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revision 1.16.2.6 by heimbach, Thu Nov 7 16:53:06 2002 UTC revision 1.16.4.30 by heimbach, Wed Jul 16 16:38:04 2003 UTC
# Line 13  PKG            = $(BASE)/pkg Line 13  PKG            = $(BASE)/pkg
13  #  #
14  ADTAMCFLAGS      = -reverse -admark ad -i4 -r4  ADTAMCFLAGS      = -reverse -admark ad -i4 -r4
15  ADTAFFLAGS       = -reverse -admark ad -i4 -r4 \  ADTAFFLAGS       = -reverse -admark ad -i4 -r4 \
16                          -flow taf_flow.log -nonew_arg                          -l taf_ad.log -flow taf_ad_flow.log -nonew_arg
17  FTLTAMCFLAGS     = -forward -ftlmark g_ -i4 -r4  FTLTAMCFLAGS     = -forward -ftlmark g_ -i4 -r4
18  FTLTAFFLAGS      = -forward -ftlmark g_ -i4 -r4 \  FTLTAFFLAGS      = -forward -ftlmark g_ -i4 -r4 \
19                          -flow taf_flow.log -nonew_arg                          -l taf_ftl.log -flow taf_ftl_flow.log -nonew_arg
20  SVDTAMCFLAGS     = -reverse -forward -pure -i4 -r4  SVDTAMCFLAGS     = -reverse -forward -pure -i4 -r4
21  SVDTAFFLAGS      = -reverse -forward -pure -i4 -r4 \  SVDTAFFLAGS      = -reverse -forward -pure -i4 -r4 \
22                          -flow taf_flow.log -nonew_arg                          -flow taf_flow.log -nonew_arg
23  #  #
24  # -warn_step -flow taf_flow.log  # further useful options: -warn_step -flow taf_flow.log
25    # NB: the svd option recommended in the TAMC manual doesn't work.
26    
27  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_loop              \  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_loop              \
28                     -input  '    xx_theta_dummy          \                     -input  '    xx_theta_dummy          \
# Line 31  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_lo Line 32  DIFF_FLAGS       = -toplevel the_main_lo
32                                  xx_sflux_dummy          \                                  xx_sflux_dummy          \
33                                  xx_tauu_dummy           \                                  xx_tauu_dummy           \
34                                  xx_tauv_dummy           \                                  xx_tauv_dummy           \
35                                  xx_sss_dummy            \                                  xx_atemp_dummy          \
36                                  xx_sst_dummy            \                                  xx_aqh_dummy            \
37                                  xx_diffkr_dummy         \                                  xx_uwind_dummy          \
38                                  xx_kapgm_dummy          \                                  xx_vwind_dummy          \
39                                  xx_efluxy_dummy         \                                  xx_obcsn_dummy          \
40                                  xx_efluxp_dummy'        \                                  xx_obcss_dummy          \
41                                    xx_obcsw_dummy          \
42                                    xx_obcse_dummy          \
43                                    xx_sst_dummy            \
44                                    xx_sss_dummy            \
45                                    xx_diffkr_dummy         \
46                                    xx_kapgm_dummy          \
47                                    xx_efluxy_dummy         \
48                                    xx_efluxp_dummy'        \
49                     -output 'fc'                     -output 'fc'
 #  
 #                   -output 'objf_vector'  
 #                   -output 'fc'  
50    
51  ADTAMCFLAG         = $(ADTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)  ADTAMCFLAG         = $(ADTAMCFLAGS) $(DIFF_FLAGS)
52  ADTAFFLAG          = $(ADTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)  ADTAFFLAG          = $(ADTAFFLAGS)  $(DIFF_FLAGS)
# Line 56  SRC_MODEL      = \ Line 62  SRC_MODEL      = \
62                  $(PKG)/autodiff/read_write.flow \                  $(PKG)/autodiff/read_write.flow \
63                  $(PKG)/autodiff/read_write_fld.flow     \                  $(PKG)/autodiff/read_write_fld.flow     \
64                  $(PKG)/autodiff/read_write_rec.flow     \                  $(PKG)/autodiff/read_write_rec.flow     \
                 $(PKG)/autodiff/diags.flow              \  
65                  $(PKG)/autodiff/cg2d.flow               \                  $(PKG)/autodiff/cg2d.flow               \
66                    $(PKG)/autodiff/diags.flow              \
67                  $(PKG)/autodiff/debug.flow              \                  $(PKG)/autodiff/debug.flow              \
68                  $(PKG)/autodiff/do_the_model_io.flow    \                  $(PKG)/autodiff/do_the_model_io.flow    \
69                  $(PKG)/autodiff/dummy_in_stepping.flow  \                  $(PKG)/autodiff/dummy_in_stepping.flow  \
70                  $(PKG)/autodiff/eesupp.flow             \                  $(PKG)/autodiff/eesupp.flow             \
71                  $(PKG)/autodiff/active_file.flow        \                  $(PKG)/autodiff/active_file.flow        \
72                    $(PKG)/autodiff/active_file_loc.flow    \
73                  $(PKG)/autodiff/write_state.flow        \                  $(PKG)/autodiff/write_state.flow        \
74                  $(PKG)/autodiff/ecco_check_exp.flow     \                  $(PKG)/autodiff/ecco_check_exp.flow     \
75                  $(PKG)/autodiff/exch_ad.flow            \                  $(PKG)/autodiff/exch_ad.flow            \
