze.f                         \                  $(SOURCE_CODE)/freeze.f                         \
123                                                                    \
124                    $(SOURCE_CODE)/gad_advection.f                  \
125                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_x.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_x.f                   \
126                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_y.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_y.f                   \
127                  $(SOURCE_CODE)/gad_c2_adv_r.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_c2_adv_r.f                   \
# Line 102  SRC_MODEL      = \ Line 137  SRC_MODEL      = \
137                  $(SOURCE_CODE)/gad_diff_y.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/gad_diff_y.f                     \
138                  $(SOURCE_CODE)/gad_dst3_adv_x.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/gad_dst3_adv_x.f                 \
139                  $(SOURCE_CODE)/gad_dst3_adv_y.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/gad_dst3_adv_y.f                 \
140                    $(SOURCE_CODE)/gad_dst3_adv_r.f                 \
141                  $(SOURCE_CODE)/gad_dst3fl_adv_x.f               \                  $(SOURCE_CODE)/gad_dst3fl_adv_x.f               \
142                  $(SOURCE_CODE)/gad_dst3fl_adv_y.f               \                  $(SOURCE_CODE)/gad_dst3fl_adv_y.f               \
143                    $(SOURCE_CODE)/gad_dst3fl_adv_r.f               \
144                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_r.f            \                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_r.f            \
145                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_x.f            \                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_x.f            \
146                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_y.f            \                  $(SOURCE_CODE)/gad_fluxlimit_adv_y.f            \
# Line 112  SRC_MODEL      = \ Line 149  SRC_MODEL      = \
149                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_r.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_r.f                   \
150                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_x.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_x.f                   \
151                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_y.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_u3_adv_y.f                   \
152                                                                    \
153                  $(SOURCE_CODE)/grad_sigma.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/grad_sigma.f                     \
154                  $(SOURCE_CODE)/impldiff.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/impldiff.f                       \
155                    $(SOURCE_CODE)/ini_autodiff.f                   \
156                  $(SOURCE_CODE)/ini_cartesian_grid.f             \                  $(SOURCE_CODE)/ini_cartesian_grid.f             \
157                  $(SOURCE_CODE)/ini_cg2d.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_cg2d.f                       \
                 $(SOURCE_CODE)/ini_communication_patterns.f     \  
158                  $(SOURCE_CODE)/ini_cori.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_cori.f                       \
159                  $(SOURCE_CODE)/ini_curvilinear_grid.f           \                  $(SOURCE_CODE)/ini_curvilinear_grid.f           \
160                  $(SOURCE_CODE)/ini_depths.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/ini_depths.f                     \
# Line 127  SRC_MODEL      = \ Line 165  SRC_MODEL      = \
165                  $(SOURCE_CODE)/ini_masks_etc.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/ini_masks_etc.f                  \
166                  $(SOURCE_CODE)/ini_mixing.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/ini_mixing.f                     \
167                  $(SOURCE_CODE)/ini_p_ground.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/ini_p_ground.f                   \
168                    $(SOURCE_CODE)/ini_pressure.f                   \
169                  $(SOURCE_CODE)/ini_pnh.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/ini_pnh.f                        \
                 $(SOURCE_CODE)/ini_procs.f                      \  
170                  $(SOURCE_CODE)/ini_psurf.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/ini_psurf.f                      \
171                  $(SOURCE_CODE)/ini_salt.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_salt.f                       \
172                  $(SOURCE_CODE)/ini_spherical_polar_grid.f       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_spherical_polar_grid.f       \
# Line 139  SRC_MODEL      = \ Line 177  SRC_MODEL      = \
177                  $(SOURCE_CODE)/ini_vertical_grid.f              \                  $(SOURCE_CODE)/ini_vertical_grid.f              \
178                  $(SOURCE_CODE)/initialise_varia.f               \                  $(SOURCE_CODE)/initialise_varia.f               \
179                  $(SOURCE_CODE)/integrate_for_w.f                \                  $(SOURCE_CODE)/integrate_for_w.f                \
180                    $(SOURCE_CODE)/integr_continuity.f              \
181                  $(SOURCE_CODE)/modeldata_example.f              \                  $(SOURCE_CODE)/modeldata_example.f              \
182                                                                    \
183                  $(SOURCE_CODE)/mom_fluxform.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_fluxform.f                   \
184                    $(SOURCE_CODE)/mom_hdissip.f                    \
185                  $(SOURCE_CODE)/mom_vecinv.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/mom_vecinv.f                     \
186                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_hfacz.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_hfacz.f                 \
187                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_ke.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_ke.f                    \
188                    $(SOURCE_CODE)/mom_calc_rtrans.f                \
189                    $(SOURCE_CODE)/mom_calc_strain.f                \
190                    $(SOURCE_CODE)/mom_calc_tension.f               \
191                  $(SOURCE_CODE)/mom_cdscheme.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_cdscheme.f                   \
192                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_uu.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_uu.f                   \
193                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_vu.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_vu.f                   \
194                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_wu.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_wu.f                   \
195                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_bottomdrag.f               \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_bottomdrag.f               \
196                    $(SOURCE_CODE)/mom_u_coriolis.f                 \
197                    $(SOURCE_CODE)/mom_u_coriolis_nh.f              \
198                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_del2u.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_del2u.f                    \