# Line 73  SRC_MODEL      = \ Line 80  SRC_MODEL      = \
80                  $(PKG)/autodiff/initialisation.flow     \                  $(PKG)/autodiff/initialisation.flow     \
81                  $(PKG)/autodiff/mdsio.flow              \                  $(PKG)/autodiff/mdsio.flow              \
82                  $(PKG)/autodiff/monitor.flow            \                  $(PKG)/autodiff/monitor.flow            \
83                    $(PKG)/autodiff/obcs.flow               \
84                  $(PKG)/autodiff/checkpoint.flow         \                  $(PKG)/autodiff/checkpoint.flow         \
85                  $(PKG)/autodiff/print_message.flow      \                  $(PKG)/autodiff/print_message.flow      \
86                  $(PKG)/autodiff/open_copy_data_file.flow\                  $(PKG)/autodiff/open_copy_data_file.flow\
# Line 83  SRC_MODEL      = \ Line 91  SRC_MODEL      = \
91                  $(SOURCE_CODE)/calc_common_factors.f            \                  $(SOURCE_CODE)/calc_common_factors.f            \
92                  $(SOURCE_CODE)/calc_diffusivity.f               \                  $(SOURCE_CODE)/calc_diffusivity.f               \
93                  $(SOURCE_CODE)/calc_div_ghat.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/calc_div_ghat.f                  \
                 $(SOURCE_CODE)/calc_exact_eta.f                 \  
94                  $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_surf.f             \                  $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_surf.f             \
95                  $(SOURCE_CODE)/calc_gs.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/calc_gs.f                        \
96                  $(SOURCE_CODE)/calc_gt.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/calc_gt.f                        \
# Line 91  SRC_MODEL      = \ Line 98  SRC_MODEL      = \
98                  $(SOURCE_CODE)/calc_ivdc.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/calc_ivdc.f                      \
99                  $(SOURCE_CODE)/calc_phi_hyd.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/calc_phi_hyd.f                   \
100                  $(SOURCE_CODE)/calc_viscosity.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/calc_viscosity.f                 \
                 $(SOURCE_CODE)/comm_stats.f                     \  
101                  $(SOURCE_CODE)/convect.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/convect.f                        \
102                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment.f          \                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment.f          \
103                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment_ini.f      \                  $(SOURCE_CODE)/convective_adjustment_ini.f      \
# Line 100  SRC_MODEL      = \ Line 106  SRC_MODEL      = \
106                  $(SOURCE_CODE)/different_multiple.f             \                  $(SOURCE_CODE)/different_multiple.f             \
107                  $(SOURCE_CODE)/do_fields_blocking_exchanges.f   \                  $(SOURCE_CODE)/do_fields_blocking_exchanges.f   \
108                  $(SOURCE_CODE)/dynamics.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/dynamics.f                       \
                 $(SOURCE_CODE)/external_fields_load.f           \  
109                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing.f               \                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing.f               \
110                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing_surf.f          \                  $(SOURCE_CODE)/external_forcing_surf.f          \
111                  $(SOURCE_CODE)/find_alpha.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/find_alpha.f                     \
112                  $(SOURCE_CODE)/find_rho.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/find_rho.f                       \
                 $(SOURCE_CODE)/forward_step.f                   \  
113                  $(SOURCE_CODE)/freeze.f                         \                  $(SOURCE_CODE)/freeze.f                         \
114                                                                  \                                                                  \
115                    $(SOURCE_CODE)/calc_grad_phi_hyd.f              \
116                    $(SOURCE_CODE)/comm_stats.f                     \
117                    $(SOURCE_CODE)/convective_weights.f             \
118                    $(SOURCE_CODE)/convectively_mixtracer.f         \
119                    $(SOURCE_CODE)/diags_phi_hyd.f                  \
120                    $(SOURCE_CODE)/diags_phi_rlow.f                 \
121                    $(SOURCE_CODE)/do_stagger_fields_exchanges.f    \
122                    $(SOURCE_CODE)/external_fields_load.f           \
123                    $(SOURCE_CODE)/integr_continuity.f              \
124                                                                    \
125                  $(SOURCE_CODE)/gad_advection.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/gad_advection.f                  \
126                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_x.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_x.f                   \
127                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_y.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gad_biharm_y.f                   \
# Line 142  SRC_MODEL      = \ Line 156  SRC_MODEL      = \
156                  $(SOURCE_CODE)/ini_autodiff.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/ini_autodiff.f                   \
157                  $(SOURCE_CODE)/ini_cartesian_grid.f             \                  $(SOURCE_CODE)/ini_cartesian_grid.f             \
158                  $(SOURCE_CODE)/ini_cg2d.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_cg2d.f                       \
159                  $(SOURCE_CODE)/ini_communication_patterns.f     \                  $(SOURCE_CODE)/ini_communication_patterns.f     \
160                  $(SOURCE_CODE)/ini_cori.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_cori.f                       \
161                  $(SOURCE_CODE)/ini_curvilinear_grid.f           \                  $(SOURCE_CODE)/ini_curvilinear_grid.f           \
162                  $(SOURCE_CODE)/ini_depths.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/ini_depths.f                     \
# Line 154  SRC_MODEL      = \ Line 168  SRC_MODEL      = \
168                  $(SOURCE_CODE)/ini_mixing.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/ini_mixing.f                     \
169                  $(SOURCE_CODE)/ini_p_ground.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/ini_p_ground.f                   \
170                  $(SOURCE_CODE)/ini_pnh.f                        \                  $(SOURCE_CODE)/ini_pnh.f                        \
171                    $(SOURCE_CODE)/ini_pressure.f                   \
172                  $(SOURCE_CODE)/ini_psurf.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/ini_psurf.f                      \
173                  $(SOURCE_CODE)/ini_salt.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_salt.f                       \
174                  $(SOURCE_CODE)/ini_spherical_polar_grid.f       \                  $(SOURCE_CODE)/ini_spherical_polar_grid.f       \
# Line 171  SRC_MODEL      = \ Line 186  SRC_MODEL      = \
186                  $(SOURCE_CODE)/mom_vecinv.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/mom_vecinv.f                     \
187                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_hfacz.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_hfacz.f                 \
188                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_ke.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_ke.f                    \
189                    $(SOURCE_CODE)/mom_calc_rtrans.f                \
190                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_strain.f                \                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_strain.f                \
191                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_tension.f               \                  $(SOURCE_CODE)/mom_calc_tension.f               \
192                  $(SOURCE_CODE)/mom_cdscheme.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_cdscheme.f                   \
# Line 179  SRC_MODEL      = \ Line 195  SRC_MODEL      = \
195                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_wu.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_adv_wu.f                   \
196                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_bottomdrag.f               \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_bottomdrag.f               \
197                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_coriolis.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_coriolis.f                 \
198                    $(SOURCE_CODE)/mom_u_coriolis_nh.f              \
199                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_del2u.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_del2u.f                    \
200                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_nh.f                \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_nh.f                \
201                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_sphere.f            \                  $(SOURCE_CODE)/mom_u_metric_sphere.f            \
# Line 214  SRC_MODEL      = \ Line 231  SRC_MODEL      = \
231                                                                  \                                                                  \
232                  $(SOURCE_CODE)/packages_init_variables.f        \                  $(SOURCE_CODE)/packages_init_variables.f        \
233                  $(SOURCE_CODE)/plot_field.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/plot_field.f                     \
234                    $(SOURCE_CODE)/pressure_for_eos.f               \
235                    $(SOURCE_CODE)/quasihydrostaticterms.f          \
236                  $(SOURCE_CODE)/solve_for_pressure.f             \                  $(SOURCE_CODE)/solve_for_pressure.f             \
237                  $(SOURCE_CODE)/state_summary.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/state_summary.f                  \
238                  $(SOURCE_CODE)/timestep.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/timestep.f                       \
239                  $(SOURCE_CODE)/the_correction_step.f            \                  $(SOURCE_CODE)/the_correction_step.f            \
                 $(SOURCE_CODE)/the_main_loop.f                  \  