199                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_nh.f                \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_nh.f                \
200                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_sphere.f            \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_sphere.f            \
# Line 160  SRC_MODEL      = \ Line 206  SRC_MODEL      = \
206                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_adv_vv.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_adv_vv.f                   \
207                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_adv_wv.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_adv_wv.f                   \
208                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_bottomdrag.f               \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_bottomdrag.f               \
209                    $(SOURCE_CODE)/mom_v_coriolis.f                 \
210                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_del2v.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_del2v.f                    \
211                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_metric_nh.f                \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_metric_nh.f                \
212                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_metric_sphere.f            \                  $(SOURCE_CODE)/mom_v_metric_sphere.f            \
# Line 180  SRC_MODEL      = \ Line 227  SRC_MODEL      = \
227                  $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_coriolis.f              \                  $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_coriolis.f              \
228                  $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_grad_ke.f               \                  $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_grad_ke.f               \
229                  $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_vertshear.f             \                  $(SOURCE_CODE)/mom_vi_v_vertshear.f             \
230                                                                    \
231                  $(SOURCE_CODE)/packages_init_variables.f        \                  $(SOURCE_CODE)/packages_init_variables.f        \
232                  $(SOURCE_CODE)/plot_field.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/plot_field.f                     \
233                    $(SOURCE_CODE)/pressure_for_eos.f               \
234                    $(SOURCE_CODE)/quasihydrostaticterms.f          \
235                  $(SOURCE_CODE)/solve_for_pressure.f             \                  $(SOURCE_CODE)/solve_for_pressure.f             \
236                  $(SOURCE_CODE)/state_summary.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/state_summary.f                  \
237                  $(SOURCE_CODE)/timestep.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/timestep.f                       \
# Line 189  SRC_MODEL      = \ Line 239  SRC_MODEL      = \
239                  $(SOURCE_CODE)/the_main_loop.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/the_main_loop.f                  \
240                  $(SOURCE_CODE)/thermodynamics.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/thermodynamics.f                 \
241                  $(SOURCE_CODE)/timestep_tracer.f                \                  $(SOURCE_CODE)/timestep_tracer.f                \
242                    $(SOURCE_CODE)/update_etah.f                    \
243                  $(SOURCE_CODE)/swfrac.f                         \                  $(SOURCE_CODE)/swfrac.f                         \
244                                                                  \                                                                  \
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_calc.f                       \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_diff.f                  \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_visc.f                  \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_do_diags.f                   \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_init.f                       \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_open_diags.f                 \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_routines.f                   \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_s.f                \  
                 $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_t.f                \  
                                                                 \  
245                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_diff.f               \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_diff.f               \
246                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_psi_b.f              \
247                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_tensor.f             \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_tensor.f             \
248                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_uvflow.f             \
249                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_wflow.f              \
250                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_diags.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_diags.f                   \
251                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_init.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_init.f                    \
252                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_rtransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_rtransport.f              \
253                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_limit.f             \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_limit.f             \
254                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_psi.f               \
255                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_xtransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_xtransport.f              \
256                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_ytransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_ytransport.f              \
257                                                                  \                                                                  \
258                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_init_variables.f            \
259                  $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_ini.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_ini.f                   \
260                  $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_forcing.f               \                  $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_forcing.f               \
261                                                                  \                                                                  \
262                  $(SOURCE_CODE)/cost_final.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/cost_final.f                     \
263                  $(SOURCE_CODE)/cost_init.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_initvaria.f                 \
264                  $(SOURCE_CODE)/cost_tile.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_tile.f                      \