240                  $(SOURCE_CODE)/thermodynamics.f                 \                  $(SOURCE_CODE)/thermodynamics.f                 \
241                  $(SOURCE_CODE)/timestep_tracer.f                \                  $(SOURCE_CODE)/timestep_tracer.f                \
242                  $(SOURCE_CODE)/swfrac.f                         \                  $(SOURCE_CODE)/swfrac.f                         \
243                    $(SOURCE_CODE)/update_etah.f                    \
244                                                                  \                                                                  \
245                  $(SOURCE_CODE)/kpp_calc.f                       \                  $(SOURCE_CODE)/kpp_calc.f                       \
246                  $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_diff.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/kpp_calc_diff.f                  \
# Line 234  SRC_MODEL      = \ Line 253  SRC_MODEL      = \
253                  $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_t.f                \                  $(SOURCE_CODE)/kpp_transport_t.f                \
254                                                                  \                                                                  \
255                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_diff.f               \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_diff.f               \
256                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_psi_b.f              \
257                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_tensor.f             \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_tensor.f             \
258                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_uvflow.f             \
259                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_calc_wflow.f              \
260                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_diags.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_diags.f                   \
261                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_init.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_init.f                    \
262                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_rtransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_rtransport.f              \
263                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_limit.f             \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_limit.f             \
264                    $(SOURCE_CODE)/gmredi_slope_psi.f               \
265                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_xtransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_xtransport.f              \
266                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_ytransport.f              \                  $(SOURCE_CODE)/gmredi_ytransport.f              \
267                                                                  \                                                                  \
                 $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_ini.f                   \  
                 $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_forcing.f               \  
268                                                                  \                                                                  \
269                    $(SOURCE_CODE)/cost_aqh.f                       \
270                    $(SOURCE_CODE)/cost_argo_salt.f                 \
271                    $(SOURCE_CODE)/cost_argo_theta.f                \
272                    $(SOURCE_CODE)/cost_atemp.f                     \
273                    $(SOURCE_CODE)/cost_atlantic.f                  \
274                    $(SOURCE_CODE)/cost_averagesfields.f            \
275                    $(SOURCE_CODE)/cost_averagesflags.f             \
276                    $(SOURCE_CODE)/cost_averagesinit.f              \
277                    $(SOURCE_CODE)/cost_ctds.f                      \
278                    $(SOURCE_CODE)/cost_ctdt.f                      \
279                    $(SOURCE_CODE)/cost_drift.f                     \
280                    $(SOURCE_CODE)/cost_drifter.f                   \
281                    $(SOURCE_CODE)/cost_driftw.f                    \
282                  $(SOURCE_CODE)/cost_final.f                     \                  $(SOURCE_CODE)/cost_final.f                     \
283                  $(SOURCE_CODE)/cost_init.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_forcing.f                   \
284                  $(SOURCE_CODE)/cost_tile.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_geoid.f                     \
285                  $(SOURCE_CODE)/cost_test.f                      \                  $(SOURCE_CODE)/cost_heatflux.f                  \
286                  $(SOURCE_CODE)/cost_tracer.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/cost_hyd.f                       \
287                  $(SOURCE_CODE)/cost_atlantic_heat.f             \                  $(SOURCE_CODE)/cost_initvaria.f                 \
288                  $(SOURCE_CODE)/cost_vector.f                    \                  $(SOURCE_CODE)/cost_init_barfiles.f             \
289                    $(SOURCE_CODE)/cost_mean_heatflux.f             \
290                    $(SOURCE_CODE)/cost_mean_saltflux.f             \
291                    $(SOURCE_CODE)/cost_merstress.f                 \
292                    $(SOURCE_CODE)/cost_readers.f                   \
293                    $(SOURCE_CODE)/cost_readsssfields.f             \
294                    $(SOURCE_CODE)/cost_readsstfields.f             \
295                    $(SOURCE_CODE)/cost_readscatxfields.f           \
296                    $(SOURCE_CODE)/cost_readscatyfields.f           \
297                    $(SOURCE_CODE)/cost_readtopex.f                 \
298                    $(SOURCE_CODE)/cost_readtopexmean.f             \
299                    $(SOURCE_CODE)/cost_salt.f                      \
300                    $(SOURCE_CODE)/cost_salt0.f                     \
301                    $(SOURCE_CODE)/cost_saltflux.f                  \
302                    $(SOURCE_CODE)/cost_scat.f                      \
303                    $(SOURCE_CODE)/cost_ssh.f                       \
304                    $(SOURCE_CODE)/cost_ssh_mean.f                  \
305                    $(SOURCE_CODE)/cost_sss.f                       \
306                    $(SOURCE_CODE)/cost_sst.f                       \
307                    $(SOURCE_CODE)/cost_theta.f                     \
308                    $(SOURCE_CODE)/cost_theta0.f                    \
309                    $(SOURCE_CODE)/cost_uwind.f                     \
310                    $(SOURCE_CODE)/cost_vwind.f                     \
311                    $(SOURCE_CODE)/cost_xbt.f                       \
312                    $(SOURCE_CODE)/cost_zonstress.f                 \
313                    $(SOURCE_CODE)/cost_obcs.f                      \
314                    $(SOURCE_CODE)/cost_obcsn.f                     \
315                    $(SOURCE_CODE)/cost_obcss.f                     \
316                    $(SOURCE_CODE)/cost_obcsw.f                     \
317                    $(SOURCE_CODE)/cost_obcse.f                     \
318                    $(SOURCE_CODE)/cost_obcs_ageos.f                \
319                    $(SOURCE_CODE)/cost_ice.f                       \
320                    $(SOURCE_CODE)/sw_ptmp.f                        \
321                    $(SOURCE_CODE)/sw_adtg.f                        \
322                    $(SOURCE_CODE)/cost_kapgm.f                     \
323                    $(SOURCE_CODE)/cost_readargot.f                 \
324                    $(SOURCE_CODE)/cost_readargos.f                 \
325                    $(SOURCE_CODE)/cost_ctdtclim.f                  \
326                    $(SOURCE_CODE)/cost_ctdsclim.f                  \
327                    $(SOURCE_CODE)/cost_readtmifields.f             \
328                    $(SOURCE_CODE)/cost_tmi.f                       \
329                    $(SOURCE_CODE)/cost_curmtr.f                    \
330                                                                    \
331                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_get_gen.f                   \
332                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_get_gen_rec.f               \
333                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_getobcsn.f                  \
334                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_getobcss.f                  \
335                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_getobcsw.f                  \
336                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_getobcse.f                  \
337                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_getrec.f                    \
338                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_init_variables.f            \
339                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_map_ini.f                   \
340                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_volflux.f                   \
341                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_init_obcs_variables.f       \
342                    $(SOURCE_CODE)/ctrl_obcsbal.f                   \
343                                                                    \
344                    $(SOURCE_CODE)/ecco_the_main_loop.f             \
345                                                                  \                                                                  \
346                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_apply_ts.f             \                  $(SOURCE_CODE)/exf_init.f                       \
347                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_apply_uv.f             \                  $(SOURCE_CODE)/exf_init_runoff.f                \
348                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s1.f            \                  $(SOURCE_CODE)/exf_readparms.f                  \
349                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s2.f            \                  $(SOURCE_CODE)/exf_summary.f                    \
350                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s2g.f           \                  $(SOURCE_CODE)/exf_bulkformulae.f               \
351                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_tracer_s4.f            \                  $(SOURCE_CODE)/exf_bulkcdn.f                    \
352                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s1.f                \                  $(SOURCE_CODE)/exf_bulkqsat.f                   \