265                  $(SOURCE_CODE)/cost_test.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_test.f                      \
266                  $(SOURCE_CODE)/cost_tracer.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/cost_tracer.f                    \
267                                                                  \                  $(SOURCE_CODE)/cost_atlantic_heat.f             \
268                    $(SOURCE_CODE)/cost_vector.f                    \
269                    $(SOURCE_CODE)/cost_state_final.f
270    
271    
272    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_advection.f             \
273    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_convect.f               \
274    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_cycle.f                 \
275    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_fields_blocking_exchanges.f\
276    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_forcing.f               \
277    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_forcing_surf.f          \
278    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_impldiff.f              \
279    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_init.f                  \
280    #               $(SOURCE_CODE)/ptracers_integrate.f             \
281    
282    
283    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_calc.f                       \
284    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_diff.f                  \
285    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_visc.f                  \
286    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_do_diags.f                   \
287    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_init.f                       \
288    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_open_diags.f                 \
289    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_routines.f                   \
290    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_s.f                \
291    #               $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_t.f                \
292    #                                                               \
293    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_apply_ts.f             \
294    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_apply_uv.f             \
295    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s1.f            \
296    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s2.f            \
297    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s2g.f           \
298    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s4.f            \
299    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s1.f                \
300    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s2.f                \
301    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s2g.f               \
302    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s2c.f               \
303    #               $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s4.f                \
304    
305    #                                                               \
306    #               $(SOURCE_CODE)/ini_ep.f                         \
307    #               $(SOURCE_CODE)/calc_ep_forcing.f                \
308    #               $(SOURCE_CODE)/cost_entropy.f                   \
309    #               $(SOURCE_CODE)/cost_t_misfit.f                  \
310    #               $(SOURCE_CODE)/cost_eflux_regul.f               \
311    #
312    
313    
314  #--------------------------------------------------------  #--------------------------------------------------------
315  # rules  # rules
316  #--------------------------------------------------------  #--------------------------------------------------------
317    
318    small_f:
319            cd $(SOURCE_CODE); $(MAKE) depend; $(MAKE) small_f
320    
321  allcode:  allcode:
322          cd $(DEST) ; cat $(SRC_MODEL) >! tamc_code_ecco.f          cd $(DEST) ; cat $(SRC_MODEL) >! tamc_code.f
323    
324  admodeltamc:  admodeltamc:
325          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(ADTAMCFLAG) tamc_code_ecco.f     \          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(ADTAMCFLAG) tamc_code.f  \
326             >! tamc_code_ecco_ad.prot             >! tamc_code_ad.prot
327    
328  admodeltaf:  admodeltaf:
329          cd $(DEST) ; $(TAF) $(ADTAFFLAG) tamc_code_ecco.f          cd $(DEST) ; $(TAF) $(ADTAFFLAG) tamc_code.f
330    
331  tlmodeltamc:  ftlmodeltamc:
332          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(TLTAMCFLAG) tamc_code_ecco.f     \          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(FTLTAMCFLAG) tamc_code.f \
333             >! tamc_code_ecco_tl.prot             >! tamc_code_ftl.prot
334    
335  tlmodeltaf:  ftlmodeltaf:
336          cd $(DEST) ; $(TAF) $(TLTAFFLAG) tamc_code_ecco.f          cd $(DEST) ; $(TAF) $(FTLTAFFLAG) tamc_code.f
337    
338    svdmodeltaf:
339            cd $(DEST) ; $(TAF) $(SVDTAFFLAG) tamc_code.f
340    
341  adchange:  adchange:
342          ${ADJOINT_SCRIPT}/adjoint_ecco_sed.com \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \
343             >! tamc_code_ecco_sed_ad.f ;  \             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F ;            \
344            ${ADJOINT_SCRIPT}/adjoint_sed.com               \
345               >! tamc_code_sed_ad.f ;                      \
346          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F              \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F              \
347             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_old ;        \             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_old ;        \
348          cat tamc_code_ecco_sed_ad.f >> $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F          cat tamc_code_sed_ad.f >> $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F
349    
350    ftlchange:
351            cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_template       \
352               $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F ;              \
353            cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F                \
354               $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_old ;          \
355            cat tamc_code_ftl.f >> $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F
356    
357    bothchange:   adchange ftlchange
358    
359  adrestore:  adrestore:
360          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \
361             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F
362    
363  tltamc:  allcode tlmodeltamc  ftlrestore:
364            cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_template       \
365               $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F
366    
367    bothrestore: adrestore ftlrestore
368    
369    adtamc:  adrestore ftlrestore small_f allcode admodeltamc
370    
371    adtaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode admodeltaf
372    
373    ftltamc:  adrestore ftlrestore small_f allcode ftlmodeltamc
374    
375    ftltaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode ftlmodeltaf
376    
377  tltaf:  allcode tlmodeltaf  bothtaf:  bothrestore small_f allcode admodeltaf ftlmodeltaf
378    
379  adtamc:  allcode admodeltamc  svdtaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode svdmodeltaf
380    
 adtaf:  allcode admodeltaf  
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