353                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s2.f                \                  $(SOURCE_CODE)/exf_bulkrhn.f                    \
354                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s2g.f               \                  $(SOURCE_CODE)/exf_getffields.f                 \
355                  $(SOURCE_CODE)/shap_filt_uv_s4.f                \                  $(SOURCE_CODE)/exf_getffieldrec.f               \
356                    $(SOURCE_CODE)/exf_getforcing.f                 \
357  #               $(SOURCE_CODE)/ini_ep.f                         \                  $(SOURCE_CODE)/exf_mapfields.f                  \
358  #               $(SOURCE_CODE)/calc_ep_forcing.f                \                  $(SOURCE_CODE)/exf_getobcs.f                    \
359  #               $(SOURCE_CODE)/cost_entropy.f                   \                  $(SOURCE_CODE)/exf_getsurfacefluxes.f           \
360  #               $(SOURCE_CODE)/cost_t_misfit.f                  \                  $(SOURCE_CODE)/exf_swapffields.f                \
361  #               $(SOURCE_CODE)/cost_eflux_regul.f               \                  $(SOURCE_CODE)/exf_filter_rl.f                  \
362  #                                                               \                  $(SOURCE_CODE)/exf_filter_rs.f                  \
363                    $(SOURCE_CODE)/exf_set_gen.f                    \
364                    $(SOURCE_CODE)/exf_set_obcs.f                   \
365                                                                    \
366                    $(SOURCE_CODE)/exf_clim_init.f                  \
367                    $(SOURCE_CODE)/exf_clim_readparms.f             \
368                    $(SOURCE_CODE)/exf_clim_summary.f               \
369                    $(SOURCE_CODE)/exf_getclim.f                    \
370                    $(SOURCE_CODE)/exf_set_climsalt.f               \
371                    $(SOURCE_CODE)/exf_set_climtemp.f               \
372                    $(SOURCE_CODE)/exf_set_climsss.f                \
373                    $(SOURCE_CODE)/exf_set_climsst.f                \
374                                                                    \
375                    $(SOURCE_CODE)/cal_addtime.f                    \
376                    $(SOURCE_CODE)/cal_checkdate.f                  \
377                    $(SOURCE_CODE)/cal_compdates.f                  \
378                    $(SOURCE_CODE)/cal_convdate.f                   \
379                    $(SOURCE_CODE)/cal_copydate.f                   \
380                    $(SOURCE_CODE)/cal_daysformonth.f               \
381                    $(SOURCE_CODE)/cal_dayspermonth.f               \
382                    $(SOURCE_CODE)/cal_fulldate.f                   \
383                    $(SOURCE_CODE)/cal_getdate.f                    \
384                    $(SOURCE_CODE)/cal_getmonthsrec.f               \
385                    $(SOURCE_CODE)/cal_intdays.f                    \
386                    $(SOURCE_CODE)/cal_intmonths.f                  \
387                    $(SOURCE_CODE)/cal_intsteps.f                   \
388                    $(SOURCE_CODE)/cal_intyears.f                   \
389                    $(SOURCE_CODE)/cal_isleap.f                     \
390                    $(SOURCE_CODE)/cal_monthsforyear.f              \
391                    $(SOURCE_CODE)/cal_monthsperyear.f              \
392                    $(SOURCE_CODE)/cal_nstepday.f                   \
393                    $(SOURCE_CODE)/cal_numints.f                    \
394                    $(SOURCE_CODE)/cal_printdate.f                  \
395                    $(SOURCE_CODE)/cal_printerror.f                 \
396                    $(SOURCE_CODE)/cal_stepsforday.f                \
397                    $(SOURCE_CODE)/cal_stepsperday.f                \
398                    $(SOURCE_CODE)/cal_subdates.f                   \
399                    $(SOURCE_CODE)/cal_timeinterval.f               \
400                    $(SOURCE_CODE)/cal_timepassed.f                 \
401                    $(SOURCE_CODE)/cal_timestamp.f                  \
402                    $(SOURCE_CODE)/cal_toseconds.f                  \
403                    $(SOURCE_CODE)/cal_weekday.f                    \
404                                                                    \
405                    $(SOURCE_CODE)/obcs_apply_sloc.f                \
406                    $(SOURCE_CODE)/obcs_apply_tloc.f                \
407                    $(SOURCE_CODE)/obcs_apply_ts.f                  \
408                    $(SOURCE_CODE)/obcs_apply_uv.f                  \
409                    $(SOURCE_CODE)/obcs_calc.f                      \
410                    $(SOURCE_CODE)/obcs_init_variables.f            \
411                    $(SOURCE_CODE)/obcs_sponge.f                    \
412                                                                    \
413    
414    
415    #               $(SOURCE_CODE)/advect.f                         \
416    #               $(SOURCE_CODE)/budget.f                         \
417    #               $(SOURCE_CODE)/diffus.f                         \
418    #               $(SOURCE_CODE)/dynsolver.f                      \
419    #               $(SOURCE_CODE)/groatb.f                         \
420    #               $(SOURCE_CODE)/growth.f                         \
421    #               $(SOURCE_CODE)/ostres.f                         \
422    #               $(SOURCE_CODE)/seaice_check.f                   \
423    #               $(SOURCE_CODE)/seaice_do_diags.f                \
424    #               $(SOURCE_CODE)/seaice_get_forcing.f             \
425    #               $(SOURCE_CODE)/seaice_init.f                    \
426    #               $(SOURCE_CODE)/seaice_model.f                   \
427    #               $(SOURCE_CODE)/seaice_pickup.f                  \
428    #               $(SOURCE_CODE)/seaice_readparms.f               \
429    #               $(SOURCE_CODE)/seaice_exch.f                    \
430    #               $(SOURCE_CODE)/lsr.f
431    #               $(SOURCE_CODE)/adi.f
432    
433    
434  #--------------------------------------------------------  #--------------------------------------------------------
# Line 280  small_f: Line 439  small_f:
439          cd $(SOURCE_CODE); $(MAKE) depend; $(MAKE) small_f          cd $(SOURCE_CODE); $(MAKE) depend; $(MAKE) small_f
440    
441  allcode:  allcode:
442          cd $(DEST) ; cat $(SRC_MODEL) >! tamc_code.f          cd $(DEST) ; cat $(SRC_MODEL) >! tamc_code_ecco.f
443    
444  admodeltamc:  admodeltamc:
445          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(ADTAMCFLAG) tamc_code.f  \          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(ADTAMCFLAG) tamc_code_ecco.f     \
446             >! tamc_code_ad.prot             >! tamc_code_ecco_ad.prot
447    
448  admodeltaf:  admodeltaf:
449          cd $(DEST) ; $(TAF) $(ADTAFFLAG) tamc_code.f          cd $(DEST) ; $(TAF) $(ADTAFFLAG) tamc_code_ecco.f
450    
451  ftlmodeltamc:  ftlmodeltamc:
452          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(FTLTAMCFLAG) tamc_code.f \          cd $(DEST) ; $(TAMC) $(FTLTAMCFLAG) tamc_code_ecco.f    \
453             >! tamc_code_ftl.prot             >! tamc_code_ecco_ftl.prot
454    
455  ftlmodeltaf:  ftlmodeltaf:
456          cd $(DEST) ; $(TAF) $(FTLTAFFLAG) tamc_code.f          cd $(DEST) ; $(TAF) $(FTLTAFFLAG) tamc_code_ecco.f
457    
458  svdmodeltaf:  svdmodeltaf:
459          cd $(DEST) ; $(TAF) $(SVDTAFFLAG) tamc_code.f          cd $(DEST) ; $(TAF) $(SVDTAFFLAG) tamc_code_ecco.f
460    
461  adchange:  adchange:
462          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \
463             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F ;            \             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F ;            \
464          ${ADJOINT_SCRIPT}/adjoint_sed.com               \          ${ADJOINT_SCRIPT}/adjoint_sed.com               \
465             >! tamc_code_sed_ad.f ;                      \             >! tamc_code_ecco_sed_ad.f ;                         \
466          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F              \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F              \
467             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_old ;        \             $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_old ;        \
468          cat tamc_code_sed_ad.f >> $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F          cat tamc_code_ecco_sed_ad.f >> $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F
469    
470  ftlchange:  ftlchange:
471          cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_template       \          cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_template       \
472             $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F ;              \             $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F ;              \
473          cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F                \          cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F                \
474             $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_old ;          \             $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_old ;          \
475          cat tamc_code_ftl.f >> $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F          cat tamc_code_ecco_ftl.f >> $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F
476    
477    bothchange:   adchange ftlchange
478    
479  adrestore:  adrestore:
480          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \          cp $(PKG)/autodiff/adjoint_model.F_template     \
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484          cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_template       \          cp $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F_template       \
485             $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F             $(PKG)/autodiff/tangentlinear_model.F
486    
487    bothrestore: adrestore ftlrestore
488    
489  adtamc:  adrestore ftlrestore small_f allcode admodeltamc  adtamc:  adrestore ftlrestore small_f allcode admodeltamc
490    
491  adtaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode admodeltaf  adtaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode admodeltaf
# Line 331  ftltamc:  adrestore ftlrestore small_f a Line 494  ftltamc:  adrestore ftlrestore small_f a
494    
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496    
497  svdtaf:  adrestore ftlrestore allcode svdmodeltaf  bothtaf:  bothrestore small_f allcode admodeltaf ftlmodeltaf
498    
499    svdtaf:  adrestore ftlrestore small_f allcode svdmodeltaf
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